二种体色拟穴青蟹群体ISSR分析

应用ISSR分子标记技术分析二种体色拟穴青蟹群体的遗传多样性．10条ISSR引物共扩增出81条带,其中73条表现出多态性,占总条带数的90．12％．暗红色和深绿色拟穴青蟹群体的多态性位点比率分别为81．48％和77．78％,暗红色群体的Nei’S基因多样性指数（He=0．3189）和Shannon’S信息指数（,=0．4690）略高于深绿色群体（He：0．3054,,=0．4491）．群体间的Nei’S遗传相似性（0．9484）和遗传距离（0．0529）表明,群体间遗传分化属于种内遗传分化．POPGENE和AMOVA分析表明,总的遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间发生中等程度遗传分化,群体间存在强大的基因流．UPGMA聚类图可视化群体间和群体内的遗传变异,显示60个个体并没有按体色聚类．     

海带微卫星引物对裙带菜群体分析适用性的初步研究

为获得用于裙带菜种质结构和遗传多样性研究的微卫星标记,采用近缘物种转移法分析了15个海带微卫星引物在裙带菜中的应用情况。对38个裙带菜个体进行多样性分析,结果显示:标记SSR002和SSR115不能扩增裙带菜基因组,位点SSR194能扩增,但不具有多态性,其他12个标记均能扩增裙带菜DNA,且都具有检出多态性,其中9个符合哈迪-温伯格平衡。这9个海带微卫星标记检出的等位基因数为34个,从3～5个不等,平均每个位点扩增得到3.8个等位基因。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.238～1.000、0.500～0.692、0.413～0.780,9个位点提供的多态性较高,适用于裙带菜遗传学研究。     

拟穴青蟹(CA)n微卫星DNA 多态性引物筛选

利用FIASCO (Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats) 技术建立拟穴青蟹Scylla paramamosain基因组文库, 并与生物素标记的(CA)15 寡核苷酸探针杂交, 联合磁珠富集法构建拟穴青蟹微卫星富集文库。测序194 个阳性菌落, 分析其中的150 条序列, 结果表明: 两碱基重复类型占90%以上, 其中重复拷贝数在30 以上的占27.45%; 含微卫星座位189 个, 其中完美型146 个、非完美型28个和复合型15 个。设计125 对引物扩增一个拟穴青蟹野生群体(含20 个个体), 其中的19 对引物能稳定扩增且片段大小基本符合理论长度。遗传变异分析表明, 17 个位点表现出高度多态性, 16 个位点显著偏离Hardy-Weinberg 平衡(P<0.05), 4 组两两位点间存在连锁不平衡现象(P<0.0026, 经Bonferroni 法校正), 7 个微卫星位点可能存在无效等位基因。若排除混合微卫星位点的引物对以及扩增位点PIC (polymorphism information content)值在0.5 以下的引物对, 则13 对引物能用于拟穴青蟹群体遗传学等研究。     

长牡蛎新型模式识别受体CgLRRC69的克隆和功能鉴定

在双壳类软体动物中, 血淋巴细胞介导的吞噬作用是清除入侵微生物的主要方式。本文在长牡蛎中鉴定了一个包含富含亮氨酸重复序列(Leucine-rich repeat, LRR)结构域的新型基因, 命名为CgLRRC69。对该基因的组织分布分析表明, CgLRRC69 mRNA在血淋巴细胞、鳃、肌肉、外套膜、心脏、消化腺和性腺中广泛表达。副溶血弧菌感染可以显著地刺激CgLRRC69在血淋巴细胞中表达, 并且在感染后6h达到峰值。同时, 酶联免疫吸附实验发现CgLRRC69可以特异性结合脂多糖(lipopolysaccharide, LPS), 表明它可能在免疫防御中有功能。吞噬实验结果显示, CgLRRC69重组蛋白可以显著地提高血淋巴细胞的吞噬能力; RNAi干扰CgLRRC69在牡蛎体内的表达, 显著降低了血淋巴细胞对细菌的清除能力。因此, 这些结果揭示了CgLRRC69作为一种新型模式识别受体, 可以特异性识别革兰氏阴性菌的主要成分LPS, 通过调理作用有效地清除细菌。     

缢蛏(Sinonovacula constricta)EST-SSR 分布特征及引物开发利用

采用CAP3软件对NCBI上的5296条缢蛏ESTs序列进行了微卫星特征分析。结果表明,经拼接、去冗得到非冗余EST序列3453条,含SSR位点的EST序列267条,共307个SSR位点,检出率为8.89%,平均每6.83kb出现1个SSR位点。设计了40对EST-SSR引物并进行PCR扩增,29对引物能扩增出理想的PCR产物,其中多态性引物14对。利用14对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性,共检测到等位基因数(Na)61个,每个位点的等位基因数为2—12个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占15.96%、37.13%和35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.569、0.490和0.449,表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。     

Characterization of genic microsatellite markers derived from expressed sequence tags in Pacific abalone (Haliotis discus hannai)

Simple sequence repeat (SSR) markers were developed from the expressed sequence tags (ESTs) of Pacific abalone (Haliotis discus hannai).Repeat motifs were found in 4.95% of the ESTs at a frequency of one repeat every 10.04 kb of EST sequences,after redundancy elimination.Seventeen polymorphic EST-SSRs were developed.The number of alleles per locus varied from 2-17,with an average of 6.8 alleles per locus.The expected and observed heterozygosities ranged from 0.159 to 0.928 and from 0.132 to 0.922,respective...