基于cox1和D-loop区序列雷州半岛红树林海区2种野生弹涂鱼的遗传变异

设计双层洞穴式弹涂鱼捕捉器,于雷州半岛红树林海区捕获弹涂鱼类野生群体,筛选出弹涂鱼(Periophthalmus modestus)、大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)2个优势种群,并获取其线粒体控制区(D-loop)和cox 1基因部分序列,进行序列变异分析及遗传分析。结果表明,cox 1基因和D-loop区碱基组成A+T含量均大于C+G。cox 1数据揭示,大弹涂鱼变异位点占总长度2.1%,弹涂鱼占2.4%,种内平均遗传距离分别为0.003、0.006,种间遗传距离为0.158,37个个体共定义22个单倍型,单倍型多样性为0.950 45。而D-loop区数据指明,大弹涂鱼变异位点占总长度4.9%,弹涂鱼占7.5%,种内平均遗传距离分别为0.012、0.019,种间距离为0.409,37个个体定义32个单倍型,单倍型多样性水平极高(0.989 49)。中性检验结果显示,2种弹涂鱼进化历程符合中性进化假设,且存在群体扩张的可能。综合cox 1基因和控制区数据显示:弹涂鱼种群遗传多样性高于大弹涂鱼。     

海南省2个冬青叶马尾藻种群的多样性及分子系统学研究

为了解海南省冬青叶马尾藻不同地理种群的多样性,从潭门镇和长坡镇收集到12份冬青叶马尾藻样品,通过PCR扩增和测序获得了其cox1(细胞色素C氧化酶亚基1)、rbc L(1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶大亚基)及ITS(内转录间隔区)序列。多序列比对显示,2个种群的冬青叶马尾藻的cox1、rbc L序列很保守,未发现多态性位点;而ITS序列变异较大,在碱基组成和序列长度上均有丰富的多态性。根据ITS的序列特征将所分析样品分为A、B和C 3个类群。系统进化分析显示,3个类群能以较高的置信度与数据库中其他地域来源的冬青叶马尾藻聚为一支,其中A、B类群的亲缘关系非常近,而C类群与其他地域来源的冬青叶马尾藻更相似。     

高山榕叶斑病菌的分离及鉴定

从高山榕(Ficus altissima Bl.)叶斑病的病叶上分离到一株真菌,经接种鉴定为高山榕叶斑病的病原物。通过形态学观察,发现该病原物为链格孢属(Alternaria sp.)。利用直接菌落PCR测定了此病原物的核糖体DNA的转录间区、内聚半乳糖醛酸酶基因以及基因组中OPA1-3区域的DNA。结合序列分析和形态学观察结果,该菌鉴定为A.gaisen。     

湛江海域浒苔属Enteromorpha种类的形态与显微结构

用比较解剖学方法观察提江沿海浒苔属（Enteromorpha ）海藻的形态结构,并结合统计分析对其进行 物种鉴定。结果表明,依据藻体分校的有元、数量及分校与主枝直径的大小等形态特征,鉴定的浒苔属j海藻有6种1个变型,分别为缘管浒苔（E. linza）、肠浒苔（ E. intestinalis ）、扁浒苔（ E. compressa ） ,浒苔（E. proliferα）、 条浒苔（E. clathratα）、由浒苔（ E·flexω5α）和肠浒苔宽叶变型（ E. intestinalis f.broadifolium） 0藻体长度由 大到小依次为浒苔、条浒苔、缘管浒苔、肠浒苔、扁浒苔和炀浒苔宽叶变型：细胞呈多角形,藻体的位置不同其细胞大小有所变化,除由浒苔和条浒苔外,其他4种1个变型浒苔的中部细胞最小;所有种类的细胞均有淀粉核,其中肠浒苔、缘管浒苔和扇浒苔仅1个淀粉核,而其他种出现多个淀粉核,尤其条浒苔和曲浒苔数量最多,可达6个以上。定量描述浒苔属6种1个变型的形态特征、内部结构,并发现浒苔属海藻非中空营状的结构特征。     

