中国对虾胰蛋白酶基因的克隆和结构分析

克隆中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）胰蛋白酶基因,参考多种生物的胰蛋白酶基因序列设计出1对简并PCR引物.利用PCR技术从中国对虾基因组DNA中扩增出1条DNA带,经PCR产物回收、纯化,连接到载体质粒,转化细菌,蓝百斑筛选等操作获得了1个阳性克隆.序列分析表明,该序列包含1个内含子和2个不完整的外显子,与已报道的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）胰蛋白酶基因Ⅲ有较高的相似度（identity=79.2%）.综合多种分析,可以推定该序列为对虾的胰蛋白酶基因序列.系统进化分析表明该基因属于胰蛋白酶第三家族.     

宁波北仑港冬季浮游细菌多样性研究

采用分子生物学方法对宁波北仑港冬季水体中的浮游细菌多样性进行了研究.提取水样中细菌基因组总DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,扩增产物经分子克隆、测序与序列分析,对水样中的细菌建立了16S rDNA克隆文库和系统发生树.结果表明,浮游细菌群落具有较高的多样性,34个克隆子分属2个不同的细菌类群,6个克隆子属于未知类群,优势细菌类群为Pro-teobacteria类群（变形菌类群）,占80%;细菌优势类群顺序为β-Proteobacteria类群（32.5%）、γ-Proteobacteria类群（25%）、α-Proteobacteria类群（15%）、ε-proteobacteria类群（7.5%）、Firmicutes类群（厚壁菌类群）（5%）.这一结果与近年来国内外有关港口微生物多样性的报道较为一致.用DNAStar中Clustalw程序从测序的40个克隆子中选出17个OTU进行系统发育分析,同样表明浮游细菌多样性较强.     

不同饥饿时段对黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)ghrelin 基因表达的影响

设计了黑鲷ghrelin基因的特异性引物，提取胃组织总RNA并扩增出目的片段，将PCR产物克隆到pGEM—TEasy载体，经质粒PCR扩增、酶切和测序鉴定重组质粒，构建标准曲线等，成功建立了ghrelin基因荧光实时定量PCR检测方法，以准确分析ghrelin基因在黑鲷摄食调节中的作用。运用建立的荧光实时定量PCR方法检测了不同饥饿时段（2天、7天）黑鲷胃、肠、下丘脑组织中ghrelin mRNA的表达变化。结果表明，饥饿2天（短期饥饿），黑鲷胃、肠组织中ghrelin mRNA表达显著上升（P〈0．05），下丘脑ghrelin mRNA表达无显著变化（P〉0．05）；饥饿7天（长期饥饿），黑鲷胃、肠组织ghrelin mRNA表达比饥饿2天显著下降，但仍显著高于对照组，下丘脑ghrelin mRNA表达逐渐升高（P〈0．05）；在同一饥饿时间内不同组织ghrelin mRNA表达存在显著差异（P〈0．05）。黑鲷不同组织ghrelin基因的表达随不同饥饿时段呈现出不同的变化趋势，推测ghrelin基因参与了黑鲷摄食调节的生物学讨程。     

锦鲤疱疹病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

研究建立并完善了Taqman实时荧光定量PCR检测锦鲤疱疹病毒（KHV）的方法。首先通过选取KHV病毒TK基因的保守序列（GenBank AB182940）,利用PRIMER EXPRESS 2.0设计引物和探针。其中Taqman探针的5’端标记FAM,3’端标记TAMRA。然后利用梯度稀释的阳性样品克隆质粒进行定量PCR反应,制作标准曲线,得到病毒拷贝数与Ct值的关系为：Ct=-3.45 lgX＋42.73（相关系数R2=0.989）。通过试验检测得到实时荧光定量PCR对KHV的灵敏度为32个病毒核酸拷贝数,同时,设计的引物和探针对于鱼类细胞系和其它鱼类病毒没有扩增反应,表现出较好的特异性。实验结果表明,实时荧光定量PCR检测KHV的方法,具有特异性好、灵敏度高的特点,可以缩短检测时间,提高检测速度,非常适合口岸进出口检验检疫的要求。     

