浒苔(Ulva prolifera)共附生细菌群落结构分析的引物优化 |
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作者姓名: | 刘晓杰 赵瑾 郭扬 吴春辉 陈华新 姜鹏 |
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作者单位: | 中国科学院海洋研究所 实验海洋生物学重点实验室, 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室, 山东 青岛 266237;中国科学院 海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071;中国科学院大学, 北京 100049,中国科学院海洋研究所 实验海洋生物学重点实验室, 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室, 山东 青岛 266237;中国科学院 海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071,中国科学院海洋研究所 实验海洋生物学重点实验室, 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室, 山东 青岛 266237;中国科学院 海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071;中国科学院大学, 北京 100049,中国科学院海洋研究所 实验海洋生物学重点实验室, 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室, 山东 青岛 266237;中国科学院 海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071;中国科学院大学, 北京 100049,中国科学院海洋研究所 实验海洋生物学重点实验室, 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室, 山东 青岛 266237;中国科学院 海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071,中国科学院海洋研究所 实验海洋生物学重点实验室, 山东 青岛 266071;青岛海洋科学与技术试点国家实验室 海洋生物学与生物技术功能实验室, 山东 青岛 266237;中国科学院 海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(41776153);青岛海洋科学与技术试点国家实验室开放基金(QNLM2016ORP0303) |
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摘 要: | 海藻共附生细菌密切参与宿主的生长发育、营养吸收等重要过程,浒苔(Ulva prolifera)是构成黄海绿潮的唯一优势种,对其共附生细菌开展群落结构分析,有望为成灾机制研究提供重要线索。由于植物叶绿体基因组同时具备原核特征和高拷贝数,会严重干扰共附生细菌基于16S rDNA的序列扩增。高等植物中开发了通用引物799F,利用其3′末端与植物同源区的非配对双碱基,可实现对细菌来源序列的特异性扩增。本文针对多个浒苔群体样本,首次评价了引物799F在藻类中的适用性,发现799F的3′末端与浒苔叶绿体同源区仅存在非配对单碱基,其扩增仍会受到浒苔叶绿体严重干扰。在引物799F的基础上,设计了新引物800F,与通用反向引物1492R配对扩增细菌16S rDNA中具高分辨率的V5-V9可变区,配合使用具热启动功能、同时不具校对功能的DNA聚合酶,可基本完全避免浒苔叶绿体来源序列的扩增,并阐明了方法的原理。优化的引物扩增方案可用于浒苔共附生细菌群落结构分析。
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关 键 词: | 16SrDNA 共附生细菌 浒苔(Ulva prolifera) 叶绿体 引物 |
收稿时间: | 2019-07-11 |
修稿时间: | 2019-07-21 |
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