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1.
参对光照变化非常敏感,研究刺参对光照的分子响应非常重要。本研究应用RNA测序获取了刺参暴露于强光(“强光”)、正常光照(“对照”)和完全黑暗(“黑暗”)环境下体壁的基因表达谱情况,通过“对照”与“黑暗”,“对照”与“强光”和“黑暗”与“强光”的比较,在|log2 ratio|≥1和FDR≤0.001的标准下分别发现了1161、113和1705个差异表达基因(DEGs)。基因本体分析表明,“cellular process”和“binding”在“生物过程”和“分子功能”类别中的DEGs富集最多,而“cell”和“cell part”在“细胞组分”类别中的DEGs富集最多。将DEGs与Kyoto Encyclopedia基因和基因组数据库上的于214、41和229条通路进行比对,发现了51、2和57条通路分别显著富集。本研究发现的光特异性DEGs可作为深入研究刺参对光照变化的生化适应机制的重要目标基因。 相似文献
2.
蛤蜊科3种贝类16SrRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌(Coelomactra antiquata)、中国蛤蜊(Mactra chinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)3种双壳贝的16SrRNA基因片段和ITS2核苷酸序列.测序后用DNAstar软件分析了核苷酸差异。结果显示:三种贝类16SrRNA基因片段长度相同,均为306bp(去除引物).核苷酸存在多态性。共有45个变异位点,54个核苷酸发生了变异。全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88.9%.与四角蛤蜊的同源性为88.6%.中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90.6%。三种蛤蜊ITS2序列分别为390bp(西施舌)、441bp(四角蛤蜊)和466bp(中国蛤蜊)。存在长度多态性.ITS2核苷酸差异分析结果显示.西施舌与中国蛤蜊的同源性为70.9%-71.1%,西施舌与四角蛤蜊的为70.5%-71.0%。中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88.1%-88.8%。ITS2序列分析结果与16SrRNA基因片段分析结果一致.2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。 相似文献
3.
柴达木盆地北缘侏罗系不同沉积环境烃源岩生物标志物特征及其应用 总被引:2,自引:0,他引:2
柴达木盆地北缘地区侏罗系(中下侏罗统)的优质烃源岩主要发育于湖相与三角洲相环境。研究了不同时代、不同沉积环境中烃源岩的生物标志物组成特征,结果发现,有3类化合物的分布与组成差异显著,包括三环萜烷(C19、C20、C21)的分布型式、重排藿烷的丰度以及规则甾烷的相对组成。其中,不同时代的差异主要体现在规则甾烷组成上;而不同沉积环境的差异主要体现为三环萜烷(C19、C20、C21)的分布型式及重排藿烷的丰度。分析认为,这些差异与烃源岩的沉积环境及其生源组成有密切关系。据此,初步将这些参数应用于两方面研究,一是为划分地层沉积环境提供“生物标志物相标志”,二是研究油源对比,取得良好效果。因此,本文研究结果具有重要实用价值与参考意义。 相似文献
4.
在柴达木盆地北缘地区,分别选取有机碳含量很低和较高的侏罗系泥岩样品,对比分析了它们在生物标志物组成上的差异。结果发现,高有机质丰度泥岩的生标组成与我国西北地区侏罗纪煤系有机质的特征差异不大,相比而言,低有机质丰度泥岩的正烷烃以前主峰为特征,Pr/Ph比值在1.0左右,三环萜烷和伽马蜡烷丰度较高,并在部分样品中检出了25 降藿烷系列。结合泥岩的有机岩石学特征,认为这些差异可能反映了泥岩沉积环境和生烃母质的不同:高有机质丰度泥岩的有机显微组分以相对弱还原条件下的形态有机质为主,包括藻类体、孢子体和角质体等,而低有机质丰度泥岩的有机显微组分以相对强还原条件下的矿物沥青基质为主,其母质可能来源于低等显微菌藻类。进一步通过对比不同有机质丰度泥岩,以及区内原油生标组成之间的相互关系,讨论了研究区的油源问题。 相似文献
5.
6.
分析了普通番茄(Lycopersicumesculentum)在NaCl胁迫下酯酶(EST)和过氧化物酶(PRX)同工酶的变化,考察了盐胁迫对10个同工酶位点21个等位基因在特定组织中表达的影响。发现许多EST和PRX等位基因在盐胁迫下表达,产生盐诱导同工酶;另有些等位基因的表达受盐抑制,它们在盐胁迫下的表达活性显著减弱或消失。实验表明,EST和PRX同工酶表达的变化与番茄对盐胁迫的遗传适应性有密切关系。 相似文献
7.
采用PCR扩增和序列测定等技术,对远洋梭子蟹Portunus pelagicus核rDNA的第一内转录间隔区(internal transcribed spacer 1,ITS-1)的基因片段进行了初步研究。经PCR扩增和序列测定,得到ITS-1基因片段的碱基序列。该物种ITS-1基因片段的大小为552 bp,碱基A、T、G和C的含量分别为23.00%、25.54%、23.91%和27.54%。同时还对近年来ITS-1在十足目动物分子系统学研究中的应用作一概述并列举了已测出ITS-1序列的十足目动物种类。 相似文献
8.
日本(虫寻)和底栖短桨蟹线粒体DNA 12SrRNA基因序列的初步研究 总被引:6,自引:1,他引:6
以相应引物对日本和底栖短桨蟹的线粒体 DNA1 2 S r RNA基因片段进行了 PCR扩增和序列测定 ,分析比较了 2种间序列差异。结果表明 :日本 1 2 S r RNA基因片段长度为 41 4 bp,底栖短桨蟹为 41 5bp,2种的 A,T,G,C含量分别为 1 51 bp(36.47% ) ,1 53bp(36.96% ) ,43bp(1 0 .39% ) ,67bp(1 6.1 8% )和 1 50 bp(36.1 4 % ) ,1 55bp(37.35% ) ,44bp(1 0 .60 % ) ,66bp(1 5.90 % )。 2种间共出现了 3个碱基的缺失 /插入和 38bp的序列差异 ,其碱基转换与碱基颠换比约为 2 .1 7。 相似文献
9.
Lina Li Jean Guenzennec Peter Nichols Pierre Henry Miki Yanagibayashi Chiaki Kato 《Journal of Oceanography》1999,55(5):635-642
Dense populations of bivalves, primarily Calyptogena sp., were observed at cold seeps of the Nankai Trough. Bacterial input to the sediment was estimated through determination of phospholipid ester-linked fatty acid (PLFA) and DNA profiles. Results indicated a bacterial biomass of 109 cells (g dry wt)-1 while individual fatty acid profiles revealed a predominance of monounsaturated fatty acids, mainly 18:1 isomers. The presence of these fatty acids can be interpreted to reflect a response to low temperature and a predominance of psychrophilic bacteria. DNA fragments encoding bacterial ribosomal RNA small-subunit sequences (16S rDNA) were amplified by the polymerase chain reaction method using DNA extracted directly from the sediment samples. From the sequencing results, at least 19 kinds of bacterial 16S rDNAs related to mostly the Proteobacteria and a few gram-positive bacteria were identified. These results suggest that the bacterial community in the Nankai Trough sediments consists of mainly bacteria belonging to the Proteobacteria , , and subdivisions. Bacteria belonging to the and subdivisions, which are known to include epibiont and sulfate reducing bacteria, respectively, were mostly detected in the sediment obtained from inside the area of the Calyptogena community, and the -Proteobacteria may function to supply reduced sulfur to bacterial endosymbionts of Calyptogena. 相似文献
10.