中国近海区域古菌群落结构研究概述

古菌作为海洋微生物的重要组成部分,是海洋生态系统中物质与能量传递的重要贡献者,在全球生物地球化学循环中扮演着不可或缺的角色。虽然目前绝大多数的古菌尚未获得纯培养,但近年来分子生物学技术的发展使人们认识到古菌参与甚至主导了海洋生源要素循环的关键过程。本文介绍了目前研究海洋古菌多样性的主要手段,包括:荧光定量PCR、16S rRNA基因扩增子高通量测序、宏组学以及单细胞测序等技术,系统地阐述了中国近海不同区域(包括辽河口、黄河口、渤海、南北黄海、长江口、东海北部、珠江口以及南海区域)海水及沉积物中的古菌群落结构和多样性特征。研究表明我国近海地区的主要古菌类群为广古菌门(Euryarchaeota)、奇古菌门(Thaumarchaeota)、乌斯古菌门(Woesearchaeota)和深古菌门(Bathyarchaeota)等,其生物地理学分布主要受到环境因子和距离因素的影响,且在河口和近海海域呈现出完全不同的分布特点。在此基础上,对未来的研究方向进行展望,为全面深入了解我国边缘海生态系统中古菌群落及其参与的生物地球化学循环奠定了基础。     

哈维氏弧菌VIB645毒性相关质粒的结构解析

哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是水产养殖动物的常见致病菌。前期研究发现,哈维氏弧菌致病性最强的菌株VIB645含有2个核苷酸序列非常相似的溶血素基因—vhhA和vhhB,分别位于染色体DNA和1个大小约为65.6 kb的质粒上(命名为pVH1)。本研究用碱裂解法提取该菌株的毒性相关质粒pVH1,利用多种限制性内切酶进行酶切,构建随机DNA文库并测序。合计测序97.63 kb,覆盖度为148.3%,鉴定出125个ORF(开放阅读框,>150 bp)。这些预测的ORF,根据其功能主要分为以下几类:(1)毒力相关基因,包括RTX毒素钙离子结合蛋白、转铁蛋白结合蛋白A前体、外膜粘附蛋白;(2)结合转运相关基因,包括TraC、-D-、F-、G-、H-、I-、K-、N-、U-、W、TrbB-、C;(3)转座相关基因;(4)其他功能基因,如甲基转移酶,DNA结合蛋白,DNA复制蛋白DnaC等;(5)未知基因。本研究结果对揭示哈维氏弧菌的致病机理具有重要意义。     

海洋新菌的分类与鉴定方法

细菌的分类鉴定与细菌的研究和应用有着同等重要的地位。目前从自然界中可以培养的细菌总量不到1%,大多数海洋细菌的分类鉴定仍需建立在纯培养基础上。本文对目前可培养海洋细菌的分类鉴定方法做了系统的综述,详述了系统发生树的构建,汇总了生理生化分类特征,概述了主要的遗传学分析方法,包括16S rDNA序列分析,G+C含量测定,DNA-DNA杂交,MLST(多位点序列分型,Multi Locus Sequence Typing)以及核酸指纹图谱等,并指出每种方法适用的范围以及应用时需要注意的事项。另外,本文还提出了新菌分类鉴定的一般步骤。文章最后对目前海洋细菌分类鉴定的发展趋势进行了总结和展望。     

鳗弧菌膜绑定溶胞壁质转糖酶MltD的表达纯化及生物信息学分析

本研究将新发现的鳗弧菌毒力相关基因mltD(膜绑定溶胞壁质转糖酶基因)克隆于表达载体pET-32a(+),在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,并以镍琼脂糖亲和层析柱纯化表达的融合蛋白;经SDS-PAGE分析,纯化的融合蛋白为单一条带,分子量约为70.2 kDa,与理论预测值相符。生物信息学分析表明,鳗弧菌MltD由523个氨基酸组成,与其他弧菌的MltD氨基酸序列有较高的相似性;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;功能区包括N端的信号肽区域、1个糖基转移酶结构域和C端的3个溶解酶结构域;蛋白的N端具有一段脂蛋白信号肽,信号肽外的其他部分为非细胞质蛋白。鳗弧菌MltD蛋白为亲水性;不稳定系数为27.40,属于稳定性蛋白;整个蛋白分子共有24个可能的抗原决定簇,具有较强的抗原性。推断MltD蛋白为1种外周膜脂蛋白,在弧菌中相对保守,抗原性强,可应用于抗弧菌病疫苗的开发研制。     

