中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量及其对生长状况的指示作用

采用荧光染色法对黄、东海春、秋季中华哲水蚤(Calanus sinicus)个体核酸含量进行了研究,初步探讨了RNA∶DNA比对中华哲水蚤生长状况的指示作用。结果表明,中华哲水蚤在饥饿培养24h后RNA∶DNA比值显著降低;雄性个体RNA含量和RNA∶DNA比值显著低于雌体和C5期幼体;春、秋季(2009年5月和2010年11月)个体RNA含量和RNA∶DNA比值存在显著的空间变化,两者最高值均出现在近岸;两个月份DNA含量相对稳定,在2.5—3.5μg/ind之间;个体RNA含量和RNA:DNA比值与叶绿素之间显著正相关,说明饵料是中华哲水蚤的生长过程中重要的影响因素。     

海洋动物microRNAs研究进展与展望

MicroRNAs(miRNAs)是一类小分子非编码RNA,通过特异性结合靶基因,对靶基因转录后表达进行调控。miRNAs参与众多生物学过程并发挥关键调控角色。作者介绍了miRNAs生物合成和作用机制,回顾了近年来海洋动物miRNA研究取得的进展,并阐述了目前已知的miRNA对海洋动物重要生理过程的调控过程和机制,旨在为今后更深入地研究海洋动物miRNA功能提供参考。     

太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica)热休克蛋白70(HSP70)基因克隆及在金属胁迫下的表达分析

热休克蛋白70(HSP70)是生物体内一种重要的机体与细胞保护性蛋白。本文利用RT-PCR以及RACE技术首次克隆获得太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica)HSP70简称Ep.HSP70 c DNA的全长序列,序列全长为2252bp(KY807149),开放阅读框(ORF)长1947bp,编码649个氨基酸,5′端99bp,3’端206bp;预测蛋白分子量为70.81k Da,等电点为5.16,为一种亲水性蛋白,不存在信号肽及跨膜区,含有丰富的α螺旋结构(37.60%),β折叠(18.80%)。同源氨基酸序列比对发现,与其他甲壳动物的同源基因保守性较高,尤其是HSP70家族典型的结构位点序列在甲壳类动物中具有高度保守性。系统进化分析表明,太平洋真宽水蚤和安氏伪镖水蚤(Pseudodiaptomus annandalei)进化关系最近;桡足类种内同源性要高于虾蟹类,与虾类同源性高于蟹类。荧光定量数据分析表明,不同浓度铜、镉、锌胁迫下太平洋真宽水蚤HSP70基因表达水平具有显著的时间效应与浓度效应的特征,三种金属对Ep.HSP70抑制效应呈现CuCdZn的趋势。Ep.HSP70基因的成功克隆及金属胁迫下的表达分析为深入研究HSP70蛋白生物学功能具有重要意义。     

太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica) Cu/Zn SOD基因克隆及在重金属胁迫下的表达分析

铜锌超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase,SOD)是一种广泛存在于生物体中最主要的抗氧化酶之一,在抵御过多活性氧簇对机体毒害的过程中起重要作用。本研究以太洋真宽水蚤为研究对象,采用RT-PCR与RACE方法克隆得到太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD基因全长c DNA序列。Cu/Zn SOD(Gen Bank登录号:MF289343)基因序列全长837bp,其中完全开放阅读框为456bp编码152个氨基酸,5′非编码区长297bp,3′非编码区长84bp,分子量约为15.050k Da,理论等电点为5.73。序列比较表明,太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD c DNA的氨基酸序列与其他甲壳动物的一致性较高;存在8个蛋白翻译后修饰位点及蛋白家族标签序列,无跨膜结构域与信号肽。在重金属铬与镍胁迫下,通过实时荧光定量PCR对太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD m RNA体内表达特点分析显示,其表达量均呈现先升后降趋势,在暴露12小时后表达量达到峰值;铬胁迫下的表达量略高于镍;联合胁迫下呈现出拮抗作用。本研究结果将有利于深入探讨桡足类Cu/Zn SOD基因的结构与功能,为进一步研究抗氧化分子机理奠定基础。     