《中国海洋湖沼学报》(英文版,SCI-E收录)Chinese Journal of Oceanology and Limnology 2011年第5期论文导读

Cloning and nucleotide sequence of D-hydantoinase gene ofmarine polyphosphate-accumulating bacterium,Halomonassp.YSR-3任世英,刘飞,李相前,等:以海洋聚磷菌(Halomonas)YSR-3的总DNA为模板,用PCR法扩增D-海因酶基因,将扩增片段克隆到pGM-T载体,转化大肠杆菌(Escherichiacoli)TOP10菌株,经蓝白斑筛选、菌落PCR得到阳性克隆,测序后对序列进行Blast比对分析。得到的基因序列长度为     

凡纳滨对虾内脏几丁质酶基因的克隆、序列分析与结构预测

几丁质酶是甲壳动物顺利完成生理性蜕壳的关键功能酶．已有研究表明几丁质酶是一个多基因家族．根据甲壳动物几丁质酶保守序列设计引物，应用反转录PCR方法从凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）内脏中扩增得到部分几丁质酶编码基因片段，进一步结合RACE法，克隆得到该几丁质酶完整编码序列．生物信息学分析表明其含有信号肽序列、几丁质酶催化中心序列、PEST连接区和几丁质底物结合部位序列．序列比对发现其与中国对虾（ABB85237．1）、斑节对虾（AF157503．1）和日本对虾几丁质酶（BAA12287．1）具有很高的相似度．     

罗非鱼源无乳链球菌（Streptococcusagalactiae）Sip基因的克隆、鉴定及分子特性分析

利用设计的特异性引物,扩增出了分离自患病罗非鱼无乳链球菌强毒株Sip基因,并将其克隆到pMD19-T载体上,之后对重组质粒进行了PCR和双酶切（BamHⅠ＋HindⅢ）鉴定,并利用多种生物信息学软件对Sip基因进行分子特性分析。结果显示,罗非鱼源无乳链球菌Sip编码氨基酸序列具有极高保守性,与人源、哺乳动物源无乳链球菌...     

最小弧菌热不稳定型溶血素基因克隆与序列分析

根据已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素（heat-labile hemolysin）基因核苷酸序列，设计和合成一对特异性引物，以最小弧菌96-6-3的基因组DNA为模板，PCR扩增得到热不稳定型溶血素基因片段，克隆到质粒载体pMD-18T中进行测序和分析．其结果表明扩增的热不稳定型溶血素基因片段与已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素的同源性高达98％，扩增片段编码由446个氨基酸组成的多肽，推测分子量为50200．软件分析表明编码的氨基酸有较高的抗原性，可作为基因工程疫苗的候选基因片段．     

导入bar基因获得裙带菜草丁膦抗性配子体

裙带菜(Undaria pinnatifida)配子体经2.5 L气升式光生物反应器快速营养增殖,通过基因枪法将携带草丁膦抗性基因(bar)的载体转入扩增后的配子体,经草丁膦筛选,获得抗性克隆。提取抗性克隆配子体基因组总DNA,经PCR和PCR Southern检测,结果显示60%的抗性克隆可检出bar基因,表明bar基因是裙带菜配子体基因工程有效的筛选标记。     

一种快速制备甲藻细胞PCR扩增DNA模板的方法

报道了一种快速制备PCR扩增甲藻细胞模板DNA的方法。以赤潮甲藻塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）和链状亚历山大藻（Acatenella）为目标藻，对藻液预处理后直接用于PCR扩增，获得5,8S核糖体RNA基因及其两侧的核糖体RNA基因转录单元内基因间隔区（internal transcribed spacer，ITS）序列片段，成功测序。此方法避免了复杂的DNA提取过程。     