青岛近岸特征环境中海洋异养细菌的分布规律及其分子鉴定

研究海洋微生物特征,从青岛近岸养殖密集区、工业区、洁净区分离了428株海洋异养细菌,采用BIOLOG技术对其进行了鉴定和聚类,从中选出13株具有代表性的菌株,克隆其16SrDNA片段,进行分子鉴定。结果表明,它们分别属于弧菌属(Vibrio)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、海单胞菌属(Oceanimonas)、噬纤维菌属(Cellulophaga)、赤细菌属(Erythrobacter)和Rhodovirga。在3种特征环境中,海洋异养细菌的分布具有一定的规律性:其中洁净区的特征类群属于弧菌属(Vibrio),工业区的特征类群属于弧菌属(Vibrio)和不动杆菌属(Acinetobacter),养殖密集区的特征类群属于弧菌属(Vibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假单胞菌属(Pseu-domonas)、海单胞菌属(Oceanimonas)、赤细菌属(Erythrobacter)、噬纤维菌属(Cellulophaga)和噬冷菌属(Algoriphagus)。     

高分辨率层序地层学在濮城油田西区沙二上亚段2+3砂组末端扇沉积体系中的应用(英文)

为提高研究区储层描述和剩余油预测的精度,综合运用高分辨率层序地层学理论方法与技术,以岩芯、测井资料为基础,对濮城油田西区沙二上亚段2+3砂组进行了高分辨率精细层序划分,运用基准面旋回原理,将沙二上亚段2+3砂组划分为一个中期旋回,作为等时地层格架,并且进一步进行了短期旋回的识别,作为等时地层对比单元。最终将沙二上亚段2砂组分为7个小层,3砂组分为9个小层,并在全区建立了高分辨率层序地层格架。通过单井岩芯观察和描述,对研究区内各砂组砂体和沉积微相进行了详细研究,最终建立了濮城油田西区沙二上亚段2+3砂组的沉积模式,认为该地区为具有恒定物源供给的细粒末端扇沉积体系,而非前人所认为的辫状三角洲沉积。研究区亚相类型主要为末端扇中部亚相,中部亚相又分为分流河道、泥滩、近水道漫溢和远水道漫溢4个微相。     

海洋细菌素的研究进展

在自然环境中,有些微生物通过抑制或杀死另一种微生物的拮抗作用来获得竞争优势。有的细菌产生细菌素,可杀死与其亲缘关系相近种。细菌素通常是指由细菌分泌的、对同种或其他亲缘关系很近的细菌有抑制作用的一种蛋白类抑菌物质。细菌素的蛋白质性质以及多种明显区别于抗生素的优点,使其具有广阔的应用空间。     

海洋放线菌不同分离方法的比较研究

采用平板涂布法,以青岛海区潮间带沉积物为对象进行海洋放线菌的分离方法研究.具体分析了不同样品预处理方式、稀释液、海水浓度和培养基种类等对分离效果的影响.结果表明,55℃预处理样品6 min能有效减少细菌数量,利于潮间带沉积物中放线菌的分离;以1/4林格氏溶液稀释样品、纯海水配置培养基,可以分离得到较多的放线菌;不同培养基对沉积物中放线菌的分离效果差别很大,本实验设置的M1 ～ M9培养基中,M1、M6、M7和M8培养基的分离效果优于其他5种.     

中国成矿区（带）的划分

成矿区（带）是区域成矿学的核心内容。当今以矿床成矿系列理论为中心的区域成矿学新理论的形成标志着地学各分支学科理论的相互融通，从更高层次上深化了区域成矿规律的研究。成矿区（带）的标定并和矿床成矿系列的研究相结合，开拓了区域成矿规律研究的新领域，已经成为当今区域成矿学研究的热点。已知矿床空间分布的集中性和据此提出的矿化集中区概念是圈定各级成矿区（带）的实际依据之一。成矿区（带）内对应的地质构造单元、成矿地质环境的类别和矿床的空间分布特征标志着成矿区（带）内部的物质结构、成矿作用特点和成矿作用的规律性。区域成矿学研究已经表明，成矿物质的巨量富集与成矿地质环境关系密切。从成矿地质环境和产出的矿床成矿系列入手及引入矿床成矿谱系的新概念，有可能揭示成矿区（带）内成矿地质环境的分异变迁对成矿元素巨量富集的控制作用和区域成矿作用的演化过程，深化认识中国多旋回成矿作用的自然规律。