胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究

采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。     

半滑舌鳎雌鱼基因组Fosmid文库构建及分析

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)是我国的大型经济鱼类,其养殖发展迅速。有关半滑舌鳎的基因组文库构建和分析等方面的研究,目前尚未见报道。用流式细胞仪检测雌性半滑舌鳎基因组大小。从半滑舌鳎雌鱼肌肉提取基因组DNA,选取大小合适的DNA片段,经末端修复并回收后,再以Fosmid作为载体,构建半滑舌鳎雌鱼基因组文库。经检测,雌性半滑舌鳎基因组大小约为606.36 Mb。所构建的Fosmid文库含有49 920个克隆,重组率为96.88%;插入片段长度分布在33~45 kb之间,平均为39.2 kb;覆盖雌性半滑舌鳎基因组3.12倍;从文库中筛选得到单拷贝DNA序列的概率为95.6%。对培养第1天和第6天的克隆进行比较,结果表明文库稳定性高,培养过程中没有发生变化。     

18S rDNA and CO Ⅰ gene sequence analysis of 10 crabs and study of their molecular phylogeny

应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨.实验共获得10条18S rDNA序列,长度为1 780～1 787 bp,其中A、T、G、C平均含量分别为23.72％,24.58％,24.52％和27.17％;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp到130 bp约50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017.18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同一海洋蟹类祖先提供了分子生物学证据,并且支持将厚蟹属从相手蟹科移至弓蟹科.获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T、G、C平均含量分别为26.88％,37.62％,17.50％和18.00％;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138.CO Ⅰ基因系统发育树真实地反映了归蟳属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的蟳类鉴定提供了一种快速准确的方法.     

10种蟹类18S rDNA 和COⅠ基因序列分析及其分子系统发育研究

应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨。实验共获得10 条18S rDNA序列,长度为1780~1787 bp,其中A、T, G,C平均含量分别为23.72%, 24.58%,24.52%和27.17%;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp 到130 bp 约 50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017。18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同-海洋蟹类祖先提供了分于生物q证惦,开上火亚N内尔量分别为26.88%.弓蟹科。获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T,G、C平均含量分别为26.88%,37.62%,17.50%和18.00%;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138。COⅠ基因系统发育树真实地反映了住属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的姆类鉴定提供了-种快速准确的方法。     

西北太平洋沉积物中细菌多样性的研究

利用提取且纯化的西北太平洋地区深海沉积物DNA为模板,利用细菌通用PCR引物扩增16S rDNA片段,构建其文库,建立阳性克隆子RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)酶切图谱.据酶切图谱选择部分克隆测序,并与数据库中的序列进行比对.结果表明,测序的27个序列分属于4个类群:变形细菌(Proteobacteria)、绿屈挠菌(Chloroflexi)、浮游霉菌(Planctomycetes)和酸杆菌(Acidobacteria);其中以变形细菌最多,占62.96%.     

柳珊瑚4种不同DNA提取方法的比较研究

通过2种样品前处理方式和4种不同的DNA提取方法相结合,提取橘色刺柳珊瑚(Echinogoria aurantiaca)基因组DNA,并对其18S rRNA基因进行了克隆和测序。实验结果表明,对于2种样品前处理方式,采用纯酒精进行样品前处理比PBS(磷酸缓冲液)进行样品前处理效果要好。在4种不同的DNA提取方法中,以CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取基因组DNA效果最好,其余3种方法如PVP(聚乙烯基吡咯烷酮)法、高盐法和酚/氯仿法的提取效果较差。并且不同样品的钙质沉淀对DNA都有一定程度的吸附。最后,通过PCR扩增、克隆测序得到橘色刺柳珊瑚18S rRNA基因序列(AY962532)。BLAST软件进行序列比对表明橘色刺柳珊瑚与弱柳珊瑚(Leptogorgia chilensis)的18S rRNA基因(AF052928)同源性最高,为98.79%。     

基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。     

小球藻属DNA条形码的鉴定研究

为探讨小球藻鉴定的新方法以及评估小球藻属 DNA 条形码候选序列的鉴定作用,文章对20株小球藻的线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)、核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)以及核酮糖1,5-二磷酸羧化酶(rbcL)3个片段进行PCR扩增测序,并对各序列进行生物信息学分析。研究结果表明：COI、ITS和rbcL序列在20株小球藻中的扩增和测序效率均呈阳性,扩增成功率分别为76%、83%和70%;经评估,COI、ITS和rbcL序列作为DNA条形码在小球藻分类鉴定中均不适合较低的分类单位,但可参考动植物的分类方法,将多个片段组合应用,从而筛选不同进化级别的DNA条形码。     

