青岛石老人海域石花菜遗传多样性分析

石花菜(Gelidiumamansii)是1种重要的大型经济海藻,本研究采用AFLP技术对青岛石老人海域石花菜的遗传结构进行了分析,7对引物组合共扩增出346个位点,多态性比例为47.8%。不同个体间的遗传距离分布范围在0.029~0.390之间。群体内Na(观测等位基因数)为1.504 3,Ne(有效等位基因数)为1.298 5,Nei's基因多样性指数为0.175 5,Shannon信息指数达到0.263 3。UPGMA聚类分析将30个个体分为2个大的类群,在一定程度上反映了石老人海域石花菜群体遗传多样性不高的现状。     

大黄鱼(Pseudosciaena crocea)养殖群体遗传多样性的降低

采用AFLP技术方法,对福建二个野生及二个养殖大黄鱼群体进行了遗传多样性的研究.实验采用7对引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出472个位点,其中多态位点为220个,多态位点比例为46.61%.结果表明,大黄鱼养殖群体的遗传多样性降低:宁德野生群体和湄州野生群体多态位点比例分别为42.42%和45.14%,Nei遗传多样性指数分别为0.1046和0.1245,shannon多样性指数分别为0.1659和0.1942,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.4153和1.4428;宁德养殖群体和连江养殖群体多态位点比例分别为40.83%和40.53%,Nei遗传多样性指数分别为0.1027和0.1039,shannon多样性指数分别为0.1615和0.1633,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.3919和1.3856.四个群体间遗传距离为0.0359-0.1465,平均为0.079,群体间基因流为1.0808.     

短蛸(Octopus ocellatus)四个地理群体遗传特性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。     

许氏平鲉(Sebastes schlegeli)微卫星标记开发及野生、养殖群体遗传多样性分析

对许氏平鲉进行简化基因组测序,设计微卫星引物200对,可稳定扩增的引物190对,占95%。利用一个荣成野生群体对24个多态性较高的微卫星标记进行了评价,每个位点的等位基因数(Na)为2—21个,观测杂合度(Ho)为0.0417—0.9167,期望杂合度(He)为0.0278—0.9722,多态信息含量(PIC)为0.1948—0.9496,结果显示有20个微卫星位点为中高度多态。利用这些引物对荣成野生群体和烟台养殖群体的遗传多样性进行了比较分析,野生和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为8.5000、6.9583,有效等位基因数(Ne)的均值分别为4.5484、3.6365,期望杂合度(He)均值分别为0.6421、0.5840,多态信息含量均值(PIC)分别为0.6088、0.5490,平均香农-威纳指数均值为1.4605、1.2834,但F检验发现无显著差异,发现两个群体的遗传多样性都处于高度多态水平,但养殖群体遗传多样性水平低于野生群体。本研究结果说明许氏平鲉的人工繁育中,通过使用较大数量的亲本进行繁育可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工定向选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。Bonferroni校正后在两个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。本研究开发的微卫星标记为许氏平鲉遗传图谱构建、分子标记辅助育种等提供了更多标记选择,对野生和养殖群体遗传多样性分析为下一步的遗传育种提供参考。     

种子漂移对舟山群岛临海植物滨柃遗传分化的影响

利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记,分析了舟山群岛3个岛屿4个滨柃种群的遗传结构,比较了分布区域不同的3个物种滨柃、全缘冬青与红楠遗传变异的差异。滨柃种群平均多态性百分比(LPP)为37.95%,有效等位基因数(Ne)为1.223,Nei’s基因多样性(H)为0.132,Shannon多态性信息指数(I)为0.200,均低于全缘冬青与红楠的遗传多样性水平。滨柃种群间遗传分化指数(Gst)为0.202,远低于全缘冬青(0.316)及红楠(0.311)。个体间UPGMA聚类表明,岛屿隔离没有完全阻隔滨柃在不同岛屿间的交流,植物种子随海水漂移降低了其种群间遗传分化水平,而全缘冬青与红楠其种群间交流则受到岛屿的严重隔离。     

