基于网络药理学与分子对接探讨全真一气汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术探讨全真一气汤治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的作用机制。方法：通过TCMSP、ETCM筛选全真一气汤活性成分,利用TCMSP和Swiss Target Prediction数据库预测潜在靶点,通过GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库收集COPD靶点,并取疾病及药物靶点交集。利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-靶点可视化网络,利用STRING平台构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图并筛选核心靶点,利用Metascape平台对交集靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。关键成分和核心靶点蛋白采用Auto Dock Vina进行分子对接。结果：筛选得到全真一气汤有效成分44种,作用靶点295个,疾病靶点1865个,核心靶点为转录激活因子3（STAT3）、肉瘤基因（SRC）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、染色体基因（JUN）、人雌激素受体α（ESR1）;GO功能主要涉及对无机物的反应、蛋白激酶活性、膜筏等,KEGG信号通路主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等;分子对接结果显示关键成分与核心靶点结合较好。结论：全真一气汤可通过多成分、多靶点、多途径治疗COPD,本研究结果为中医药治疗COPD的实验研究提供了参考。     

基于网络药理学及分子对接研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制。方法：采用TCMSP及Uniprot数据库收集整合桃仁、红花的活性成分及其药理作用靶点,在GeneCards数据库检索KOA的靶点基因,通过Venny获取疾病-药物交互靶点,借助STRING 数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络图并上传Metascape数据库进行GO功能和 KEGG通路富集分析,最后运用 AutoDock和Pymol将核心有效成分与相应的关键靶点进行分子对接预测。结果：1）桃仁-红花有效活性成分45个,主要成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素等;2）KOA与药物的共同靶点120个,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、转录因子AP-1（JUN）、肿瘤坏死因子（TNF）、细胞肿瘤抗p53（TP53）、转录因子p65（RELA）、丝裂原激活的蛋白激酶1（MAPK1）、白细胞介素6（IL-6）、热休克蛋白（HSP90AA1）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、丝裂原激活的蛋白激酶8（MAPK8）等为关键靶点;3）分子对接结果显示山柰酚可靶向结合AKT1、TNF;4）GO功能富集分析得出桃仁-红花治疗KOA主要涉及细胞增殖、生长因子的反应、细胞应激反应的调节、细胞死亡的正调控等生物合成过程;5）KEGG通路富集分析显示白细胞介素17（IL-17）、雌激素信号通路为桃仁-红花干预KOA的主要信号通路。结论：桃仁-红花中的槲皮素、山柰酚、木犀草素等有效成分通过AKT1、JUN、TNF、TP53、RELA、MAPK1、IL-6、HSP90AA1、VEGFA、MAPK8等关键靶点与IL-17和雌激素信号通路等主要通路发挥抗炎、调控细胞增殖、凋亡及应激反应的方式治疗KOA。     

基于网络药理学探讨泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法分析中医名方泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的作用机制。方法：通过TCMSP数据库获取泻白散的有效成分及其作用蛋白-基因靶点,通过GeneCards、Drug Bank等数据库获取主要疾病靶点。利用STRING数据平台进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,运用Metascape数据平台进行基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件建立“中药-共同靶点-主要通路”网络。结果：获得泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的主要活性成分为山柰酚、槲皮素、甘草查尔酮A、柚皮素、18α-羟基甘草酸等;其核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶 1（MAPK1）、丝裂原活化蛋白激酶 3（MAPK3）、核因子κ-B激酶亚基β抑制剂（IKBKB）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、半胱天冬酶-3（CASP3）和丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）等。通过分子对接验证,大部分靶点与化合物都有较好的结合效果。靶点富集通路包括白细胞介素-17信号通路（IL-17 signaling pathway）、肿瘤坏死因子信号通路（TNF signaling pathway）和缺氧诱导因子-1信号通路（HIF-1 signaling pathway）等诸多炎症通路。结论：泻白散可通过多靶点、多通路的互相作用,降低喘息性支气管炎的炎症风暴,并缓解气道痉挛。本研究结果为泻白散治疗小儿喘息性支气管炎提供了理论基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨人参治疗胃癌的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨人参治疗胃癌的作用机制。方法：利用网络公开数据库筛选人参有效成分、分子靶点及胃癌疾病靶点。采用Perl工具获取药物-疾病交集靶点基因,生物信息学方法构建活性成分-疾病靶点网络,筛选核心靶点,并进行生物学功能富集分析。应用AutoDock Vina软件和Pymol对核心成分及蛋白靶点进行分子对接和结合能力预测。结果：获得人参22种有效成分及98个对应靶点,筛选出人参治疗胃癌的核心靶点3个,包括转录因子p65（RELA）、转录因子AP-1（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）。基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析结果显示,人参主要通过参与抗炎、细胞凋亡、免疫调节等生物学过程治疗胃癌。分子对接结果显示,山柰酚与关键靶点JUN、MAPK8有强烈的结合能力。结论：人参通过抗炎、细胞凋亡、免疫调节等过程发挥多组分、多靶点、多通路的协同抗胃癌作用。     

