中华鳖(Plodiscus sinensis)不同种群酪氨酸酶(TYR)基因的克隆及其多态性分析

以中华鳖4个种群80个个体(太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和"清溪乌鳖"种群)肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列.扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点.中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异.以此设计酶切位点,选用SmaI内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性.AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群(60%)＞台湾引进种群(30%)＞太湖种群(20%),以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为"清溪乌鳖"种群(70%)＞台湾引进种群(50%)＞太湖种群(40%)＞日本品系种群(30%).     

中华鳖(Pelodiscus sinensis)不同品系线粒体SNP的分型与鉴定

通过对四个中华鳖(Pelodiscus sinensis)养殖品系(太湖品系、台湾品系、日本品系、黄河品系)的线粒体部分序列进行测序对比,筛选出不同品系中华鳖的品系特异性SNP位点,并设计特异性引物,利用高分辨率熔解曲线法进行SNP分型与鉴定。结果表明,所设计的7对引物组均可扩增出80—150bp大小不等的中华鳖线粒体序列,并成功用于中华鳖的SNP分型。在这7个位点中,其中可鉴定中华鳖日本品系和太湖品系的各1个,可鉴定台湾品系的有2个,可鉴定黄河品系的有3个。此方法能够快速、简便地鉴别以上四个中华鳖品系,为鉴别市场中出现的假冒鳖,并指导品种选育工作提供技术支持。     

Genetic variation and population evolutionary history of the giant mottled eel （Anguilla marmorata） based on the mito- chondrial D-loop gene

通过测定花鳗鲡∞nguilliamarmorata）海南群体（HN）和菲律宾群体（PH）共19尾个体的线粒体D．100p基因的核苷酸序列（约1017bp）,分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明：A、T、G、C4种核苷酸的平均含量分别为39．8％、28_3％、12．4％、19．4％,A＋T含量（68．1％）明显高于G＋C含量（31．8％）。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度（删）、核苷酸多态性（Pi）、平均核苷酸差异数（纠分别为0．982、0．21577和219．655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1．000、0．26728和271．821,两个群体之间平均遗传距离（P）为0．3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D（海南群体D=I．35345,P〉0．01;菲律宾群体D=0．79220,P〉0．01）和Fs（海南群体Fs=3．759;菲律宾群体Fs=2．231）探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。     

新月细柱藻（Cylindrotheca closterium）种复合体研究

研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明，11株C．closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接（Neighbor joining，NJ）系统发育树将11株C．closterium分成相同的6个分支（clade）。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系（lineage）：支系Ⅰ由12株C．closterium组成，包括本实验分离到的全部11株C．closterium，该支系中部分节点没有得到较高的支持率（〈50％）；支系Ⅱ包括2株C．closterium和1株C．fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系，11株C．closterium组成1个支系，系统树中每个节点均得到很高的支持率（〉70％）。统计分析表明，支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度，差异极显著（P〈0．01）。上述分析结果证实C．closterium实际上是1个种复合体（species complex），可以被细分为若干个种。     

中华鳖(Pelodiscus sinensis)5个不同地理种群细胞色素b基因序列变异及种群遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析.以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列.序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型.日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远.除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型.MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局.     

黄、渤海地区青蛤(Cyclina sinensis)种群的ITS序列遗传变异与遗传结构分析

利用核糖体RNA的转录间隔区（ITS1）序列分析方法，以日本青蛤种群为外群，初步讨论了黄、渤海地区6个野生青蛤种群遗传变异和遗传结构。采用AMOVA方法对获得的24种单倍型序列进行了遗传变异水平和等级剖分。结果表明，ITS序列核酸多态性参数Pi为0．01973，Eta值为0．04624。青蛤各种群内的遗传变异水平较高，约占总变异的37．8％。但遗传变异的主要来源于不同组团（日本海与黄、渤海），其变异达到总量的61．36％。黄、渤海地区青蛤种群间的遗传距离在0．00311-0．14914之间，P检验没有出现显著差别，说明该地区青蛤种群没有出现遗传分化，并存在7种共享单倍型序列，种群间有一定的基因交流。日本种群与黄、渤海地区各种群的遗传距离在0．44803-0．54122之间，经P检验均出现了显著性差异，形成了明显的地理隔离及遗传分化格局。     

基于COI序列分析东海区四指马鲅（Eleuther onema tetradactylum）的种群遗传结构

采用COI基因片段研究了东海区象山（xs）、乐清（YQ）和宁德（ND）三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平,但整体上,三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明,三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现,YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起,而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传差异主要来自于群体内部（79．66％）。     