巨蛎属牡蛎DNA序列的比较及鉴定

【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。     

环境16S rDNA和16S rcDNA序列分析湖光岩玛珥湖的浮游细菌组成

通过提取环境总16S rDNA和总16S rRNA分别构建DNA克隆文库和反转录cDNA文库,并进行克隆测序和序列分析,探讨湖光岩玛珥湖浮游细菌和浮游活性细菌的遗传多样性。结果表明:构建两个水层的4个克隆文库,即1 m和10 m水层总菌的16S rDNA文库和总活性菌的16S rcDNA文库,共获得413条序列,分属15门、32目、52科;1 m水层的rDNA文库与rcDNA文库中Verrucomicrobia类群所占比例最大(36.8%和32.1%),其次为Alphaproteobacteri(a 15.1%和16%)和Betaproteobacteri(a 17.9%和16%);在10 m水层的2个文库中,Alphaproteobacteria类群均占绝对优势,分别为63.5%(rDNA)和43.8%(rcDNA),其次为Verrucomicrobia(11.5%和14.3%),其他细菌类群包括Acidobacteria、Chloroflexi、Firmicutes、待定门OD1、Planctomycetes、Spirochetes和Deltaproteobacteria,比例在0.8%~3.8%之间;在科的水平上,SAR11为湖光岩玛珥湖最为丰富的类群,占总克隆数的26.9%,其中在10 m水层的比例高达51.5%。序列同源性分析表明,绝大多数序列(89.8%)来源于新种,其中19.6%的序列可能来自于新属,69%的序列可能来自于全新的科。湖光岩玛珥湖浮游细菌群落结构较为独特,有大量的浮游细菌种类尚未获得相应的纯培养物,蕴含着丰富而新颖的微生物资源。     

龙虾繁殖生物学及幼体培育研究进展

龙虾隶属于节肢动物门，甲壳纲，十足目，龙虾科，龙虾属。已知全球共有19个种类，我国沿海有中国龙虾（P．stimpsoni）、锦绣龙虾（P．ornatus）、波纹龙虾（P．homarus）、密毛龙虾（P．peni—cillatus）、日本龙虾（P．japonicus）、     

皱纹盘鲍和九孔鲍遗传差异nad2-cox1分析及鲍属系统发育

基于nad2-cox1核苷酸序列分析了皱纹盘鲍和九孔鲍3个养殖群体的遗传差异,基于cox1分析了鲍属19种鲍的系统发育关系。共获得625 bp的DNA片段,33个片段共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍2个群体26个个体15种单倍型,九孔鲍7个个体2种单倍型。皱纹盘鲍大连群体与厦门群体有6种交叉共享单倍型,皱纹盘鲍与九孔鲍之间无共享单倍型。皱纹盘鲍群体内个体间的遗传距离(D)为0.002~0.015,九孔鲍个体间D值为0.003,两种鲍间的遗传距离为0.300~0.320。鲍属系统发育分析显示,皱纹盘鲍与日本鲍、盘鲍聚为一支(D值为0.000~0.004),而后与大鲍聚在一起(支持率为100﹪)(D值为0.018),九孔鲍、细纹九孔鲍、杂色鲍聚为一支(D值为0)。九孔鲍与马蹄螺科的Diloma bicanaliculata聚为一支,白鲍、黑鲍、红鲍、北国鲍、堪察加鲍聚为一支(支持率87﹪)。     

越南沿海的双壳纲软体动物

报道了越南沿海的双壳纲软体动物 32 0种 ,隶属 3亚纲、6目、2 6总科、4 1科、1 4 8属。从种类的组成中 ,帘蛤科有 5 7种 ,蚶科 32种 ,樱蛤科 2 9种 ,贻贝科 2 5种 ,鸟蛤科 1 6种 ,牡蛎科 1 4种 ,蛤蜊科 1 3种 ,珍珠贝科和扇贝科各 1 2种 ,紫云蛤科 1 1种 ,竹蛏科 1 0种 ,其他各科的种类均在 7种以内。按种的性质而论 ,越南沿海主要是由热带种和亚热带种类组成 ,还有与珊瑚礁紧密联系的热带种。就越南沿海双壳纲软体动物分类区系而论 ,应属印度—西太平洋区的印尼—马来亚区。     