基于网络药理学和分子对接研究加减蠲痰方治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接研究加减蠲痰方治疗多囊卵巢综合征（PCOS）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库获取加减蠲痰方的药物有效成分及作用靶点;利用GeneCards、OMIM等数据库筛选PCOS相关靶点;通过微生信平台获得加减蠲痰方与PCOS的交集靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件构建药物、靶点与疾病之间的关系网络。应用STRING数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并运用Metascape数据库进行基因本体（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用分子对接技术验证关键成分与核心靶点的对接能力。结果：获得山柰酚、豆甾醇、异鼠李素、汉黄芩、柚皮素等96种活性成分,有丝分裂激活蛋白激酶3（MAPK3）、细胞肿瘤抗原p53（TP53）、有丝分裂激活蛋白激酶1（MAPK1）、转录因子AP-1、蛋白激酶B1等126个交集靶点以及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B、丝裂原激活的蛋白激酶、肿瘤坏死因子、转录因子、糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路。槲皮素与9个关键靶点均可良好结合,结果排前3位的靶点为MAPK3、TP53、MAPK1。结论：加减蠲痰方治疗PCOS具有多成分、多靶点、多通路的特点,可能通过改善胰岛素抵抗、抑制颗粒细胞自噬并促进卵泡发育、减轻排卵障碍、促进细胞凋亡、调控血糖稳态、调节激素水平、抗炎等药理作用来调治PCOS,为后期进一步研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行基因本体（GO）功能以及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果：筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）等关键靶点的亲和力较高。结论：罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK-3）等靶点调节晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、缺氧诱导因子1（HIF-1）、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶（PI3K-Akt）等信号通路起到治疗糖尿病的作用。     

基于网络药理学和分子对接探析养心活血通脉汤治疗稳定性冠心病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探析养心活血通脉汤治疗稳定性冠心病的作用机制。方法：应用TCMSP、Herb、TCMID平台检索养心活血通脉汤成分及作用靶点;经GeneCards、OMIM、DisGeNET平台获取稳定性冠心病靶点;运用Cytoscape 3.9.1建立“药物-活性成分-靶点”网络及蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心靶点。由Metascape平台进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用Auto Dock Tools软件进行有效成分与和核心靶点分子对接。结果：养心活血通脉汤治疗稳定性冠心病主要成分为槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、芒柄花黄素、黄芩素、丹参酮ⅡA,关键靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、丝氨酸/苏氨酸激酶1（AKT1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、血管内皮生长因子（VEGFA）,关键通路为脂质和动脉粥样硬化（Lipid and atherosclerosis）、磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1信号通路（PI3K-Akt信号通路）、肿瘤坏死因子信号通路（TNF信号通路）、丝裂原活化蛋白激酶信号通路（MAPK信号通路）、糖基化终产物/受体信号通路（AGE-RAGE信号通路）等。分子对接结果显示各有效成分与各核心靶点结合活性较好。结论：养心活血通脉汤治疗稳定性冠心病作用机制主要为降脂、抗动脉粥样硬化、抗炎、抗心肌损伤。     

