斜带石斑鱼养殖群体遗传多样性的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术分析了斜带石斑鱼Epinephelus coioides繁育亲本以及2001、2004年孵育的2批子代群体的遗传多样性。17个引物共扩增出104个位点。应用生物软件POPGENE进行统计分析,3个取样群体的多态位点百分率分别为32.69%(繁育亲本)、30.77%(2001年子代)和24.04%(2004年子代);基因多样性和香侬信息指数均为繁育亲本群体最高(0.110 8和0.167 0)、2004年子代群体最低(0.066 6和0.103 8)。通过t检验检测群体间遗传多样性的差异显著程度并根据Nei公式计算遗传相似度和遗传距离分析群体间的遗传分化。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估斜带石斑鱼遗传多样性较为适宜的分子标记之一;人工养殖不仅使斜带石斑鱼遗传多样性逐年下降,而且目前已经降低到显著的程度,近交和遗传漂变可能是导致遗传多样性下降的2个重要因素。最后对保持斜带石斑鱼遗传多样性的养殖策略进行了探讨。     

4种石斑鱼的分子遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析

采用25个引物,对海南养殖的点带石斑鱼、广东养殖的斜带石斑鱼、南海西沙野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼的基因组DNA进行了RAPD分析,并用UPGMA法对4种石斑鱼进行聚类分析.研究结果表明:(1)野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼群体内遗传多样性较高,多态位点比率分别为58.07%和55.65%,平均遗传杂合度分别为0.1793和0.1622,表明南海野生石斑鱼遗传变异水平较高,种质资源状况良好;而养殖的点带石斑鱼和斜带石斑鱼遗传多样性偏低,多态位点比率分别为49.70%和40.38%,平均遗传杂合度分别为0.1349和0.1135,表明石斑鱼养殖群体遗传多样性水平有所下降,应及时采取适当的保护措施.(2)4种石斑鱼种间遗传距离及聚类分析表明,点带石斑鱼与斜带石斑鱼遗传距离最近(D=0.2570);鲑点石斑鱼与蜂巢石斑鱼遗传距离次之(D=0.5146);斜带石斑鱼与蜂巢石斑鱼的亲缘关系最远(D=0.5810).(3)在8个引物中,有区分4种石斑鱼的特异性片段,可用于这些石斑鱼的鉴定.     

海南近海野生鞍带石斑鱼群体遗传多样性的RAPD分析

用RAPD技术分析海南近海野生鞍带石斑鱼群体的遗传多样性,从48个随机引物中筛选出20个引物对鞍带石斑鱼的DNA进行扩增,结果共检测出131个位点,其多态位点比例(P)为48.09%;利用RAPDdistance1.04软件获得海南野生鞍带石斑鱼群体21个个体间的遗传距离矩阵,依此计算出个体间平均遗传距离(D)为0.2650,个体间平均遗传相似系数(S)为0.7350;利用POPGENE1.3软件计算出Shannon遗传多样性指数(H0)为0.2266;与其他种类的石斑鱼群体的RAPD分析结果比较可知,海南近海野生鞍带石斑鱼群体仍保持着较丰富的遗传多样性.因此在海南发展鞍带石斑鱼的养殖业,可以选择海南近海的野生鞍带石斑鱼作为亲本进行人工繁殖,但应采取一些有效的保护措施,以避免遗传多样性的丧失.     

从细胞色素 b基因全序列研究鞍带石斑鱼的分类学地位

通过对鞍带石斑鱼 Epinephelus lanceolatus、棕点石斑鱼E. fuscoguttatus、斜带石斑鱼E. coioides、鲑点石斑鱼E. fario的线粒体细胞色素b基因全序列扩增、克隆及测序,得到1 141bp序列,并结合GenBank其他7种石斑鱼同源序列进行比较分析,共发现429个核苷酸位点存在变异(37.6%).序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位.以4种鲈形目鱼类为外群,用MEGA3.0软件中的NJ、ME、MP等3种方法构建分子进化树,结果显示,鞍带石斑鱼与石斑鱼属鱼类有较近的亲缘关系,支持鞍带石斑鱼归入石斑鱼属.     