利用AFLP技术研究条斑紫菜的遗传变异

利用AFLP技术对11个条斑紫菜品系进行了研究.由16对引物共扩增出778条谱带,其中仅15条为共有谱带,多态位点的比例高达98.07%.日本鹿儿岛,我国的青岛、江苏、浙江等不同地点的野生或栽培条斑紫菜品系之间最近的遗传距离为0.180(两个日本样本之间),最远为0.397(日本样本与江苏样本之间),属于物种内种群间的遗传变异.聚类结果显示日本的样本与青岛的野生样本间的遗传相似系数较高而聚合在一起;浙江野生条斑紫菜与江苏的样本遗传距离相近,聚合在一起.结果表明,我国条斑紫菜的遗传多样性程度较高而且各品系间的遗传距离与其地理间距呈正相关关系.     

单环刺螠(Urechis unicinctus)微卫星标记开发及5个地理种群遗传结构分析

采用高通量测序法从单环刺螠基因组中开发微卫星标记,并通过一个秦皇岛单环刺螠野生群体对其进行多态性评价,利用获得的多态性引物对秦皇岛、烟台、潍坊、青岛、大连5个不同海区的野生单环刺螠群体进行了遗传多样性及遗传结构分析。结果表明:本实验设计的50个微卫星标记能稳定扩增的有38个,其中22个微卫星位点在5个群体中均表现为高多态性,等位基因数(Na)介于24—44之间,多态信息含量(PIC)介于0.921—0.967之间。5个群体总的平均有效等位基因数(N_e)范围为6.629—8.850,平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)范围分别为0.790—0.912、0.851—0.896,大连群体的杂合度最大(H_e=0.8962),潍坊群体的最小(H_e=0.8510),其中有12个微卫星位点在不同群体中出现显著偏离Hardy-Weinberg平衡的现象。平均遗传分化指数(FST)表明,群体分化水平处于中等分化水平(FST值为0.0880—0.1136);聚类分析显示烟台群体先与青岛群体聚为一支,再与秦皇岛群体聚类,然后跟潍坊群体聚为一支,大连群体单独聚为一支;遗传距离模式(IBD)显示单环刺螠群体的地理距离与遗传距离间不存在显著的线性关系。本研究开发的22对微卫星标记可以用于单环刺螠遗传结构分析研究,为下一步单环刺螠种质资源保护和人工繁育提供参考依据。     

舟山近海条石鲷野生群体与人工放流群体遗传多样性的AFLP 分析

利用AFLP技术对舟山近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)野生和放流群体的遗传多样性进行比较分析,旨在为条石鲷的人工增殖及其种质资源的保护和利用提供遗传学的基础资料.采用8对引物组合在2个群体中共扩增得到位点316个,多态性位点为162个,多态性比例为51.67％.野生群体和放流群体的多态性位点比例(P),Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's多样性指数(I)分别为46.75％和44.67％,0.097和0.089,0.16和0.15.野生群体的遗传多样性水平略高于放流群体,但差异并不显著(P＞0.05).两群体间的遗传相似系数(S)和遗传距离(D)分别为0.99和0.0073;基因分化系数(Gst)为0.036,群体间无显著遗传分化(P＞0.05).分子方差(AMOVA)分析表明96.82％的遗传变异来源于群体内的个体间,群体间无显著的遗传差异(P＞0.05).以上研究结果表明条石鲷的放流群体与野生群体间无明显的遗传分化,放流群体的遗传多样性水平尚处于一个合理状态.但为了避免放流群体对野生群体产生负面的遗传效应,应当增加放流群体繁育亲本的数量,并对放流群体的遗传变异水平进行持续监测.     