二温式多重PCR检测鉴别对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)的研究与应用

建立了一种同时检测对虾白斑综合征病毒（WSSV）、传染性皮下和造血器官坏死病毒（IHHNV）的二温式多重PCR技术。根据基因库中WSSV（AF369029）和IHHNV（NC002190）基因序列，设计了两对分别与WSSV和IHHNV某段保守基因序列互补的引物，用这两对引物对同一样品中的WSSV和IHHNVDNA模板进行多重PCR扩增，结果均同时得到了两条大小与实验设计相符的593bp（WSSV）和356bp（1HHNV）特异性多重PCR扩增条带，而对其他对虾疾病病原的PCR扩增结果均为阴性；敏感性测定结果表明，该多重PCR技术最低能检测到WSSV和IHHNVDNA各100pg。用该多重PCR对400份临床病料进行检测，结果230份检出WSSV，阳性率57．5％；96份检出IHHNV，阳性率24％；56份同时检出WSSV和IHHNV，阳性率14％。18份为阴性，阴性率为4．5％。结果提示了WSSV和IHHNV广泛存在于中国南方的养殖对虾中，作者建立的二温式多重PCR可以用于这两种病毒的临床快速检测和鉴别诊断。     

海洋聚磷菌中核苷二磷酸激酶基因的克隆及序列分析

以海洋聚磷菌Halomonas YSR-3的总DNA为模板，用PCR法扩增核苷二磷酸激酶基因，将扩增片段克隆到pGM．T载体，转化Escherichia coli TOP10菌株，经蓝白斑筛选、菌落PCR得到阳性克隆，测序后对序列进行Blast比对分析。得到的基因序列长度为420bp，翻译后的序列与Loktanella vestfoldensis SKA53，Jannaschia sp．CCS1，Roseobacter sp．CCS2的核苷二磷酸激酶蛋白序列相似性分别为89％，86％，85％。     

中华鳖（Pelodiscus sinensis）不同种群酪氨酸酶（TYR）基因的克隆及其多态性分析

以中华鳖4个种群80个个体（太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和“清溪乌鳖”种群）肌肉基因组DNA为模板，利用已知酪氨酸酶（Tyrosinase，TYR）基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增，克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列。扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点。中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异。以此设计酶切位点，选用SmaⅠ内切酶进行RFLP，结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性。AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外，其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群（60％）〉台湾引进种群（30％）〉太湖种群（20％），以省外品种为丰富；AB基因型频率大小顺序为“清溪乌鳖”种群（70％）〉台湾引进种群（50％）〉太湖种群（40％）〉日本品系种群（30％）。     

白斑综合症病毒(WSSV)囊膜蛋白VP28基因的克隆及在蓝藻中表达载体的构建

用蔗糖密度梯度离心法分离纯化白斑综合症病毒（WSSV）。设计并合成引物，提取WSSV中国株的基因组DNA作为模板，通过PCR，扩增克隆出VP28基因，利用BamHI和EcoRI切点将VP28基因插入克隆载体pUC19 的多克隆位点上，得到VP28基因的重组克隆质粒，对其进行双向DNA测序。测序结果表明，该基因含有615个核苷酸，与GenBank中已有不同来源的WSSV的序列片段同源性为100％。利用BamHI切点将VP28的基因插入到穿梭表达载体启动子PpsbA的下游，EcoRI酶切鉴定，得到正向连接的可在蓝藻表达的重组穿梭表达载体，命名为pRL-VP28。     

流行性造血器官坏死病毒（EHNV）PCR快速检测试剂盒的研制

以流行性造血器官坏死病毒（EHNV）中的主衣壳蛋白基因保守区序列作为扩增靶序列,设计合成了一对特异性引物,应用快速的模板制备方法和优化PCR扩增条件,建立了EHNV病毒PCR快速检测技术,并开发成简便、快速、实用的检测试剂盒.该试剂盒的检测灵敏度相当于31个病毒粒子,模板制备时间约30 min,约4 h即可得到准确的结果;且无非特异性扩增带,适用于由EHNV病毒感染的鱼类苗种和水产品的检疫及水质环境的监测.     