斜带石斑鱼不同地理群体遗传变异的微卫星分析

筛选5时可分析引物对斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)台湾群体和广东群体的DNA多态性进行分析.根据电泳检测结果,平均每个引物获得4.2个等位基因,未发现群体的特异位点.获得2个群体平均观测杂合度(H_o)分别为0.672 1和0.682 6,平均期望杂合度(H_e)分别为0.647 9和0.544 4,两群体间的遗传分化系数(F_(ST))为0.011 0.统计结果表明,2个群体有着较高的遗传变异性,群体间的遗传分化程度处于多数海水鱼类的平均水平.     

斜带石斑鱼胰蛋白酶原和淀粉酶全长cDNA的克隆与序列分析

采用RT-PCR及RACE法从斜带石斑鱼Epinephelus coioides肝胰脏克隆得到胰蛋白酶原(trypsinogen,TRY)与淀粉酶(amylase,AMY)基因cDNA全序列.斜带石斑鱼肝胰脏TRY基因cDNA全长911 bp,其中5非翻译区(5'-UTR)为55bp,3'-UTR为127bp,开放阅读框(ORF)为729bp,编码242个氨基酸,包含所有丝氨酸蛋白酶中共有的高度保守的催化活性中心.序列一致性分析发现,斜带石斑鱼与牙鲆Paralichthys olivaceus、金头鲷Sparus aurata、鳎Solea senegalensis、石鲽Pleuronectes bicoloratus的TRY序列相似性高达86.8%-89.70%,与人Homo sapiens小鼠Mus musculus、斑马鱼Danio rerio的TRY相似性较低为59.9%-64.5%.斜带石斑鱼AMY基因cDNA全长1657bp,其中5'-UTR为41bp,3'-UTR为77 bp,ORF为1539bp,编码512个氨基酸,包含与哺乳动物α-AMY二级结构相似的8个α旋和8个β折叠.序列一致性分析发现,斜带石斑鱼与澳洲肺鱼Neoceratodus forsteri、美洲拟鲽Limanda americanus、大西洋鲑Salmo salar、斑马鱼AMY基因序列相似性高达82.4%-91.8%,与人、小鼠、鸡G.Gallus的AMY基因相似性较低为70.1%-72.3%.斜带石斑鱼TRY和AMY基因cDNA全序列的成功克隆为进一步研究其表达调控机理及研发有效提高其表达水平的饲料添加剂奠定基础.     

斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)两种神经肽NPB的发现及表达分析

神经肽B(Neuropeptide B,NPB)在生命体的许多生理活动中发挥着重要作用,如调节摄食行为、能量平衡、睡眠、神经内分泌功能和调节炎症性疼痛等。为了研究在石斑鱼中NPB与摄食调控的关系,本文对斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)转录组数据比对分析后,在斜带石斑鱼中克隆得到了两种NPB(NPB1和NPB2)基因的c DNA序列,首次发现鱼类存在两种NPB基因。作者对NPB编码蛋白的信号肽及其成熟肽的结构进行了预测,发现与其它脊椎动物相一致。采用实时荧光定量PCR技术,研究了斜带石斑鱼不同组织中的m RNA的表达模式,结果发现NPB1和NPB2在脑组织中广泛表达,且在下丘脑中表达最为丰富;在其它的外周组织器官中也有相应的表达。饥饿试验的研究结果表明,在禁食3d和7d后,NPB1和NPB2的m RNA表达量都发生了显著的下调;复投喂后表达量恢复。由此可见NPB1和NPB2参与了斜带石斑鱼摄食行为的调节。     