海南近海野生鞍带石斑鱼群体遗传多样性的RAPD分析

用RAPD技术分析海南近海野生鞍带石斑鱼群体的遗传多样性,从48个随机引物中筛选出20个引物对鞍带石斑鱼的DNA进行扩增,结果共检测出131个位点,其多态位点比例(P)为48.09%;利用RAPDdistance1.04软件获得海南野生鞍带石斑鱼群体21个个体间的遗传距离矩阵,依此计算出个体间平均遗传距离(D)为0.2650,个体间平均遗传相似系数(S)为0.7350;利用POPGENE1.3软件计算出Shannon遗传多样性指数(H0)为0.2266;与其他种类的石斑鱼群体的RAPD分析结果比较可知,海南近海野生鞍带石斑鱼群体仍保持着较丰富的遗传多样性.因此在海南发展鞍带石斑鱼的养殖业,可以选择海南近海的野生鞍带石斑鱼作为亲本进行人工繁殖,但应采取一些有效的保护措施,以避免遗传多样性的丧失.     

马氏珠母贝家系遗传结构的微卫星分析

利用6个微卫星位点研究了9个马氏珠母贝(Pinctada fucata)养殖家系的遗传结构,为后续育种工作提供了指导。从60对引物中筛选出6对能够稳定扩增且多态性较好的引物。6个微卫星位点在9个家系中共检测到17个等位基因,每个位点等位基因数(A)为2~4个,平均2.833个。6个位点在9个家系上的有效等位基因数(Ne)平均值为2.030~2.632,平均杂合度观测值(Ho)为0.4306~0.6354,平均杂合度期望值(He)为0.4380~0.5962。家系间遗传分化系数(FST)为0.0749。采用NJ法进行聚类分析显示,9个家系分为明显的两支,根据遗传距离计算结果, F7和F9家系之间的遗传距离最近, F11与F12家系遗传距离最远。结果表明,9个家系的遗传多样性和遗传分化处于中等水平,可以考虑F11与F12家系杂交,以期获得较好的杂种优势, F11自交培育出遗传稳定的优良家系。     

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)遗传多样性的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性技术(AFLP)分析了13个条斑紫菜品系,在80对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,共扩增出619条谱带,每对引物扩增带数为40—77条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异。共得到609条多态性条带,多态位点的比例高达98.38%。根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(GD)和相似性系数(GS)。聚类结果显示,品系海安与二室间的遗传相似系数较高而聚合在一起,不同样品间的相似性系数介于0.595—0.845之间。结果表明,条斑紫菜的遗传多样性极为丰富,而部分材料间的遗传距离有随地理间距增大而逐渐增大的趋势。聚类分析结果反映了目前条斑紫菜养殖品种间存在着相互混杂。     

中国北方沿海6个栉孔扇贝群体的AFLP分析

利用4对AFLP引物首次对我国北方沿海主要的6个栉孔扇贝养殖区的自然采苗群体进行了遗传多样性分析,共扩增得到191条清晰带谱,其中175条具有多态性。对各群体进行遗传多样性分析,结果表明各群体均具有较高的遗传多样性水平,香农式多样性指数在0.347 4～0.391 7之间。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.22%。个体聚类结果表明,烟台、长岛、大连3个群体的个体聚在一起,可看做1个群体;而荣成群体的个体单独聚在一起,具有独立的遗传结构;胶南和日照的一部分个体聚在一起,其他大部分各群体单独聚在一起;推测是海洋环境和人工养殖影响的共同结果。     

“黄海1号”中国对虾不同世代间的AFLP分析

采用AFLP技术对中国对虾野生群体和第9、10代选育群体的遗传多样性及遗传分化进行分析,计算了3个群体间的遗传多态度、遗传距离及分化系数.结果显示,5对引物共产生了137条带,其中多态性条带有63条,平均每对引物检测到 12.6条多态性条带.3个群体的多态位点比例分别为45.99%、40.57%和41.02%;Shannon 多样性指数分别为0.181 8,0.180 7和0.177 4;野生群体与选育群体之间的遗传距离及分化都比较大,但选育群体之间的遗传距离和分化都很小分别为0.003 1和0.020 6.结果表明,选育群体相较于野生群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降,随着选育时间的延长,相邻世代群体间遗传距离和分化也均有所下降,出现趋同现象,显示出"黄海1号"新品种具有遗传上的稳定性.     