4种鲷科鱼种内细胞色素b基因序列的保守性

对真鲷 (Pagrosomusmajor)、黄鳍鲷 (Sparuslatus)、黑鲷 (S .macrocephalus)和平鲷 (Rhabdosar gussarba )的线粒体DNA细胞色素b 4 0 5bp序列进行测定。结果发现 ,4种鲷科鱼种内碱基的变异较低 ,真鲷为 0 .2 5% ,黄鳍鲷为 0 .74 % ,黑鲷和平鲷均为 0 ;真鲷有 4种单倍型 ,黄鳍鲷有 2种单倍型 ,黑鲷和平鲷分别为 1种单倍型 ,且单倍型间变异位点很少 ,真鲷有 3个变异位点 ,黄鳍鲷仅有 1个变异位点 ,而黑鲷和平鲷无变异位点。结果表明 ,细胞色素b基因在这 4种鲷科鱼种内是相当保守的。     

Comparison of Nutritional Quality in Fish Maw Product of Croaker Protonibea diacanthus and Perch Lates niloticus

Fish maw(the dried swimbladders of fish) is ranked in the list of the four sea treasures in Chinese cuisine. Fish maw is mainly produced from croaker, which is the most highly priced. However, some of the fish maw being sold as croaker maw are in fact not from croaker, but from the Nile perch Lates niloticus. The present work determined and compared the proximate composition, amino acid and fatty acid composition of croaker Protonibea diacanthus maw and perch L. niloticus maw. The results indicated that both maws were high protein sources and low in fat content. The dominant amino acids in both maws were glycine, proline, glutamic acid, alanine and arginine. These amino acids constituted 66.2% and 66.4% of the total amino acids in P. diacanthus and L. niloticus, respectively. The ratio of FAA: TAA(functional amino acids: total amino acids) in both maws were 0.69. This is a good explanation for why fish maws have been widely utilized as a traditional tonic and remedy in Asia. Except valine and histidine, all the essential amino acid contents in P. diacanthus were higher than in L. niloticus. Moreover, croaker P. diacanthus maw contained more AA and DHA than perch L. niloticus maw, showing a higher ratio of n-3 / n-6, which is more desirable.     

3种蛋白源替代鱼粉对褐点石斑鱼幼鱼血液指标的影响

以全鱼粉饲料为对照(D1组),用豆粕替代10%、20%的鱼粉(D2、D3组),玉米蛋白粉替代10%的鱼粉(D4组),啤酒酵母替代10%的鱼粉(D5组),配制5组等氮等能饲料,研究不同蛋白源替代饲料中的鱼粉对褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)幼鱼血液生理生化指标的影响.结果发现:投喂56 d后,D5组终末体质量显著小于D1组和D2组(p<0.05),其他各组间差异不显著(p>0.05);D1组和D2组实验鱼体质量与D5组差异显著(p<0.05).D3组血红蛋白浓度、血栓细胞密度和平均血栓细胞体积显著低于D1组(p<0.05), D4组实验鱼嗜中性粒细胞密度和巨大不成熟细胞比例显著高于D1组(p<0.05).D3组实验鱼总蛋白含量显著低于D1、D4组(p<0.05),D3组球蛋白含量显著低于D1组(p<0.05),D3组白球蛋白比显著高于其他各组(p<0.05);D3组的血糖含量显著低于D1组(p<0.05),D2、D3、D5组的甘油三酯含量显著低于D1、D4组(p<0.05);D5组肌酐含量显著低于D1组(p<0.05).以上结果表明,酵母蛋白替代饲料中10%的鱼粉对实验鱼的生长和生理状态均产生不良影响,不适于作为褐点石斑鱼幼鱼饲料的鱼粉替代物;玉米蛋白粉和豆粕蛋白可以作为褐点石斑鱼幼鱼饲料中鱼粉的替代物,但替代比例玉米蛋白粉不宜超过10%,而豆粕蛋白的替代比例应小于20%.     

