中国明对虾Rel/NF-κB家族基因在弧菌刺激下的表达

利用RT-PCR和RACE技术获得了中国明对虾Rel／NF-κB家族成员FcRel基因的部分cDNA片段，并研究了该基因在弧菌刺激条件下的转录表达变化。结果表明，该cDNA编码320个氨基酸，包含一个完整的RHD结构域和部分IPT-NFkappaB结构域。FcRel基因的RHD结构域与其它物种的RHD结构域的分子系统学分析表明，中国明对虾的FcRel与果蝇的Relish聚在一起，然后与疟蚊、烟草天蛾等其它节肢动物的Relish聚为一类。在弧菌刺激时，FcRel在血细胞和淋巴器官中的转录表达显示出不同的变化模式。在弧菌注射后3h和5h，血细胞中FcRel的转录表达出现明显下调；而弧菌注射引起淋巴器官中FcRel基因明显的上调表达。说明FcRel基因的表达与弧菌刺激密切相关，提示Relish可能参与了对虾抗菌反应的信号转导通路。     

TRIPLOIDY INDUCTION WITH HEAT SHOCKS TO PENAEUS CHINENSIS AND THEIR EFFECTS ON GONAD DEVELOPMENT

ＩＮＴＲＯＤＵＣＴＩＯＮＩｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ,ｓｃｉｅｎｔｉｓｔｓｐａｉｄｉｎｃｒｅａｓｉｎｇａｔｔｅｎｔｉｏｎｔｏｐｏｌｙｐｌｏｉｄｙｂｒｅｅｄｉｎｇｏｆａｑｕａｔｉｃａｎｉｍａｌｓ.Ｓｔｕｄｉｅｓｏｎｔｒｉｐｌｏｉｄｙｂｒｅｅｄｉｎｇｏｆｆｉｓｈａｎｄｍｏｌｌｕｓｃｈａｖｅｍａｄｅｎｏｔｉｃｅａｂｌｅｐｒｏｇｒｅｓｓ.Ｔｈｅｒｅａｒｅｒｅｐｏｒｔｓｏｆｌａｒｇｅｓｃａｌｅｃｏｍｍｅｒｃｉａｌｃｕｌｔｕｒｅｏｆｔｒｉｐｌｏｉｄｓｉｎｄｕｃｅｄｉｎｓｏｍｅｓｐｅｃｉｅｓ.Ｔｈｅｒｅｐｏｒｔｅｄ…     

基因组研究的关键平台———大片段文库

大片段基因组文库由于其较大的容量、遗传的稳定性和易操作性等特点而被广泛应用于人类、动植物和微生物的基因组研究中,在物理图谱构建、全基因组测序、基因图位克隆、基因结构功能和进化等研究中起到了重要作用.近年来新技术、新设备的发明和应用使得克隆载体的结构不断优化,稳定性和转化效率显著提高,大片段文库逐渐成为基因组研究的关键平台.     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)形态性状与净肉重和出肉率的关系

为了探究凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)表型性状与净肉重、出肉率的关系,本研究以5月龄的650尾凡纳滨对虾为材料,测量了全长、体长、头胸甲和各体节的长宽高等24个表型性状,根据体重、净肉重计算出肉率,通过相关分析、逐步回归分析和通径分析,计算了各性状间的相关系数、通径系数和决定系数,分析了24个表型性状与净肉重和出肉率的关系。结果表明,相关系数均达到极显著水平(P0.01);通过逐步回归分析建立了以净肉重为因变量,13个性状为自变量的回归方程;同时建立了以出肉率为因变量,9个性状为自变量的回归方程。通径分析结果显示,体长对净肉重的直接影响最大,其次是第3腹节长和第1腹节宽;对出肉率的正向直接影响最大的是体长,其次是第2腹节高和第3腹节长,头胸甲长、宽、高以及尾节长与出肉率呈明显负相关。决定系数分析结果与通径分析结论基本一致,在所分析的24个形态性状中,体长和第3腹节长与净肉重和出肉率密切相关。在实际生产中,可以通过测量体长和第3腹节长等形态性状间接实现对净肉重、出肉率的选择,选育优良品种。     

脊尾白虾白斑综合征病毒耐受群体重要免疫相关酶的活性分析

白斑综合征(white spot syndrome,WSS)的爆发已给虾类养殖业造成了严重经济损失,寻找能够指示虾类群体抗白斑病能力的指标对虾类养殖业具有重要意义。本研究以脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda Holthuis)为实验材料,以人工注射白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)攻毒后稳定存活的脊尾白虾作为WSSV耐受群体(命名为Rm),以注射PBS的虾作为对照群体(命名为Vm),分析比较了Rm群体和Vm群体的酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)活性差异以探讨筛选对虾抗病免疫指标的可行性。Rm群体的ACP和AKP活性均显著低于Vm群体(P0.05),而两群体在SOD活性上无显著差异。为进一步检验WSSV耐受群体是否比未经历过病毒感染的虾具有更高的抗WSSV的能力,作者以实验室养殖过程中经过WSSV自然感染后存活的脊尾白虾作为抗性群体(命名为Rn),以未经历过WSSV感染的脊尾白虾作为普通群体(Vn),进行WSSV人工注射攻毒,观察它们在WSSV感染后的存活率,结果显示Rn群体攻毒后存活率为33.2%,显著高于Vn群体的存活率15.1%(P0.05),说明ACP和AKP有可能作为虾类抗WSSV能力的评价指标。     

凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析

凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410 条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO 分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。     

三氯异氰尿酸对脊尾白虾幼体存活及发育的影响

三氯异氰尿酸(Trichloroisocyanuric acid ,TCCA)是水产养殖中常用的水质消毒剂, 使用不当会给生产和环境带来危害。为指导脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)人工育苗过程中TCCA 的安全用药,作者利用静水试验法研究了TCCA 对脊尾白虾幼体的急性毒性及对幼体发育的影响。实验设7 个浓度梯度组(1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0 mg/L)和1 个空白对照组, 每组3 个平行。急性毒性实验持续96 h 后结束, 用正常育苗海水代替TCCA 溶液, 正常管理直到幼体全部变态为仔虾, 评估短时间的TCCA 处理对脊尾白虾幼体发育的影响。结果表明, TCCA 对脊尾白虾幼体在24、48、72 和96 h 的半致死浓度分别为3.81、3.03、2.71 和2.47 mg/L, 其安全浓度为0.25 mg/L; 随着TCCA 浓度的升高, 脊尾白虾幼体变态存活率显著降低(P<0.05), 但能成功变态为仔虾个体的变态持续时间及仔虾体长与对照组无明显差异(P>0.05)。本实验结果可以为脊尾白虾人工育苗安全用药提供参考和依据。     

Proteomic analysis of acute responses to copper sulfate stress in larvae of the brine shrimp, Artemia sinica

Proteomics was used to reveal the differential protein expression profiles of acute responses to copper sulfate exposure in larvae of Artemia sinica. Fourteen differentially displayed protein spots were detected and seven of them were identified. Three spots were up-expressed and identified: actin, heat shock protein 70, and chaperone subunit 1; three down-regulated proteins were identified: arginine kinase, elongation factor-2, and glycine-rich protein; and a newly expressed protein was identified as peroxiredoxin. The study indicates the involvement of all the differentially expressed proteins in the early responses of protein expression, and in the survival of A. sinica in the presence of copper and other heavy metals; the findings improve understanding of the organism’s adaptive responses and resistance.     

抑制性消减杂交技术结合cDNA MICROARRAY技术在中国明对虾WSSV感染后差异表达基因研究上的应用

以中国明对虾WSSV感染6h的头胸部组织为实验材料,提取总RNA分别进行正反向抑制性PCRcDNA消减杂交,消减杂交后的PCR产物经纯化并克隆到T载体,进而转化成正反向消减文库。消减文库库容分别为:正向库,3.7×104;反向库,1.2×104。利用消减文库的克隆构建了cDNA表达谱芯片,共有1536个靶点,其中正、反向文库各768个。使用该cDNA芯片对WSSV感染后6h的对虾组织进行了表达谱分析,对其中80个出现明显表达调控变化的阳性克隆进行了测序。结果显示,在WSSV感染后6h,病毒基因开始大量表达,而宿主糖酵解,嘌呤、嘧啶代谢以及精氨酸代谢等代谢途径的关键基因出现明显下调。这表明病毒已在宿主体内大批量复制并开始抑制宿主代谢。病毒上调表达的WSV482可能与病毒毒力的增强有关,而宿主蛋白的管家基因如Actin,EFα的下调表达提示:在利用基因表达技术研究WSSV病毒的实验中,管家基因的选择要十分慎重。此外,根据作者已有的研究结果,TPI基因是比较好的候选管家基因。而WSV414、WSV215和WSV482是对WSSV进行RNA干涉实验较好的候选靶标基因。     

基于三代测序技术的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)高通量候选基因关联分析方法的建立

凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是世界也是我国的主导对虾养殖品种,产业的发展离不开良种的支撑,分子育种被认为是加快良种选育的最有效途径,而目标性状相关分子标记的开发是发展分子育种的基础。研究主要目的是建立一种适用于凡纳滨对虾等水产经济物种的高通量候选基因关联分析方法,并在抗弧菌相关标记筛选中进行应用。首次将三代靶向测序技术用于对虾候选基因的基因分型,在抗弧菌性状候选基因LvPI3K的全长序列上发掘到91个SNP位点,通过关联分析鉴定到21个与抗弧菌性状显著相关的SNP标记(P0.05),利用Sanger测序证实了三代靶向测序技术分型结果准确可靠。所建立的基于三代测序的靶向分型方法为凡纳滨对虾等水产动物提供了一种高效、低成本的基因分型方法,所发掘的抗弧菌性状相关位点对开展凡纳滨对虾抗弧菌性状分子育种具有一定指导意义。