最小弧菌热不稳定型溶血素表达载体的构建和高效表达

根据已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素（Vibrio mimicusheat-labile hemolysinVmhA）核苷酸序列,设计和合成一对特异性引物,以最小弧菌96-6-3的基因组DNA为模板,PCR扩增得到热不稳定型溶血素基因片段,克隆于表达载体PQE-2/VmhA中,转化大肠杆菌M15,经IPTG诱导,表达出预期大小50.2KD的融合蛋白.Westernblot检测显示,该蛋白与抗最小弧菌热不稳定型溶血素兔血清呈阳性反应,表明该蛋白具有溶血素的免疫原性,可作为基因工程疫苗的候选抗原.     

刺参肌肉组织cDNA文库的构建

用RNA提取试剂--TRIZOL Reagent提取刺参(Apostichopus japonicus)肌肉组织总RNA,用SMART cDNA Library Construction Kit构建cDNA文库.经测定原始文库滴度达到 3.2×10~6,扩增后文库滴度达到 5.1×10~9,重组率达到96.7%,从扩增文库随机挑取12 个克隆进行PCR 扩增鉴定,结果显示,插入片段大小为0.5～2.5 kb.通过各项指标验证成功构建了刺参肌肉组织cDNA 文库.     

红树植物拟海桑钙调蛋白基因的克隆及分析

钙调蛋白（Calmodulin)是生物细胞内一种重要的调控蛋白，通过其与靶酶的相互作用控制细胞正常的生长和发育，作者以高抗盐红树植物海桑属拟海桑（Sonnera-tia paracasolaris)总DNA为模板，参考GenBank上植物钙调蛋白基因序列合成5′端和3′端引物，利用多聚酶链式反应（PCR）扩增了拟海桑钙调蛋白基因，与克隆载体pBsk( )重组，转化Escherichia coliDH5α得到重组克隆子，DNA序列分析表明，所得片段的编码区在核苷酸序列上与迄今已知的几种植物钙调蛋白基因有很高的同源惺 ，同源率在85%以上；与水稻、苹果，衣藻等相似，其基因编码区被一个位于第75位核苷酸之后的内含子所中断。     

花鲈PPARα基因实时荧光定量PCR质粒标准品的构建

利用SYBR荧光定量PCR技术，制备用于花鲈（Lateolabrax japonicus）PPARα基因实时荧光定量PCR检测的质粒标准品．通过PCR扩增出目的片断344-bp，纯化后连接至pMDI8-T载体，转化宿主菌E．coli DH5α．通过PCR鉴定、双酶切鉴定和测序分析后抽提重组质粒，测定其拷贝浓度，10倍梯度稀释成标准品模板10^8～10^4 copy／mm^3，进行荧光定量PCR分析．结果显示，循环阈值（Ct）与起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系．     

PCR引物设计

多聚酶链式反应（ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ，ＰＣＲ）又称无细胞分子克隆系统，是一种体外扩增特异ＤＮＡ片断的技术，１９８５年由美国Ｃｅｔｕｓ公司和加利福尼亚大学联合创建，是９０年代分子生物学领域的一项革命性突破，很快地在分子克隆、遗传病的基因诊断、法医学、考古学等方面得到了广泛应用。ＰＣＲ技术实际上就是在模板ＤＮＡ（ＴｅｍｐｌｅｔｅＤＮＡ）引物（Ｐｒｉｍｅｒ）和４种脱氧核糖核苷酸（ｄＡＴＰ，ｄＧＴＰ．ｄＣＴＰ，ｄＴＴＰ）存在的条件下依赖于ＤＮＡ聚合酶（Ｔａｑｓｅ）的酶促合成反应…