Microbiota and Shelf Life of Whole and Gutted Pacific Saury(Cololabis saira) During Refrigerated Storage

Pacific saury(Cololabis saira)is usually sold as whole fish in wholesale markets,or in its gutted form which is easy for consumers to cook in retail markets.In order to assess the effect of gutting on the shelf life of Pacific saury during refrigerated storage and reveal the microbial community,fish samples grouped into(I)whole fish and(II)gutted fish were analyzed periodically for sensory,biochemical and microbiological characteristics,and high-throughput sequencing technology was used to investigate the microbiota.Results showed that the sensory score for the gutted fish became unacceptable on day 8,while the whole fish score remained acceptable for 10 days.The total volatile basic nitrogen(TVB-N)value of the gutted fish reached 30 mg N(100 g)^-1 on day 6,while that of the whole samples surpassed 30 mg N(100 g)^-1 on day 10.The thiobarbituric acid reactive substances(TBARS)value of the gutted fish got close to 5.0 mg kg^-1 on day 10,while that of the whole samples surpassed 5.0 mg kg^-1 on day 14.The aerobic plate colony counts(APCs)for the gutted and whole Pacific saury reached 7.0 log10 CFUg^-1 on days 6 and 10,respectively.Organoleptic,biochemical and microbiological analyses revealed that shelf-lives should be 6–8 days for gutted fish and 10 days for whole fish.Microbiota analysis results showed that gutting partly changed the initial microbiota,but didn't alter the dominant bacteria during storage.When the fish were spoiled,high proportion of Pseudomonadaceae was detected in both groups.     

流沙湾卵鳎微卫星标记的遗传多样性分析

为分析湛江流沙湾海域优势渔种卵鳎的遗传多样性,应用微卫星标记技术,选用15对微卫星引物,以等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、固定指数等遗传参数为指标,评估卵鳎群体内的遗传多态性。结果表明:共检测到90个等位基因,等位基因数从1~12不等,平均为6.0;有效等位基因数从1.0~8.4,平均为4.0,多态性位点比例为53%,显示其具有中等杂合子水平,其中8个多态位点的期望杂合度(He)为0.670~0.881,平均为0.800,观测杂合度(Ho)为0.353~1.000,平均为0.773,多态信息含量(PIC)值为0.616~0.870,平均为0.773,群体内固定指数F为-0.199~0.564,平均为0.046;流沙湾卵鳎群体具有高度遗传多样性。     

饲料中豆粕含量对军曹鱼幼鱼碳、氮稳定同位素分馏的影响

配制全鱼粉饲料（以鱼粉为蛋白源）、10%豆柏饲料（用豆柏蛋白10%鱼粉）、20%豆柏饲料（用豆柏蛋白20%鱼粉）等3种等氮等能饲料,分别投喂体质量21.34± 1.54g的幼鱼24 d,研究饲料中豆柏蛋白含量对 军曹鱼幼鱼碳、氮稳定同位素分馈的影响。结果表明,随着养殖时间的延长,各饲料组军曹鱼δ13C逐渐上升,δ15N逐渐下降,虽然δ13C和δ15N变化速度上有差异,但除20%豆柏饲料组肌肉的δ15N外,其他各饲料组肌肉和 全鱼在实验结束时均已与饲料达到同位素平衡;军曹鱼肌肉和全鱼的△13^C和△15^N值均随饲料中豆柏蛋白含量 的增加而加大,△13C从4.19‰增加到5.04‰, △15N从0.18‰。增加到 2.20‰,军警鱼金鱼和肌肉的△13C和△15N 相似,但在同位素值变化速度上有差异,因此,在进行生态学营养级研究（长时间尺度）时,肌肉可以代表军警鱼的同位素特征,而在进行生理学研究（短时间尺度）时,肌肉的同位素变化则不能代表军警鱼的同位素变化。     

Zooplankton community analysis in the Changjiang River estuary by single-gene-targeted metagenomics

DNA barcoding provides accurate identification of zooplankton species through all life stages. Single-gene-targeted metagenomic analysis based on DNA barcode databases can facilitate longterm monitoring of zooplankton communities. With the help of the available zooplankton databases, the zooplankton community of the Changjiang (Yangtze) River estuary was studied using a single-gene-targeted metagenomic method to estimate the species richness of this community. A total of 856 mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 (cox1) gene sequences were determined. The environmental barcodes were clustered into 70 molecular operational taxonomic units (MOTUs). Forty-two MOTUs matched barcoded marine organisms with more than 90% similarity and were assigned to either the species (similarity>96%) or genus level (similarity<96%). Sibling species could also be distinguished. Many species that were overlooked by morphological methods were identified by molecular methods, especially gelatinous zooplankton and merozooplankton that were likely sampled at different life history phases. Zooplankton community structures differed significantly among all of the samples. The MOTU spatial distributions were influenced by the ecological habits of the corresponding species. In conclusion, single-gene-targeted metagenomic analysis is a useful tool for zooplankton studies, with which specimens from all life history stages can be identified quickly and effectively with a comprehensive database.     