太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica) CRH-BP基因克隆及表达分析

促肾上腺皮质激素释放激素结合蛋白(CRH-BP)是一种糖基化蛋白,与促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)具有很高的亲和力,对CRH诱导的脑垂体促肾上腺皮质激素(ACTH)的释放起到抑制作用。本研究采用RT-PCR与RACE基因克隆方法首次获得太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica)CRH-BP基因全长cDNA序列(GenBank登录号:MF289345)1950bp,其中ORF区1245bp编码415个氨基酸,5′非编码区841bp,3′非编码区294bp,理论分子量/等电点为45.816/5.87。生物学序列分析结果表明,太平洋真宽水蚤CRH-BP氨基酸序列与桡足类中近亲真宽水蚤同源性最高;具有6个蛋白修饰位点及蛋白家族标签序列,具有明显的跨膜结构域及信号肽。实时荧光定量PCR分析结果表明,太平洋真宽水蚤CRH-BP基因在盐度、温度及pH环境胁迫中的mRNA表达量均具有一定的时间梯度表达性与浓度梯度表达性特征。本文通过对太平洋真宽水蚤CRH-BP基因结构及不同环境因子刺激下的表达特点的研究为探究桡足类在环境应激、生殖生理及免疫调控等方面奠定了理论基础。     

南海腹突平头水蚤新记录(甲壳纲:桡足亚纲:平头水蚤科)

本文基于南海采集的浮游动物标本,详细描述了腹突平头水蚤Candacia varicans Giesbrecht,1892的雌雄个体形态分类特征。本文报道腹突平头水蚤雄性个体是中国海的首次记录。腹突平头水蚤雄性在形态上与武平头水蚤和短平头雄性个体相似,但腹突平头水蚤可以通过以下几个特征与上述两个物种区分：1）头胸部：末胸节后侧角尖锐,左右对称;2）生殖节：右侧下缘具一个指向后方的小突起;3）第五胸足：右足第3节近末端背面具1片状突起。     

海水酸化对日角猛水蚤和日本虎斑猛水蚤摄食率的影响

以日角猛水蚤(Tisbe sp.)和日本虎斑猛水蚤(Tigriopus japonicus)为试验生物,采用高纯度CO_2和空气的混合气体调配试验所需酸化海水(pH值8.10、7.70、7.30、6.90、6.50),研究了海水酸化对2种桡足类摄食率的影响。海水酸化对日角猛水蚤摄食率的影响极显著(P0.01),对日本虎斑猛水蚤摄食率的影响显著(P0.05)。2种猛水蚤的摄食率随着海水pH值的下降呈现不同的变化趋势:日角猛水蚤的摄食率在pH值8.10和7.70时保持稳定,之后显著下降,而日本虎斑猛水蚤摄食率在pH8.10~7.30之间保持稳定,之后却显著上升。研究结果表明海水酸化对桡足类摄食率的影响具有物种差异,来自不同生境类型的桡足类对酸化的耐受能力也有所不同。     

花鲈Argonaute基因家族的快速进化与表达分析

RNA干扰(RNA interfering,RNAi)是广泛存在于动植物等生物中的一种高度保守、序列特异的RNA降解机制。Argonaute蛋白是RNAi途径的关键组成部分,其结构、功能和进化模式在无脊椎动物中已得到广泛研究,但在脊椎动物特别是硬骨鱼中的报道还十分有限。本研究从已测序物种的基因组中鉴定了12种哺乳动物和15种硬骨鱼的Argonaute家族基因。通过拷贝数、系统发生和共线性分析,本文验证了在脊椎动物中存在两个保守的Argonaute亚家族,即miRNA/siRNA介导的AGO亚家族和piRNA介导的PIWI亚家族。硬骨鱼类多样的繁殖发育方式是其生殖能力最大化的适应机制。为比较硬骨鱼中piRNA途径和miRNA/siRNA途径的功能和进化差异,本文对硬骨鱼(包括花鲈)和哺乳动物中的piRNA途径基因进行了全面的分子进化分析,并将这些基因与miRNA/siRNA途径中的Ago基因进行比较。结果表明硬骨鱼类的piRNA途径具有快速进化的特征,这可能适应了硬骨鱼基因组转座子数量大、种类多的特点。通过转录组分析,我们进一步证实了piRNA途径基因在四种硬骨鱼中的生殖特异性表达,预示其可能在配子发生过程中发挥作用。本研究为进一步解析硬骨鱼中piRNA途径基因的进化模式及其在鱼类生殖发育中的调控作用提供理论基础。     