日本盘鲍×皱纹盘鲍子代杂种优势的RAPD分析

本文通过对日本盘鲍 (D)、皱纹盘鲍 (H)及其二者的正反杂交子代 D♀× H♂ (DH)、D♂× H♀ (HD)四样本的基因组 DNA进行 RAPD标记分析。探讨了杂种优势产生的分子遗传机制。从 4 0个随机引物 (OPK,OPV系列 )中筛选出 12个引物进行扩增 ,共得到 113条清晰稳定的扩增带 ,多态率占 4 3.3%。其中四群体各有其特异扩增位点。另外 D与 DH,H与 HD及 D与 DH,HD等间亦存在共享片段。四群体内相似性指数各自为 0 .798(H)、0 .799(D)、0 .777(HD)、0 .788(DH)。可见正反杂交子代群体内相似性指数皆低于两亲本 ,这表明杂种子代基因组发生的变异更大些。皱纹盘鲍与其正反杂交子代的相对遗传距离分别为 0 .0 76 ,0 .0 95,而日本盘鲍与其正反杂交子代的相对遗传距离分别为 0 .0 31,0 .0 33,前者明显大于后者 ,这表明杂交子代与两亲本的遗传距离不是对等的 ,而是更偏向日本盘鲍。     

5种石斑鱼核糖体DNA ITS1序列及其分子系统进化关系

为了明确分布于中国海域点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、巨石斑鱼(E.tauvina)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)和宝石石斑鱼(E.areolatus))等石斑鱼属(Epinephelus)鱼类的系统发育关系,作者采用PCR和DNA测序技术,测定了5种石斑鱼属鱼类的核糖体DNA ITS1序列,获得其ITS片段长度分别为537、536、535、528、532 bp。研究结果表明:5种石斑鱼r DNA ITS1序列的碱基组成趋势相似,A+T含量皆低于C+G含量,A+T含量最低为宝石石斑鱼(37.6%),最高为六带石斑鱼(41.5%);基于Kimura-2双参数模型计算得到上述石斑鱼种间遗传距离在0.0000~0.3002。基于MP法、ML法和NJ法构建的3种分子系统树表明,r DNA ITS1序列与形态呈同步进化关系,宝石石斑鱼与其他4种石斑鱼的亲缘关系较远,表明在所研究的物种中最早分化而出,而点带石斑鱼与青石斑鱼的亲缘关系最近,分化的时间最晚。     

云纹石斑鱼与褐石斑鱼形态比较研究

对在分类上存在混乱的云纹石斑鱼(Epinephelus moara)和褐石斑鱼(E.bruneus)的外部形态和骨骼系统进行了比较研究,结果表明:两种石斑鱼的体形和体表横带等外部形态特征非常相似,但体表斑纹不同;Fisher逐步判别法分析得出两者在可量性状,如体长/肛长、背鳍基底长/臀鳍基底长和头长/眼径,可数性状,如背鳍鳍条数、鳃耙数和幽门盲囊数等方面的差异达到极显著水平(p<0.001);两者骨骼系统均由脑颅、咽颅、脊柱、肋骨和附肢骨骼组成,主轴和附肢骨骼的形态结构基本相同,但在脑颅的眶前骨和眶后骨、咽颅的前鳃盖骨和尾舌骨、附肢骨骼的髓棘间骨以及尾下骨与尾鳍鳍条连接方式等方面存在明显差异。上述形态与骨骼差异可作为两种石斑鱼种间分类的依据。研究结果确认云纹石斑鱼和褐石斑鱼为两个不同的物种。     

Identification of Epinephelus malabaricus and Epinephelus coioides using DNA markers

1 IntroductionBothEpinephelus malabaricusandE. coioidesbelong to the genusEpinephelus(Perciformes: Ser-ranidae: Epinephelinae).They are warm water reeffishes that have similar distribution ranges as well assimilar morphological characteristics, which have…     