不同饵料强化剂对龙虎斑仔稚鱼生长、存活率、消化酶活力及体成分的影响

褶皱臂尾轮虫(Brachionus plicatilis)与卤虫(Artemia franciscana)无节幼体分别以浓缩小球藻、深海鱼油和鱼肝油强化后,投喂龙虎斑(Epinephelus fuscoguttatus♀×E.lanceolatus♂)仔稚鱼,研究不同强化剂对仔稚鱼生长、存活率、消化酶活力及体成分的影响。结果显示,3种强化剂强化后的生物饵料均可显著提高龙虎斑仔稚鱼的存活率、体长和体质量,差异有统计学意义(P0.05),但对鱼体粗脂肪含量以及肠淀粉酶活力的影响无统计学意义(P0.05)。深海鱼油组仔稚鱼存活率最高,浓缩小球藻可以显著提高胃、肠蛋白酶活性和鱼体粗蛋白含量,各组差异有统计学意义(P0.05),而深海鱼油和鱼肝油可以显著提高肠脂肪酶活性(P0.05)。结果表明,3种强化剂各具优点,均可用于龙虎斑仔稚鱼生物饵料的强化,尤其以深海鱼油提高存活率最显著。     

鱼源无乳链球菌致病机理研究进展

从无乳链球菌的感染与传播途径,引起的病理学变化,致病机制,毒力因子和理化因子的影响等5个方面对鱼源无乳链球菌的致病机理作一综述。     

龙虎斑鱼肌肉营养成分分析

对龙虎斑鱼的肌肉进行营养成分分析和肉质评价,结果表明,龙虎斑鱼新鲜肌肉中粗脂肪质量分数4.18%,粗蛋白质量分数17.05%,粗灰分质量分数1.24%,水分质量分数80.19%.肌肉蛋白质中共检测出氨基酸种类有17 种,占新鲜肌肉样品的质量分数为17.88%;7 种必需氨基酸（EAA）占新鲜肌肉样品的质量分数为7.79%,占氨基酸总量的43.57%;4 种鲜味氨基酸（DAA）占新鲜肌肉样品的质量分数为6.17%,占氨基酸总量的34.51%;必需氨基酸指数（EAAI）为101.35,其氨基酸组成比例符合FAO/WHO 标准.新鲜肌肉中共检测出脂肪酸种类有14 种.其中7 种饱和脂肪酸（SFA）占总脂肪酸的质量分数为47.29%;4 种单不饱和脂肪酸（MUFA）占总脂肪酸的质量分数为18.86%;3 种多不饱和脂肪酸（PUFA）占总脂肪酸的质量分数为33.86%,DHA 质量分数占脂肪酸总量的30.24%.龙虎斑鱼营养价值较高,海鲜味浓郁.     

哈维氏弧菌GST核酸疫苗制备及其对斜带石斑鱼的免疫保护作用

通过同源引物从致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)ZJ0603基因组中克隆GST的开放阅读框(ORF),构建真核表达质粒pcDNA-GST。大量抽提重组质粒后,于背鳍基部肌肉注射重组质粒免疫斜带石斑鱼(Epinephelus coioides),分析重组质粒的免疫效果。通过核酸水平检测重组质粒在鱼体肝、肌肉、头肾和脾脏组织的分布;用ELISA法检测鱼体血清的抗体水平,用Western-blot检测目的蛋白的表达情况。结果表明:该序列全长615 bp;免疫7 d后,鱼体中均有质粒分布;斜带石斑鱼血清中产生抗GST的高效抗体(1∶4 096);相应的目的蛋白也在鱼体中成功表达。攻毒后,疫苗免疫保护率达80%,表明GST可作为防治哈维氏弧菌病有效候选抗原。