魁蚶(Scapharca broughtonii)半乳糖凝集素(SbGal)基因cDNA的克隆及表达分析

半乳糖凝集素(Galectin)作为动物凝集素家族的一员,是一种重要的免疫因子,在脊椎动物和无脊椎动物中都参与了重要的免疫防御反应。为明确魁蚶(Scapharca broughtonii)半乳糖凝集素基因的结构特征、组织分布及其对病原菌刺激的免疫反应规律,本研究从构建的魁蚶转录组文库中筛选得到半乳糖凝集素基因部分序列,通过c DNA末端快速扩增(rapid amplication of c DNA ends,RACE)技术获得该基因c DNA全长序列(命名为Sb Gal)。序列和结构分析表明,该c DNA全长3120bp,编码554个氨基酸,是一个含有4个糖识别结构域(CRD)的且在双壳贝类中较为独特的半乳糖凝集素;预测蛋白的分子量(Mw)为63.3158 k Da,理论等电点(p I)为4.99。同源性及系统分析表明,Sb Gal基因与美洲牡蛎、合浦珠母贝、海湾扇贝galectin的同源性分别为70%、65%、46%,Sb Gal基因四个CRD彼此的相似性为36%—41%。实时荧光定量PCR(q RT-PCR)结果表明:Sb Gal m RNA在魁蚶血细胞、斧足、闭壳肌、外套膜、鳃和肝胰腺中均有表达,血细胞中的表达量最高,在肝胰腺中的表达量最低;注射鳗弧菌后,相对于对照组,Sb Gal基因在所检测的每个组织中m RNA水平上的表达量都显著上调(P0.01),而且表达量具有显著的时间依赖性和瞬时表达趋势,呈现先升高后降低的趋势。     

中华哲水蚤不同地理种群苹果酸脱氢酶(MDH)的比较

中华哲水蚤 (ＣａｌａｎｕｓｓｉｎｉｃｕｓＢｒｏｄｓｋｙ)是属于甲壳纲 (Ｃｒｕｓｔａｃｅａ)桡足亚纲 (Ｃｏｐｏｐｅｄａ)哲水蚤目（Ｃａｌａｎｏｉｄａ）哲水蚤属（ＣａｌａｎｕｓＬｅａｃｈ）的一类浮游动物 ,为暖温带种 ,广泛分布于我国渤、黄海和东海沿岸区 ,为这些水域的优势种［１］。有关中华哲水蚤的研究国内有过许多报道 :李少菁［２］、陈清潮［３］、林元烧等［４］曾分别对该种类生活习性、摄食、生殖及生活史进行过研究 ,林元烧、曹文清等［５］也曾对厦门港不同月份采集的中华哲水蚤染色体组型进行了分析。而不同地理种群…     

千岛湖蚤状潘垂直分布格局及其季节与昼夜变化

2004年10月至2005年8月，对不同季节千岛湖蚤状潘的垂直分布情况以及昼夜迁移进行了研究。结果表明，蚤状潘在千岛湖分布广泛，春季和夏季蚤状潘主要分布在15-25m水层，而在秋冬季分布相对均匀，从表层到60m水深都有分布；比较了蚤状漫在不同季节的迁移现象，春季和秋季蚤状潘为夜间迁移模式，而在夏季和冬季虽然都存在迁移现象，但不同于常见的三种迁移模式。     

千岛湖蚤状溞垂直分布格局及其季节与昼夜变化

2004年10月至2005年8月,对不同季节千岛湖蚤状溞的垂直分布情况以及昼夜迁移进行了研究。结果表明,蚤状溞在千岛湖分布广泛,春季和夏季蚤状溞主要分布在15-25m水层,而在秋冬季分布相对均匀,从表层到60m水深都有分布;比较了蚤状溞在不同季节的迁移现象,春季和秋季蚤状溞为夜间迁移模式,而在夏季和冬季虽然都存在迁移现象,但不同于常见的三种迁移模式。     

