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三沙湾大黄鱼野生和养殖群体的幽门盲囊微生物群落结构比较分析
引用本文:张钰霆,张瑞瑞,潘非斐,潘友浩,李聪,林华,陈仕玺,穆景利.三沙湾大黄鱼野生和养殖群体的幽门盲囊微生物群落结构比较分析[J].海洋学报,2024(1):77-87.
作者姓名:张钰霆  张瑞瑞  潘非斐  潘友浩  李聪  林华  陈仕玺  穆景利
作者单位:1. 闽江学院地理与海洋学院;2. 福建省渔业资源监测中心;3. 厦门大学海洋与地球学院
摘    要:大黄鱼(Larimichthys crocea)幽门盲囊呈半封闭结构,保留了部分早期孵化阶段的微生物特征,是用于野生和养殖群体溯源的理想部位。本研究采用高通量测序技术,对三沙湾大黄鱼野生和养殖群体的幽门盲囊微生物的α多样性、核心菌群相对丰度、网络关系等进行分析,构建随机森林模型进行群体溯源分析。结果显示,养殖群体的幽门盲囊微生物有着更多特有操作分类单元(Operational Taxonomic Unit, OTU),其α多样性显著高于野生群体。幽门盲囊微生物的优势菌群有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、放线菌门(Actinobacteria)及酸杆菌门(Acidobacteria),且各菌群在野生和养殖群体中的相对丰度差异显著。微生物网络分析结果显示,野生和养殖群体的幽门盲囊微生物群落结构差异明显,野生群体拥有更高的负边缘/正边缘比率和模块性以及更少的节点数和连接数。基于此,我们构建了随机森林分类群体溯源预测模型,其准确率(Accuracy, ACC)达92.31%,Kappa系数为0.845 2,ROC...

关 键 词:大黄鱼  幽门盲囊微生物  高通量测序  随机森林模型  反向溯源
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