两种体色三疣梭子蟹亲缘关系的PCR-SSCP分析

三疣梭子蟹作为重要的海洋经济动物，其常见体色为茶绿色。近年来在我国东部沿海海域海捕三疣梭子蟹中开始出现体色为紫色的一类梭子蟹，除体色不同外，二者表型特征并无显著差异。为确定两种体色三疣梭子蟹之间的关系，本文对两种体色三疣梭子蟹不同个体的线粒体COl和16srRNA基因进行了比较分析以判定体色的差异是否由于种属的差异引起的。通过对以上两个基因部分序列的SSCP和相关序列测定分析，发现在紫色和茶绿色群体中这两个线粒体保守序列基因的SSCP电泳条带图谱相似，序列分析表明COl和16srRNA基因在两种体色三疣梭子蟹群体中的核苷酸序列相似度分别为99．81％和99．91％。以上结果表明，紫色三疣梭子蟹并未发生亚种的分化，即紫色和茶绿色群体属于同一个种。此外，紫色梭子蟹群体的线粒体DNA序列在进化关系上较茶绿色群体更为保守。     

中国近海角木叶鲽（Pleuronichthys?cornutus）种群遗传多样性研究

测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(P)i结果分别为0.979±0.008和0.00655±0.0037,呈现出高单倍型多样度和低核苷酸多态度分布模式。中性检验结果显示,角木叶鲽种群的Fu’s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明角木叶鲽在历史上经历过种群扩张事件。群体内个体间的平均遗传距离为0.0065,群体间遗传分化指数都为负值(-0.0067~-0.0460)但不显著(P>0.1),AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内个体间(102.15%),均表明我国近海角木叶鲽种群无明显的分化,可以作为一个渔业管理单位加以保护和利用。     

我国东南沿海日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)4 个养殖群体遗传分化及其遗传结构分析

对我国东南沿海日本囊对虾的4个养殖群体广东群体(GD)、台湾群体(TW)、福建群体(FJ)和浙江群体(ZJ)的线粒体细胞色素b基因片段进行PCR扩增,对产物进行测序后分析。经比对获得552bp的核苷酸序列,发现了52个变异位点,得到了50种单倍型。广东、台湾、福建和浙江群体的核苷酸多样性依次分别为0.0082、0.0044、0.0137、0.0045,各群体均存在较好的单倍型多态性和核苷酸多态性。群体遗传分化分析表明各群体间保持着一定的遗传差异,其中福建群体与其它群体之间存在明显的遗传分化。采用MEGA软件计算了群体间的遗传距离,福建群体与广东群体间的遗传距离最远0.012,台湾群体与浙江群体间的遗传距离最小为0.005。以其它4种对虾为外群构建了4个群体的NJ系统进化树,结果显示台湾群体与浙江群体最先聚为一组群。     

栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究

采用PCR技术扩增了栉孔扇贝（Chlamys farreri)线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经T载体连接之后进行了克隆，测序，得到634bp的核苷酸序列；分析了该片段的大连，烟台，青岛，朝鲜4个自然群体31个个体的核苷酸序列多态性，共检测到26个多态性核苷酸位点，18种单倍型，结果表明，4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高，其次为烟台，青岛群体，大连群体最低；不同自然分布区的栉孔扇贝未出现明显的遗传分化。     

杂色鲍血蓝蛋白HtH1基因第16内含子SNP密度的分析

单核苷酸多态性（SNPs）是继RFLP和SSR多态性标记之后的新一代遗传标记系统.本文采用EPIC的方法,分析了45个杂色鲍样品的血蓝蛋白HtH1基因第16内含子（H1 intron 16）的SNP数据.这45个个体分别来自日本、台湾和汕头3个不同海域的野生或养殖群体.日本群体的血蓝蛋白HtH1基因第16内含子呈现出长度多态性,共有3种不同长度,分别是1 900、780、440 bp,测序结果表明3个等位基因可以互相比对;而台湾和汕头杂色鲍养殖群体的均为1 900 bp.初步研究结果表明日本杂色鲍个体大约96 bp长的片段含有1个自身杂合SNP位点;台湾杂色鲍个体约133 bp含有1个自身杂合SNP位点;汕头杂色鲍个体约153 bp含有1个自身杂合SNP位点.13个台湾杂色鲍个体包含的SNP密度为约31 bp含有1个SNP;23个汕头杂色鲍个体包含的SNP密度为约21 bp含有1个SNP.这些数据表明现有的杂色鲍养殖群体包含了丰富的SNP位点,利用SNP分子标记进行高密度遗传图谱的构建是可行的.     

大银鱼和小齿日本银鱼线粒体细胞色素b和16S rRNA基因部分序列分析

对大银鱼和小齿日本银鱼的线粒体细胞色素b和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定，分析比较了2种间的序列差异。大银鱼2个个体间细胞色素b基因序列无差异，小齿日本银鱼3个个体的序列出现了2种单倍型；大银鱼同小齿日本银鱼细胞色素b序列(单倍型SB-1)之间存在86个碱基差异(差异率21％)，变异较大。大银鱼、小齿日本银鱼的16S rRNA基因片段种内个体间无序列差异，两种间存在21个碱基的差异(差异率5％)，有1个碱基的插入／缺失。由此可见，2种银鱼间线粒体细胞色素b基因的进化速率较快，约为16S rRNA基因片段的4倍。根据细胞色素b序列数据。推算出2种银鱼大概在中新世晚期发生分化。     

文蛤（Meretrix meretrix）4个壳色花纹品系的遗传差异分析

应用AFLP技术对文蛤红壳（RS）、黑斑（BS）、细纹（TC）、暗纹（DF）4个壳色花纹品系进行遗传差异分析。利用15对AFLP引物组合对4品系共128个个体进行了PCR扩增和电泳检测,共得到789个位点,总多态位点比例90．75％。Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数显示,4个品系的遗传多样性大小,依次为...     