基于网络药理学及分子对接探讨苏子降气汤治疗哮喘的潜在机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术预测并验证苏子降气汤治疗哮喘的作用机制。方法：通过TCMSP和UniProt数据库预测苏子降气汤的活性成分及靶点,根据GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库筛选哮喘相关靶点,利用Venny 2.1平台筛选中药和疾病共同基因,利用Cytoscape 3.9.1进行可视化分析;利用 STRING 数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,利用Bioconductor 数据库和R版本4.1.3 (64 bit)软件进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并通过 Autodock 软件对核心成分及靶点进行分子对接。结果：筛选出54种化合物,257个靶点,涉及哮喘的治疗靶点共134个。其中槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA、黄芩素等为关键活性成分。丝裂原激活蛋白激酶14（MAPK14）、表皮生长因子受体（FGFR）、原癌基因蛋白(MYC)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、缺氧诱导因子1A（HIF1A）、肿瘤蛋白P53(TP53) 为关键基因靶点。GO功能和KEGG通路富集分析得到人巨细胞病毒感染、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等多条信号通路。将核心成分与核心靶点进行分子对接验证,大部分结合能＜-5 kal·mol^-1,具有较强的结合能力。结论：苏子降气汤通过抗炎、调节免疫等多靶点、多通路治疗哮喘,为后续分子机制研究提供了理论基础。     

痛泻要方异病同治溃疡性结肠炎与肠易激综合征的网络药理学及分子对接研究

目的：利用网络药理学与分子对接方法探究痛泻要方异病同治溃疡性结肠炎(UC)和肠易激综合征(IBS)的潜在机制。方法：利用TCMSP数据库结合文献检索筛选痛泻要方活性成分,通过PubChem和SwissTargetPrediction数据库预测药物靶点,分别从GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库获取UC和IBS疾病靶点,运用微生信Venn绘图工具得到疾病与药物交集靶点,运用Cytoscape软件绘制网络图;利用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点;在BioGPS中检索核心靶点在器官组织的分布信息;对交集靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并通过分子对接验证核心靶点和主要活性成分的结合活性。结果：痛泻要方中β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素等活性成分通过作用于SRC激酶、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1（PIK3R1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等核心靶点来干预体内炎症调节、巨细胞病毒及EB病毒感染、氧化应激、细胞自噬/凋亡等途径而发挥作用。核心靶点主要分布在伯基特淋巴瘤、平滑肌、结肠等部位。分子对接显示主要活性成分与核心靶点之间具有良好的结合活性。结论：痛泻要方通过多成分、多靶点、多通路抑制肠道炎症,调节免疫失衡,改善结肠组织氧化应激,并从抗病毒,改善肠道菌群,修复肠黏膜屏障等途径发挥异病同治UC和IBS的作用。     

基于网络药理学和分子对接法探讨乙字汤治疗

目的：应用网络药理学和分子对接法探究乙字汤治疗痔病的活性成分和作用机制。方法：利用Pubchem和TCMSP数据库筛选乙字汤的有效活性成分并预测作用靶点,通过Genecards数据库获取痔病相关的疾病靶点,并用UniProt数据库标准化蛋白名称。取药物疾病共同靶点,以STRING平台进行蛋白互作（PPI）,借助Cytoscape3.8.0软件进行可视化分析,并构建中药-成分-靶点网络。利用Metascape数据库对交集基因进行KEGG通路分析和GO富集分析。使用Auto Dock 4对度值较高的药物成分与核心靶点进行分子对接验证,并借助Pymol和Lig Plot 2.2进行可视化分析。结果：乙字汤治疗痔病的活性成分126个,潜在靶点53个,以白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、血管内皮生长因子A（VEGFA）等为核心靶点,主要通过IL-17、核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路治疗痔病。分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点均有较好的结合活性。结论：乙字汤的主要活性成分通过调节IL-6、TNF、MMP9、VEGFA等多种细胞因子治疗痔病。     

介核生物分子生物学研究进展

本文综述了国内外关于介核生物(主要包括甲藻和裸藻)分子生物学方面的研究进展。介绍了介核生物的分子分类进展及其特殊的分类地位，甲藻毒素和裸藻在环境检测上的应用，同时简介了介核藻类活性物质的开发利用前景。     

The stability of molecular iodine in seawater

Both theoretical considerations and laboratory studies suggest that molecular iodine undergoes rapid hydrolysis to form hypoiodite when it is added to seawater. Previous experimental designs were not suitable for studying the fate of molecular iodine in seawater.     

Thermal entanglement in molecular spin rings

The thermal entanglement in the triangular molecular spin ring with Dzyaloshinskii--Moriya interaction is studied. The concurrences of arbitrary two spins of the triangular molecular spin ring for various cases are evaluated. The tendency of the concurrence with Dzyaloshinskii--Moriya interaction and temperature is analysed and discussed. We note that the concurrence arrives at its maximum in the regime with the large Dzyaloshinskii--Moriya interaction and low temperature, and gradually decreases to zero with the increase of temperature. The concurrence has different features for the ferromagnetic and antiferromagnetic cases. For completeness, we also numerically calculate the concurrence of spin rings with N>3 spins and analyse their behaviours.     