香港巨牡蛎抗副溶血弧菌感染相关microRNA的筛选

香港巨牡蛎(Magallana hongkongensis,旧称Crassostrea hongkongensis)是我国华南沿海重要的经济贝类,但频发的养殖病害严重制约了香港巨牡蛎养殖业的可持续发展。作为一类重要的调控因子,microRNA(miRNA)能够对其靶基因进行转录后调控从而参与海洋动物各类生命活动过程。本研究利用高通量测序技术建立了副溶血弧菌不同诱导时间下的香港巨牡蛎鳃组织miRNA文库,并通过生物信息学分析方法挖掘与免疫调控有关的miRNA,共获得了453个已知miRNA和222个新miRNA,通过进一步筛选空白对照组/12 h病原注射组、空白对照组/24 h病原注射组、12 h病原注射组/24 h病原注射组特有的miRNA,发现多个在不同比较组间差异表达的或具有高表达水平的miRNA。其中miR-10、miR-23、miR-92、miR-100、miR-125、miR-144、miR-145、miR-146、miR-335、miR-750等已被证实参与了多种海洋动物的免疫调控过程。对差异表达miRNA靶基因的KEGG富集分析结果显示miR-411-5p、miR-445...     

microRNA介导雨生红球藻在高光胁迫下次级细胞壁形成和虾青素积累的分子机制

雨生红球藻(Haematococcuspluvialis)是天然虾青素的最佳来源,它可以在高光胁迫等不利条件下转变成厚壁细胞并积累大量虾青素。然而,目前从微小RNA (microRNA, miRNA)层面来揭示在高光胁迫下雨生红球藻次级细胞壁形成和虾青素合成的机理研究尚未见报道。对高光处理下三个时间点的雨生红球藻样品进行microRNA测序,共鉴定出342个已知miRNA和283个新miRNA。在这625个miRNA中,其中有206个miRNA的表达量受高光影响,这些差异表达的miRNA的靶基因参与了淀粉与蔗糖代谢、甘露糖与果糖代谢、糖酵解和萜类骨架生物合成等重要代谢通路。结合转录组结果发现,高光胁迫下有6个miRNA调控了3个和次级细胞壁形成相关靶基因的表达,有5个miRNA调控了5个和虾青素生物合成相关靶基因的表达。以上结果揭示了雨生红球藻在高光下miRNA调控次级细胞壁形成和虾青素生物合成的潜在机制,为雨生红球藻虾青素的代谢工程奠定了理论基础。     

摄食紫菜粉等4种单一饵料的蚤状潘脂肪酸组成的比较

用GC／MS法分析比较了紫菜粉、小球藻、酵母、Banta液（牛粪1．5g＋干稻草2g＋沃土20g＋水1000cm3）4种食物条件下蚤状潘的脂肪酸组成．结果表明：4种食物培养下,蚤状潘的总脂含量依次为39．80、60．10、44．60、52．30mg／g．一共检测出脂肪酸14种,其中8种饱和脂肪酸（SFA）,2种单不饱和脂肪酸（MUFA）,4种多不饱和脂肪酸（PUFA）．紫菜粉培养组与小球藻组PUFA含量显著高于酵母组和Banta液组（P〈0．05）,占总脂肪酸的1／3以上,酵母组MUFA质量分数最高（P〈0．05）,达55．73％,Banta液组以SFA质量分数最高（P〈0．05）,为52．45％．其中紫菜粉组的PUFA中缺乏C18：3,但C20：5（EPA）和C20：4（AA）质量分数高达22．67％和9．02％是小球藻组的1．6倍和4．5倍（P〈0．05）,而且EPA和AA的实际含量也显著高于小球藻组（P〈0．05）,达到9．02mg／g和3．59mg／g;比较得出,紫菜粉培养组的20碳以上必需不饱和脂肪酸含量丰富,明显高于其他3组．本实验证实蚤状潘的脂肪酸组成与食物脂肪酸成正相关．分析认为,用紫菜粉培养枝角类用于海水育苗会取得更佳的营养效果．     