条纹斑竹鲨线粒体控制区和细胞色素b基因序列分析

对厦门和湛江海域的条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum（Bennett，1830）]的线粒体DNA控制区和细胞色素6（Cytb）基因进行PCR扩增和测序，获得线粒体DNA控制区、Cytb基因和tRNA^Pro。基因全序列（GenBank序列号：EU363740～EU363752）。结果表明，tRNA^Pro。基因长度为69bp，控制区长度为1094～1096bp，Cytb基因全序列长度为1146bp。tRNA^Pro。基因非常保守，未发现碱基变异。所测30个个体中，控制区只有4个多态位点，5种不同的单倍型；Cytb基因全序列共有10个多态性位点，7种单倍型。Cytb基因的1146个碱基编码381个氨基酸，氨基酸链共有3个变异位点，4种单倍型，厦门群体具有4种单倍型，湛江群体只有1种单倍型。综合Cytb基因和控制区序列，2个条纹斑竹鲨群体共有10种单倍型，其中厦门群体有9种单倍型，湛江群体仅4种单倍型。研究结果表明条纹斑竹鲨在控制区和Cytb基因序列上的遗传多样性均较低，厦门群体的遗传多样性水平高于湛江群体。     

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。     

基于线粒体D-loop 基因探讨花鳗鲡的群体遗传多样性及其种群进化历史

通过测定花鳗鲡(Anguillia marmorata)海南群体(HN)和菲律宾群体(PH)共19尾个体的线粒体D-loop基因的核苷酸序列(约1017 bp),分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明:A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为39.8%、28.3%、12.4%、19.4%,A+T含量(68.1%)明显高于G+C含量(31.8%)。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度(Hd)、核苷酸多态性(Pi)、平均核苷酸差异数(k)分别为0.982、0.21577和219.655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1.000、0.26728和271.821,两个群体之间平均遗传距离(P)为0.3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D(海南群体D=1.35345,P>0.01;菲律宾群体D=0.79220,P>0.01)和Fs(海南群体Fs=3.759;菲律宾群体Fs=2.231)探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。     

RAPD标记在大连湾牡蛎种群研究中的应用

对四个不同地点（莱州,荣成,青岛和日照）的大连湾牡蛎（Ｃｒａｓｏｓｔｒｅａｔａｌｉｅｎｗｈａｎｅｎｓｉｓ）进行了ＲＡＰＤ分析,结果表明相邻两地种群的遗传距离不明显。地理相距越远,遗传距离越大。莱州种群中具有ＯＰＫ１１—６８５标记,日照种群具有ＯＰＫ１１—７８０标记。上述两地之间的青岛和荣成种群中,６２．５％的个体同时具有这两个标记;只有２０％的个体为ＯＰＫ—７８０标记。莱州和日照种群间的基因流动有一定的局限性,而位于这两地之间的种群存在明显的基因流动现象     

基于线粒体DNA 12S rRNA和COⅢ基因序列研究中国沿海7个长蛸（Octopus variabilis）野生群体的遗传多样性

基于线粒体DNA的12S rRNA和COⅢ基因序列对我国沿海重要经济头足类长蛸不同群体（大连、烟台、青岛、连云港、舟山、温州、厦门）进行了遗传多样性和遗传结构的分析。由PCR扩增获得80个个体的12S rRNA基因416bp、COⅢ基因512bp的部分序列,两者多态性遗传参数统计显示,80个个体分别检出64（12S）和...     

二种体色拟穴青蟹群体ISSR分析

应用ISSR分子标记技术分析二种体色拟穴青蟹群体的遗传多样性．10条ISSR引物共扩增出81条带,其中73条表现出多态性,占总条带数的90．12％．暗红色和深绿色拟穴青蟹群体的多态性位点比率分别为81．48％和77．78％,暗红色群体的Nei’S基因多样性指数（He=0．3189）和Shannon’S信息指数（,=0．4690）略高于深绿色群体（He：0．3054,,=0．4491）．群体间的Nei’S遗传相似性（0．9484）和遗传距离（0．0529）表明,群体间遗传分化属于种内遗传分化．POPGENE和AMOVA分析表明,总的遗传变异主要来源于群体内个体间,群体间发生中等程度遗传分化,群体间存在强大的基因流．UPGMA聚类图可视化群体间和群体内的遗传变异,显示60个个体并没有按体色聚类．