多源地理空间数据差异的成因探讨

随着地理信息的应用不断深入,人们对地理信息的需求也在不断变化,不可避免产生不同来源、格式、比例尺、多投影方式或大地坐标系统的地理空间数据.从空间实体或现象本身不确定性、人类认知表达能力的局限性、空间实体或现象观测的误差、计算机表达地理对象的局限性和空间数据操作产生的误差等方面详细分析了多源地理空间数据产生的客观和主观原因,这对GIS部门之间的数据共享和数据集成来说,具有重要应用价值.     

花鲈半乳糖凝集素基因家族的鉴定及在不同环境因子胁迫下表达响应

为探究在花鲈(Lateolabrax maculatus)响应环境因子胁迫中半乳糖凝集素(Galectins)发挥的作用，本研究通过全基因组水平鉴定获得了花鲈的14个Galectin基因(LGALS1、LGALS2a、LGALS2b、LGALS3a、LGALS3ba、LGALS3bb、LGALS4、LGALS8a、LGALS8b、LGALS9、LGALS17、GRPa、GRPb和GRPc)。通过系统发育、拷贝数、共线性和基因结构分析证实了基因注释的准确性和结构上的保守性。利用转录组测序数据进行Galectin基因的组织表达及在多种环境因子胁迫下的表达模式分析。研究表明，Galectin家族各基因在花鲈的7个组织(肝、鳃、脾、胃、脑、精巢和卵巢)中广泛表达，且有6个基因(LGALS3ba、LGALS4、LGALS8a、LGALS9、LGALS17和GRPa)表现出明显的组织特异性。Galectin家族的不同成员在4种环境因子胁迫下(低氧、碱度、高温及盐度适应)表现不同程度的表达响应，其中LGALS3a、LGALS3ba、LGALS4、LGALS17和GRPb在4种环境胁迫中表现出显著的差...     

地球科学知识图谱比较分析与启示：构建方法与内容视角

地球科学（以下简称地学）知识图谱将地学知识以有向图的方式进行形式化表达，具有强大的知识表达能力、开放互联能力和推理预测能力，是地学与人工智能交叉融合发展的基础设施之一，已成为当前地学研究中重要的研究热点。因此，国际上很多科学组织或团队先后开展了地学领域的知识图谱研究，并构建了一系列具有代表性的知识图谱。然而，目前尚缺乏对这些知识图谱的深入研究和分析。文章从基本情况、构建方法、主要内容及特点等方面，对当前国际上主要的地学领域知识图谱进行了系统的比较分析,并在此基础上，指出了对未来地学知识图谱研究的启示：从构建方法上，应构建地学知识图谱统一表达模型，建立融合多源、多模态数据的知识源，研究地学知识表示与计算方法；从内容上，应加强地学知识时空特征描述，考虑地学知识复杂时空关系和推理规则；从应用上，应发展地学知识质量评估和修正方法，提升地学知识图谱应用成效。     

银鲳应对高温胁迫的生理响应及其相关基因表达研究

为探究银鲳(Pampus argenteus)应对高温胁迫的生理响应及其相关基因表达研究,本研究设置4个温度组:对照组26℃和实验组28、30、32℃.并对银鲳的肝、肾和鳃的组织结构、肝组织中超氧化物歧化酶、过氧化氢酶的相对活性变化和丙二醛含量变化以及hsp70基因的相对表达量的变化进行了研究.结果显示:(1)随温度的...     

多层次空间语义约束的道路参数化建模研究

针对当前道路实体建模中复用性低、方法固化、组织管理不规范的问题，提出了一种参数化道路实体建模方法。选取潍坊和青岛两个城市的部分地区为测区，基于航空影像数据、道路实体参数、CityGML标准实现道路实体参数采集、表达和组织管理；在多层次语义规则约束下构建道路图元三维模型，确保道路三维模型的建模的精确性；基于多边形裁剪算法实现道路实体三维模型与城市场景的融合。实验结果表明，该文提出的参数化建模方法能够清晰、准确、规范地构建出城市道路实体的三维建模，即使对于道路交叉口同样能够准确表达。其最终模型几何效果、模型复用性和后续模型修改灵活度均优于倾斜摄影模型。     

SsC1qDC基因在毛蚶免疫防御中的作用

含C1q结构域蛋白(C1qDCs)在无脊椎动物免疫应答中发挥重要作用,但目前有关毛蚶(Scapharca subcrenata)C1qDCs免疫功能的研究鲜有报道。本研究从毛蚶中鉴定出一个含有典型C1q结构域的基因(命名为SsC1qDC),并分析了其对主要病原感染的响应特征。SsC1qDC的cDNA全长序列为711bp,编码含有N端信号肽和199个氨基酸的蛋白,系统进化分析显示SsC1qDC与双壳贝类的C1qDCs聚在一起。SsC1qDC在毛蚶卵细胞到眼点幼虫时期的表达量随发育阶段显著增加,且该基因在成体毛蚶各组织中均有表达,其中在肝胰腺和闭壳肌中表达水平较高。副溶血弧菌刺激可显著诱导SsC1qDC基因高表达,敲降SsC1qDC基因表达后毛蚶死亡率和血细胞凋亡水平显著升高,且导致毛蚶血细胞总数和吞噬活力显著下降。同时,敲降SsC1qDC基因的表达可显著抑制母源免疫相关基因Vg、LSZ、Dscam、TEP和SsC1qDC-3的表达,而C3、PAF3、SsC1qDC-1和SsC1qDC-2等基因的表达显著上调。本研究结果表明, SsC1qDC在毛蚶抗弧菌响应中发挥重要作用,对贝类免疫学和抗...     

