三沙湾大黄鱼野生和养殖群体的幽门盲囊微生物群落结构比较分析 |
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引用本文: | 张钰霆,张瑞瑞,潘非斐,潘友浩,李聪,林华,陈仕玺,穆景利.三沙湾大黄鱼野生和养殖群体的幽门盲囊微生物群落结构比较分析[J].海洋学报,2024(1):77-87. |
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作者姓名: | 张钰霆 张瑞瑞 潘非斐 潘友浩 李聪 林华 陈仕玺 穆景利 |
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作者单位: | 1. 闽江学院地理与海洋学院;2. 福建省渔业资源监测中心;3. 厦门大学海洋与地球学院 |
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摘 要: | 大黄鱼(Larimichthys crocea)幽门盲囊呈半封闭结构,保留了部分早期孵化阶段的微生物特征,是用于野生和养殖群体溯源的理想部位。本研究采用高通量测序技术,对三沙湾大黄鱼野生和养殖群体的幽门盲囊微生物的α多样性、核心菌群相对丰度、网络关系等进行分析,构建随机森林模型进行群体溯源分析。结果显示,养殖群体的幽门盲囊微生物有着更多特有操作分类单元(Operational Taxonomic Unit, OTU),其α多样性显著高于野生群体。幽门盲囊微生物的优势菌群有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、放线菌门(Actinobacteria)及酸杆菌门(Acidobacteria),且各菌群在野生和养殖群体中的相对丰度差异显著。微生物网络分析结果显示,野生和养殖群体的幽门盲囊微生物群落结构差异明显,野生群体拥有更高的负边缘/正边缘比率和模块性以及更少的节点数和连接数。基于此,我们构建了随机森林分类群体溯源预测模型,其准确率(Accuracy, ACC)达92.31%,Kappa系数为0.845 2,ROC...
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关 键 词: | 大黄鱼 幽门盲囊微生物 高通量测序 随机森林模型 反向溯源 |
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