一株海洋微型硅藻的形态学和分子生物学鉴定

1 引言 微型浮游植物(粒径为2～20μm)是海洋环境中主要的初级生产者,在海洋初级生产力中占有很大比重,特别在寡营养水域,微型浮游植物可占初级生产力的80%以上[1],并且在粒级结构上微型浮游植物对初级生产力的贡献要比较大粒级的植物的贡献更大[2].     

The fate of molecular iodine added to seawater

Recent experiments which purport to show that molecular iodine added to seawater is rapidly converted entirely to another oxidized form of iodine, hypoiodite, are shown to be defective. The earlier suggestion that the disappearance is due to chemical reduction of molecular iodine by organic matter remains the most plausible reason.     

一株异养鞭毛藻的分离与鉴定

从塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)藻际中分离出一株微型鞭毛藻MMDL4071,经光学显微镜形态学观察发现,该鞭毛藻体长约为3μm,椭球型,头部端具不等长的两条鞭毛;扫描电镜观察揭示了该鞭毛藻的细胞核、色素体、色素体-内质网膜、高尔基体、线粒体以及"9+2"微管结构的鞭毛等亚显微结构.对照培养实验表明该鞭毛藻属于依赖摄食细菌的异养型藻类,并观察到了该藻二分裂的增殖过程.通过对18S rDNA及ITS序列扩增、比对,构建了系统发育树.综合形态学、生态学特征以及系统发育树分析的结果,该藻被确定为棕鞭藻属的一个未定种(Ochromonas sp.).     

藻类CCM分子生物学研究进展

1,5-二磷酸核酮糖羧化酶／加氧酶(RibuloseBisohosohate Carboxvlase,EC4．1．1．39,简称Rubisco)是光合作用还原和光合氧化二个连锁循环的交叉点,为调节光合作用和光呼吸、决定净光合速率的第一个关键酶。Rubisco的羧化和氧化作用的相对速率是由该酶周围环境中的CO2和O2的相对浓度所调节。因此,提高Rubisco周边环境CO2浓度,可以提高其羧化反应速度。藻类生活于水中(包括淡水和海水),     

杜氏藻的RF-RAPD分子系统学分析

杜氏藻(Dunaliella)是绿藻门、绿藻纲、团藻目、多毛藻科中的一个属(也有单独归为杜氏藻目、杜氏藻科、杜氏藻属[1]).因可以在高盐的极端环境中生存,也称之为盐藻.盐藻富含各种类胡萝卜素和甘油,其中β-胡萝卜素累积可达细胞干重的14%,具有较高的经济价值.另外盐藻无细胞壁,仅有一层糖蛋白和神经氨酸组成的外膜包裹,类似天然的原生质体,是真核细胞基因工程首选的受体之一.盐藻主要用来生产β-胡萝卜素,生产中发现β-胡萝卜素产量不稳定,推测种质差异因素与此有密切关系,因此分析不同种及种内品系及其与β-胡萝卜素含量相关性非常重要.     

Coherent control of non-resonant two-photon transition in molecular system

In this paper, we study theoretically and experimentally the coherent control of non-resonant two-photon transition in a molecular system (Perylene dissolved in chloroform solution) by shaping the femtosecond pulses with simple phase patterns (cosinusoidal and π phase step-function shape). The control efficiency of the two-photon transition probability is correlated with both the laser field and the molecular absorption bandwidth. Our results demonstrate that, the two-photon transition probability in a molecular system can be reduced but not completely eliminated by manipulating the laser field, and the control efficiency is minimal when the molecular absorption bandwidth is larger than twice the laser spectral bandwidth.     

对虾白斑综合征病毒分子生物学研究进展

对虾白斑综合征病毒(White Spot Syndrome Virus．WSSV)是引起对虾白斑综合症的主要病原。对虾白斑综合症于20世纪90年代初首先在中国台湾地区发生,1994年扩展到整个亚洲的对虾养殖地区。1995年11月,西半球首先发现该病毒,1999年美国中部和南部也有类似的报道。2001年欧洲和澳洲都检测到了WSSV。短短10余年,对虾白斑综合症席卷了全球的对虾养殖地区,给世界对虾养殖业造成了不可估量的损失。