中国近海骨螺科的研究 Ⅱ.核果螺属

核果螺属(Genus Drupa Roeding,1798)全为暖水性较强的种类,系珊瑚礁生物群落的一个组成部分。在中国近海,绝大多数种类仅见于广东省西沙群岛、海南岛南部及台湾省,只有少数种类分布到海南岛北部、广东大陆沿岸及福建东山岛。 我国近海的核果螺,以往的报导多在国外,并且除黑田(1941)外多是一些零星记载。 我们较系统地整理了解放前北京静生生物调查所保存的标本及解放后我所采集的标本共289号,计有个体2857个,共鉴定为20种,其中6种在我国近海为新记录(表1,有*号者)。西沙群岛共发现14种,海南岛南部15种,海南岛北部5种,广东省大陆沿岸仅发现2种。在这20种中。有2种在我国仅见于广东省西沙群岛,有2种仅见于广东省海南岛南部,有一种仅见于广东省海南岛北部、广东省大陆沿岸及福建省东山岛。 核果螺属主要分布于印度一西太平洋,个别种类可扩及非洲西岸及东太平洋。我国的种类,约一半以上广泛分布于印度-西太平洋区;其与印度洋、日本南部、菲律宾、印尼-马来半岛及中太平洋五个海域区系的相似程度大致相等。还应指出两点:(1)出现于中国近海的核果螺中,D. ricina (L.)也见于非洲西岸,D. ricina (L.)、D. morum Roeding、D. uva Roeding 及D. aspera ( Lamarck)4种在东太平洋的克利帕顿群岛亦有出现,但没有与美洲西岸的共有种;(2)出现于中国近海的核果螺中,仅分布于太平洋西岸的种类则较少,只有D. borealis (Pilsbry)为中国及日本一带的特有种,D. biconica (Blainville)为中国、日本及菲律宾一带的特有种。     

Statistical analysis on ecological adaptation of pelagic Amphipoda in the East China Sea

This article studied the diversity of Amphipoda''s environmental adaptation using statistic methodology based on the seasonal investigation data obtained from the East China Sea waters (23°30''-33°N, 118°30''-128°E) from 1997 to 2000. Fifty-four Amphipoda species were identified:among which eight species could stand a temperature difference over 10℃ and eight species could tolerate the temperature gap ranged from 5 to 10℃; while only six species could stand the salinity fluctuation more than 5. Based on above facts as well as calculated optimal temperature and salinity we divided all Amphipoda species into four groups:(1) eurythermic and euryhalinous species including Lestrigonus schizogeneios, L. macrophthalmus, Tetrathyrus forcipatus, L. bengalensis and Hyperioides sibaginis; (2) temperate-warm species containing Hyperoche medusarum, Parathemisto gaudichaudi, Themisto japonica and Hyperia galba; (3) oceanic tropical species consisted of Oxycephalus clausi, Lycaea pulex, Eupronoe minuta, Simorhychotus antennarius, O. poreelus, Platyscelus ovoides and Rhabdosoma ahitei; (4) subtropical species involving one nearshore subtropical water species (Corophium uenoi) and 37 offshore subtropical ones. Compared with other zooplankton such as Euphausia and Chaetognatha, Amphipoda was characterized by low dominance but wide distribution in the East China Sea, and this could be ascribed to its high adaptation diversity.     

浒苔Up-MIR-843及其靶基因分析

非编码小分子RNA (non-coding small RNAs, microRNAs)在植物的生长,发育和应对非生物胁迫过程中发挥着重要作用。本研究分析了氮剥夺和高温刺激条件下,浒苔Up-miR-843及其靶基因的表达变化。结果表明,生物信息学分析可以得到184个Up-miR-843靶基因。氮缺乏可以显著增加Up-miR-843的水平,同时降低细胞周期相关基因Cyclin A3和Cyclin L的表达,而高温刺激对Up-miR-843的表达不产生影响。同时,Up-miR-843高表达的浒苔与正常条件培养的浒苔比较,生物量和光合作用合成速率显著增加。因此,我们推测氮剥夺和高温应激响应microRNAs可能通过介导其靶基因表达,调节浒苔的生长。     

日本绒螯蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状汊序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体ＤＮＡ１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到４５７ｂｐ的碱基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５８ｂｐ（３４．５７％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（１５．３２％）,与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似。