长菱形藻(Nitzschia longissima)和新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)分子分类研究

本研究自胶州湾分离了两种底栖硅藻,形态学初步鉴定为长菱形藻和新月细柱藻。对其18S rDNA和rbcL基因进行了测序并用邻接法构建了系统树。结果表明,两藻在18S rD-NA和rbcL基因序列上均存在较大的差异,基于DNA序列的分类结果与形态学分类结果一致。在依据形态指标难以确定藻类分类地位的情况下,18S rDNA和rbcL基因序列是有用的鉴定工具。     

印尼3个地区热泉中可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MSM寡营养培养基从印度尼西亚Pantai cermin,Kalianda和Banyu wedang地区的热泉水样、泥样以及沉积物中根据菌落的形态学特征共分离获得69株细菌,通过菌株的16S rDNA的限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析、序列比对和生理生化分析,对其进行鉴定并构建系统发育树.结果表明,分离...     

南海北部带鱼生长死亡与参数动态综合模式

根据我国近海带鱼分种研究结果,利用南海北部底拖网调查收集的带鱼属3鱼种的生物学资料,运用长度频率法估算了3鱼种的生长和死亡参数.带鱼、南海带鱼和短带鱼von Bertalanffy生长方程的渐近肛长分别为70.0,54.5和48.0 cm;生长系数分别为0.27,0.27和0.17;理论生长起点年龄分别为-0.60,-0.68和-1.10龄.用长度变换渔获曲线法估算的3鱼种总死亡系数分别为3.02,0.80和2.43;用经验公式估算的自然死亡系数分别为0.39,0.58和0.44;捕捞死亡系数分别为2.63,0.22和1.99.动态综合模式的分析结果表明,3鱼种都能承受较大的捕捞压力,资源利用的不合理之处是大量捕捞1龄以内的幼鱼;在最适利用状态下,带鱼、南海带鱼和短带鱼的开捕年龄分别应为3.0,2.0和2.7龄,对应的肛长分别为44,28和23 cm.     

基于EPMA的耳石Sr：Ca比分析及其在鱼类生活履历反演中的应用实例研究

利用基于电子探针（EPMA）的耳石Sr：Ca比和Sr含量分析方法研究了长江口水域刀鲚、凤鲚、带鱼和长吻鲍的生活履历及生活史型。结果发现,刀鲚中除存在淡海水洄游性个体生活史型外。还存在出生并生活于河口或近海的非洄游性个体生活史型,其平均耳石Sr：Ca比在不同水环境履历的基准值为：淡水〈2．0×10^-3、河口（3．5—6...     

基于长度贝叶斯生物量估算法的北部湾带鱼资源评估

带鱼是南海西北部北部湾主要经济鱼类种群之一,估算其种群参数和评估其资源状况对北部湾渔业资源管理具有重要意义.本文利用2006-2016年北部湾带鱼(Trichiurus haumela)的生物学数据,通过长度贝叶斯生物量估算法(Length-based Bayesian Biomass Estimation Metho...     

福建三沙湾浮性鱼卵和仔、稚鱼的分布

本文根据1990年2～11月在三沙湾海域分别进行4个季节调查的资料,对三沙湾鱼卵和仔、稚鱼的种类组成、丰度和主要种类的分布进行研究和探讨.结果表明,本海区共出现鱼卵和仔、稚鱼26种,分别隶属于17科22属.在数量上,鱼卵最高值出现在春季（5月）,其中鱼卵丰度较高的种类是真鲷、带鱼、鲾和康氏小公鱼等种类.仔稚鱼以夏季丰度最高,并以鰕虎鱼丰度（71.8%）最高.在分布上,鱼卵的丰度以三都岛东北部和东吾洋海域最高,仔稚鱼以三都岛东部最为密集.这表明本海区的鱼类的主要产卵季节是春季和夏季.其数量、分布与水温及桡足类的分布关系密切.     

北部湾主要经济鱼类资源变动分析及保护对策探讨

运用北部湾历史上几次底拖网渔业资源调查资料．对14种主要经济鱼类的资源变动情况进行综合分析。结果表明．曾是20世纪60年代底拖网渔获优势种的红笛鲷(Lutjanus sanguineus))、鯻(Therapon theraps)、长棘银鲈(Gerres filamentosus)、黑印真鲨(Carcharhinus menisorrah)和灰裸顶鲷(Gymnocranius griseus)等资源已严重衰竭；二长棘鲷(Parargyrops edita)、长尾大眼鲷(Priacanthus tayenus)、短尾大眼鲷(Priacanthus macracanthus)、白姑鱼(Argyrosomus argentatus)、蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、竹荚鱼(Trachurus japonicus)等种类的资源密度的波动较大：带鱼(Trichiurus haumela)、花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)、刺鲳(Psenopsis anomala)等资源虽呈衰退趋势．但资源密度相对较为稳定。并探讨了过度捕捞对不同种类资源变动的影响及渔业资源的保护对策。     