AFLP技术在笛鲷的仔鱼鉴定及其分类学上的研究

以南沙群岛采获的勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)、黄笛鲷(Lutjanus lutjanus)、红笛鲷(Lut janus sanguineus)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、金焰笛鲷(Lutjanus fulviflamma)、线纹笛鲷(Lutjanus lineolatus)、画眉笛鲷(Lutjanus vitta)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabarius)、驼背笛鲷(Lutjanus gibbus)、约氏笛鲷(Lutjanus johni)、金带笛鲷(Lutjanus vaigiensis)11种笛鲷属的后期仔鱼为材料, 进行了基因组DNA的AFLP(扩增片段长度多态性)研究,通过笛鲷仔鱼和成鱼的AFLP电泳图谱的比较分析,将这11种笛鲷属的仔鱼成功分开.研究表明,最适合的AFLP引物组合是E+AGC/M+CAA,由这11种笛鲷共扩增出132 AFLP位点,每种笛鲷的AFLP条带数为43~69,在这11种笛鲷中,共享的AFLP条带数仅为7,同一种笛鲷仔鱼和成鱼AFLP遗传相似度在90%以上.根据这11种笛鲷的Nei遗传距离对Neighboring系统进行进化分析,并且与传统的笛鲷形态分类进行了比较.分子生物学可以阐释笛鲷属鱼类的系统进化和遗传亲缘关系,对传统形态分类学加以完善和补充.     

4种养殖扇贝的群体遗传多样性及特异性AFLP标记研究

应用AFLP技术对我国4种主要养殖扇贝进行了遗传分析.虾夷扇贝、海湾扇贝、华贵栉孔扇贝、栉孔扇贝4种养殖扇贝群体中,种内遗传相似度依次分别为0.841 5,0.786 3,0.719 0和0.673 1,香侬氏指数分别为43.52,58.87,80.16和92.83,栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传多样性水平明显高于海湾扇贝和虾夷扇贝;AFLP标记共享位点分布表明,在4种扇贝中栉孔扇贝与华贵栉孔扇贝之间的共享位点最多,同时4种扇贝的种间遗传相似度也以栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝之间为最高(0.769 5),海湾扇贝和虾夷扇贝之间为最低(0.662 6),揭示所研究的几种扇贝中栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传关系最近(遗传距离为0.262 1);找到了21个种内特异性AFLP标记和种间共享标记,可用于种质鉴定和分子辅助分类.     

Genetic variation of Porphyra yezoensis by using AFLP1

Genetic variation of 11 lines of Porphyra yezoensis from the coastline of Kagoshima ofJapan, Qingdao, Nantong, Putuo and Nanji Islands of China were studied by using amplified fragment length polymorphism (AFLP).778 bands were obtained with AFLP analysis of 16 primer combinations, among which 15 were unique, about 98.07% were polymorphic. The AFLP data showed that the closest genetic distance was 0.180 between two Kagoshima samples, and the farthest one was 0.397 between Kagoshima No.1 and Nantong No.9 line. The genetic distance showed that the variation was within the inner species scope. Neighbor-joining cluster and UPGMA cluster indicated that samples from Kagoshima and Qingdao were with high similarity and either with the samples of Nantong, Putuo and Nanji Islands. P. yezoensis in China shared high genetic diversity, and the genetic distance showed positive correlation with the geographic distance.     

4种石斑鱼染色体核型研究

以蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)、鲑点石斑鱼(Epinephelus fario)、点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)及黑边石斑鱼(Epinephelus fasciatus)为材料,胸腔注射PHA及秋水仙素溶液,取头肾细胞经空气干燥法制片。经核型分析,蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼核型一样,2n=48=4m 6sm 4st 34t,NF=62;点带石斑鱼与黑边石斑鱼的核型一样,2n=48=48t,NF=48。由染色体数目2n=48可知,4种石斑鱼在鱼类系统中划分为高位类;由核型组成不同,可以将4种石斑鱼分为两大类：蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼属于一大类;点带石斑鱼与黑边石斑鱼属于另一大类。此外,按总臂数多少来分,蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼为特化类群：点带石斑鱼与黑边石斑鱼为原始类群。     

杜氏藻与大肠杆菌跨界融合初探

以链霉蛋白酶制得了杜氏藻(嗜盐单胞绿藻)的原生质体。采用聚乙二醇(PEG)-钙离子法将它们与大肠杆菌(含氯霉素乙酰转移酶基因质粒)的球1,20,1状体进行融合。“融合子”酷似杜氏藻。它们对氯霉素抗性的显著提高寓示了大肠杆菌的质粒已转移到“融合子”细胞中;而且,“融合子”的蛋白质组分与杜氏藻和大肠杆菌相比已发生了较明显的变化。