基于RNA-Seq高通量测序技术的法螺差异表达基因分析

法螺是珊瑚礁“杀手”长棘海星为数不多的自然捕食者之一,是珊瑚礁生态系统的重要保卫者。但是,由于海洋环境变化、人类的过度捕捞、珊瑚礁栖息地被破坏等因素,法螺的自然资源遭受严重破坏,已长期处于濒临灭绝的状态。尽快开展法螺基础研究迫在眉睫,但是该物种的基因组资源有限,阻碍了如生物矿化等分子机制的深入研究。本研究借助于Illumina HiSeq ^TM2000测序平台完成了法螺两种组织(肌肉与外套膜)的高通量测序工作。测序所得原始序列经筛选、组装之后比对到NR、NT、Swissprot、KEGG、GO和InterPro数据库中获得注释结果,并进行差异基因聚类分析。结果表明,测序共获得109722个Unigene,其中有46239个Unigene得到功能注释,共获得7994个差异表达基因,其中在法螺外套膜组织中有3196个上调,4798个下调。对差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)的GO注释和KEGG富集分析显示,高表达的DEG显著富集在典型的生物矿化相关通路中,如糖胺聚糖生物合成硫酸软骨素通路(glycosaminoglyc...     

硫化物胁迫对缢蛏血液SO42-浓度及SULT1B1-12基因表达的影响

作为典型的埋栖型滩涂贝类，缢蛏(Sinonovacula constricta)常暴露在富含硫化物的环境中，并表现出较强的硫化物耐受能力。胞质磺基转移酶1B1(SULT1B1)位于硫代谢途径下游，是催化磺化反应的关键酶，在甲状腺激素(THs)等内源性物质的生物转化过程中发挥重要作用。为研究ScSULT1B1-12基因在缢蛏耐硫中的作用，本研究采用生物信息学方法分析了其序列特征，并结合血液中S O₄^2-浓度变化，开展其组织表达及不同浓度(50μmol/L、150μmol/L、300μmol/L)硫化物胁迫72 h后的表达特征研究。结果表明，ScSULT1B1-12基因全长cDNA为1 100 bp，含有897 bp的开放阅读框，编码298个氨基酸。序列分析表明，ScSULT1B1-12含有4个催化活性位点(₅₆K、₁₀₄N、₁₀₆H和₁₃₄A)、1个N端的PAPS结合域(YPKSGTXW)、1个C端的PAPS结合和二聚化域(RKGXXGDWKNXFTVXXE...     

慢性氨氮胁迫对鲻鱼(Mugil cephalus)幼鱼组织细胞免疫指标的影响研究

以鲻鱼(Mugil cephalus)幼鱼为研究对象,研究低浓度氨氮长时间胁迫对组织细胞免疫指标和遗传物质代谢的影响。实验分0.35、0.7、1.5和3mg/L氨氮处理组,分别于0、5、10、15、20d取样并进行相关指标测定。结果显示:肝脏和鳃丝的丙二醛(MDA)含量表现出先上升后下降的趋势,MDA活性与氨氮浓度呈一定的正相关。氨氮对MDA的影响具有不同组织和不同时序的选择性。不同浓度氨氮胁迫下,鳃丝和肝脏Na+-K+-ATP活性均呈现先升高后降低,并随着时间的增加逐渐趋于稳定。Na+-K+-ATP活性与氨氮浓度呈一定的负相关性,尤其是3mg/L处理组与对照组差异性显著(P0.05)。在氨氮浓度0.7mg/L和1.5mg/L时,肌肉中RNA/DNA均表现出不同程度的增加,各浓度组与对照组差异不显著;而高浓度(3mg/L)比值基本无变化。肝脏和鳃丝的Na+-K+-ATP酶的mRNA表达量,在氨氮胁迫第5d时检测到达最高,随后表达量缓慢回落,实验20d除3mg/L处理组表达量仍高于对照组水平外,其他处理组均降至对照组水平。Na+-K+-ATP酶的表达水平变化趋势与Na+-K+-ATP活性基本一致。结果表明,在一定浓度的氨氮长时间胁迫作用下,抗氧化免疫系统和肌肉中的核酸代谢受到了一定的影响。     

三疣梭子蟹CYP4C基因的cDNA克隆及表达分析

采用RT-PCR及Smart-TM Race技术,首次获得三疣梭子蟹CYP4C基因cDNA全长序列。该基因全长1888bp,编码一个由514个氨基酸组成的多肽,预测分子量大小为59.54kDa,理论等电点为8.08。氨基酸序列中含有CYP基因家族特有的K螺旋保守序列（ExxR）和血红素结合区（FxxGxxxCxG）。同源性及系统进化分析表明,三疣梭子蟹CYP4C基因与岸蟹、凡纳滨对虾、日本沼虾、中国对虾、沟虾、红螯螯虾的同源性分别为88%、72%、66%、59%、60%、59%。荧光定量RT-PCR结果表明,CYP4C在肝胰腺、肌肉、眼柄、鳃和心脏中均有分布,在肝胰腺中表达量最高。高盐（45）胁迫后,三疣梭子蟹CYP4C的表达量显著高于对照组,随着胁迫时间的延长出现逐渐降低的趋势,在胁迫48h后表达量达到对照组水平;低盐（11）胁迫条件下,CYP4C的表达水平随着胁迫时间的延长呈现逐渐下降的趋势,且从胁迫6h开始显著低于对照组。研究推测,CYP4C基因参与三疣梭子蟹盐度适应调节,是蜕皮机制的调控因子之一。