三种蛏的遗传多样性分析

应用AFLP技术对浙南地区分布的小荚蛏(Siliqua minimai)、缢蛏(Sinonovacula constricta)和大竹蛏(Solen grandis)3种蛏进行了基因组DNA多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析.利用筛选出的5对引物组合,共扩增出781个清晰的位点;小荚蛏、缢蛏和大竹蛏多态位点比例依次为79.22%、84.25%和64.82%,Nei's基因多样性指数分别为0.2971、0.3070和0.2785,Shannon's多样性指数分别为0.4402、0.4575和0.4010,种内平均遗传距离为0.2585、0.2691和0.1838.研究结果表明,这3种蛏的核DNA遗传多样性水平以缢蛏为最丰富,小荚蛏次之,大竹蛏最低;并且3种蛏的共享位点很少,遗传趋异比较明显,说明3种蛏的遗传关系比较远.     

Assessing genetic diversity of wild populations of Japanese flounderusing AFLP markers

1IntroductionThe Japanese flounder,Paralichthys olivaceus,is one of the most important commercial marine flat-fish that inhabits the coastal waters of China,Japanand Korea.(Tanaka et al.,1989;Masuda andTsukamoto,1998).However,because of overfis-hing durin…     

牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析

利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。     

Genetic variation of Porphyra yezoensis by using AFLP1

Genetic variation of 11 lines of Porphyra yezoensis from the coastline of Kagoshima ofJapan, Qingdao, Nantong, Putuo and Nanji Islands of China were studied by using amplified fragment length polymorphism (AFLP).778 bands were obtained with AFLP analysis of 16 primer combinations, among which 15 were unique, about 98.07% were polymorphic. The AFLP data showed that the closest genetic distance was 0.180 between two Kagoshima samples, and the farthest one was 0.397 between Kagoshima No.1 and Nantong No.9 line. The genetic distance showed that the variation was within the inner species scope. Neighbor-joining cluster and UPGMA cluster indicated that samples from Kagoshima and Qingdao were with high similarity and either with the samples of Nantong, Putuo and Nanji Islands. P. yezoensis in China shared high genetic diversity, and the genetic distance showed positive correlation with the geographic distance.     

3个花鳗鲡地理种群的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术首次对澳大利亚、海南岛和菲律宾3个：仲群的共60尾花鳗鲡（Anguillamarmorata）幼鱼样品进行了遗传多样性分析。4对选择性扩增引物共扩增得到180个位点,平均每对引物扩增出45个位点。澳大利亚、海南岛和菲律宾3个种群的多态位点分别为78．33％、79．44％和84．44％,Nei’s...     

我国沿海棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）群体遗传结构的AFLP分析

利用AFLP技术分析了我国沿海棘头梅童鱼8个地理群体（山东荣成、江苏南通、启东、上海芦潮港、浙江温州、瑞安、福建福州和广州番禺）的遗传结构特征。10对引物组合在8个群体160尾个体中共扩增出272个位点,多态位点72个,多态位点比例为26．47％。8个地理群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数分别为8．82％-15．...     

基于AFLP技术的海南三亚野生和养殖牡蛎遗传多样性研究

2008年夏季,从海南三亚分别采集26份养殖牡蛎和32份野生牡蛎样品(1份样品代表1个体),开展扩增片断长度多态性(AFLP)和数量性状分析,采用POPGENE 32软件计算多态性位点百分率、遗传多样性指数、Hardy-Weinberg遗传偏离指数、群体遗传相似度和遗传距离。基于AFLP分析获得的遗传距离和线粒体细胞色素氧化酶I亚基(CO I)基因序列,采用邻接法构建养殖和野生牡蛎的系统发育树。结果表明,选择性引物对牡蛎品种具有较好的鉴别效率;相比养殖牡蛎,野生牡蛎多样性丰富、品种间同源性较低、亲缘关系相差较远、遗传基础较宽;通过CO I基因序列分析可知,养殖牡蛎均为香港巨牡蛎Crassostrea hongkongensis,而野生牡蛎属于囊牡蛎属Saccostrea,主要为僧帽牡蛎Saccostrea cucullata。目前海南三亚牡蛎种质资源多样性相对丰富,引种还未对三亚自然环境的牡蛎资源造成明显影响。