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探究横带髭鲷(Hapalogenysanalis)的种质资源情况以及群体的遗传多样性和遗传结构,对于其增养殖实践尤为重要。微卫星分子标记在研究物种种质情况及遗传信息方面有很大优势。采用基因组survey测序方法开发横带髭鲷微卫星位点,结果表明,横带髭鲷基因组大小为543Mb;微卫星位点丰富,共检测到280 378个完美型微卫星位点,相对丰度为415.17个/Mb。二核苷酸重复是最丰富的微卫星类型(56.05%),其次为单核苷酸(29.20%)、三核苷酸(10.28%)、四核苷酸(2.99%)、五核苷酸(1.03%)、六核苷酸(0.45%)重复,短序列重复类型占95.53%。重复单元中A/T, TG/CA为优势重复单元,分别占总微卫星位点数的22.37%和21.98%;10次重复和6次重复的微卫星位点数量最多,占横带髭鲷基因组微卫星总数的14.60%和12.46%。利用筛选出的20对多态性微卫星位点扩增一个供试群体进行群体遗传学检测。结果表明,各位点等位基因数从5到13不等,均值为8.75个;平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.808和0.863;多态信息含量(PIC)均... 相似文献
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为了解瑞氏红鲂(鱼弗) (Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构, 采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂(鱼弗) 进行基因组survey分析, 为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序, 组装得到的基因组大小为813 Mb, 杂合率为0.92%, 重复序列比例为45.97%, Contigs的N50大小为712 bp。瑞氏红鲂(鱼弗)线粒体基因组长度为16 527 bp, 共38个基因(22个tRNA、12S rRNA、16S rRNA、ND1~ND6、COXI~COXIII、Cyt b、ATP8、ATP6、ND4L和1个D-loop区), 基因之间未发生重排, GC含量45.70%; 蛋白质编码基因中出现不完整的密码子T--和TA-; tRNA中只有tRNA-Ser (GCT)缺失了二氢尿苷臂(DHU臂)的简单环, 其他都是正常二级结构。此外, 联合NCBI中18个鲉形目鱼类的线粒体基因组, 利用最大似然法和贝叶斯法构建了鲉形目鱼类的分子系统发育关系。结果表明, 瑞氏红鲂(鱼弗)与同为黄鲂(鱼弗)科的须叉吻鲂(鱼弗) (Scalicus amiscus)为姐妹分支, 支持瑞氏红鲂(鱼弗)是黄鲂(鱼弗)科鱼类的形态学分类结果, 为开展黄鲂(鱼弗)科鱼类系统发育深入研究奠定了基础。 相似文献
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