福建近海主要底层经济鱼类的种群动态

本文研究了1994年福建近海底拖网渔船主要捕捞对象－带鱼,白姑鱼,二长棘鲷,短尾大眼鲷和条尾绯鲤5种底层和近底层鱼类的种群结构,生长和死亡参数及其开发比率,与1976年比较,带鱼渔获的最大年龄由1976年7龄降至1994年的4齿,白姑鱼,二长棘鲷和短尾大眼鲷由1976年或1982年的5龄降至1994年的3龄,条尾绯鲤由1976年的5龄降至1994年的4龄,带鱼的捕捞死亡系数由1976年的0．491上升到1994年的0．956。二长棘鲷由0．340上升到1．273,短尾大眼鲷由0．505上升到0．868。条尾绯鲤由0．576上升到0．924,白姑鱼由1982年的0．235上升到1994年的0．789,开发比率均比1976年或1982年有较大提高,分别在0．495,0．706,呈现充分开发或过度利用,并讨论了种群变动原因,捕捞结构和底拖网捕捞力量调整及5种鱼类的最小可捕标准问题。     

东海带鱼食性的季节变化

探讨带鱼摄食生态及东海食物网现状。根据2002年12月~2003年11月收集到的带鱼胃含物样品,对其摄食习性的季节变化进行了研究。结果表明,带鱼全年摄食的饵料种类数共有60余种,鱼类和甲壳类为其主要饵料类群。带鱼的食物组成存在季节差异,春季以细条天竺鲷、磷虾和带鱼为主要食物;夏季以带鱼、磷虾、糠虾和刺鲳为主要食物;秋季以口足类幼体、七星底灯鱼和竹荚鱼为主要食物;冬季以带鱼、七星底灯鱼、小带鱼和糠虾为主要食物。摄食强度的季节变化并不明显(P>0.05),秋季最高,夏季最低;各个季节的主要饵料类群组成存在差异,鱼类饵料的重量百分比均最高;饵料多样性指数季节差异并不显著(P>0.05),秋季最高,冬季和夏季较低。通过与历史资料进行比较发现,东海带鱼的食物组成发生了较大的变化,已由过去以磷虾为主转变为以鱼类为主,同时表现出明显的同类相食的现象。     

黄海鱼类食物网的研究

于1985年3月—1986年10月和1988年5月间,对黄海海域40科69属80种鱼的食性及其相互关系进行了较系统地调查、分析。结果表明:1.黄海鱼类饵料分为4个生态类型;2.黄海鱼类摄食有明显的季节变化;3.黄海鱼类基本属于第二—第四营养级;4.日本鳀、脊尾褐虾、太平洋磷虾等优势饵料生物在黄海鱼类食物网中起着举足轻重的作用;5.黄海多数鱼类间的食物竞争关系基本是协调的。     

长江口近海春季鱼类群落结构的多样性研究

根据2007年5月、2008年5月和6月在长江口近海春季的底拖网调查资料,对该海域鱼类的种类组成、资源量变化、群落结构多样性及优势种类长度谱进行了分析.调查共捕获鱼类187种,带鱼在三次调查中占据绝对优势,其渔获量均占总渔获量的50%以上,其它优势种类,除小黄鱼、刺鲳、银鲳外,均为小型非经济种类.另外,冷温性的鳄齿鱼也...     

犬齿牙鲆胚胎及仔、稚、幼鱼形态发育观察

犬齿牙鲆(Paralichthys dentatus)卵为端黄卵,受精卵浮性,卵径950~1100μm,油球径200~225μm.在水温20.5~22.0℃,盐度33条件下培育,受精后1 h 20 min 进入卵裂期,6 h 10 min 进入囊胚期,11 h 20 min 进入原肠胚期,19 h 10 min 发育到胚孔封闭期,胚体形成,26 h 50 min 尾芽出现,33 h 35 min心跳开始,48 h 10 min 开始孵化出仔鱼.初孵仔鱼平均全长2.59 mm±0.02 mm,在培育水温为17.0~21.0℃,盐度24~34条件下,胚后发育时序为:1日龄~9日龄为仔鱼前期,10日龄平均全长5.52 mm±0.05 mm,卵黄囊和油球完全吸收进入仔鱼后期;40日龄平均全长20.82 mm±0.67 mm,各鳍鳍条发育形成进入稚鱼期;65日龄平均全长41.13 mm±0.88 mm,全身鳞被完整进入幼鱼早期