用于紫菜无性系种质鉴定的计算机化DNA指纹的建立

研究用RAPD技术对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)、坛紫菜(P.Haitanensis)、半叶紫菜(P.Katadai var.Hemiphylla)和少精紫菜(P.Oligospermatangia)的15个无性系丝状体进行了遗传多样分析,用120个Operon引物进行了筛选,从中选用来自OPJ-18和OPN-02扩增出的8条多态性条带构建了这15个紫菜无性系的DNA指纹图谱,在该图谱中每个紫菜无性系均有各自特异的DNA指纹.用1和0分别表示DNA带的出现和缺失,将各个无性系的DNA指纹用计算机语言表示,建立了15个紫菜无性系的计算机化DNA指纹;在此基础上设计了紫菜无性系种质鉴定的计算机软件PhGI.     

几种紫菜种质资源遗传多样性的RAPD分析

用随机多态DNA(RAPD)标记方法对11个紫菜(Porphyra)样品进行遗传多样性检测,从46个随机引物中筛选出27个有效引物,共扩增出282条DNA带,其中多态位点224个,占79．4％。用类间平均链锁法对各样品间的遗传距离进行聚类分析。结果显示,2个条斑紫菜之间的亲缘关系很近,遗传相似系数达98．1％,和坛紫菜的亲缘关系较远;坛紫菜不同样品间的遗传相似系数在75．8％～90．6％之间,表明坛紫菜种质资源具有丰富的遗传多样性,是良种选育的遗传基础。     

刺参（Apostichopus japonicus）野生及两代选育群体间遗传变异的微卫星标记研究

应用微卫星DNA技术对野生刺参和两代选育刺参群体遗传多样性进行了研究。9对微卫星引物在三个刺参群体中共扩增获得43个等位基因,每个微卫星座位检测到的等位基因数为2—7个。三个群体的观测杂合度的平均值分别为0．6556、0．6704和0．6148,多态信息含量平均值分别为0．6654、0．5929和0．5275。结果表明...     

Phaeocystis globosa与Phaeocystis antarctica叶绿体psbA基因的比较

测定了2株球形棕囊藻Phaeocystis globosa P1、P2的psbA基因序列。发现得到的2个序列完全相同。以P2序列对比分析了P．globosa和P．antarctica的psbA基因在DNA序列、氮基酸序列和RNA二级结构上的差异性，发现2种棕囊藻psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守，无插入／缺失，其核苷酸和氨基酸变异率分别为1．88％和1．13％。与核基因核苷酸的碱基替换不同，psbA基因核苷酸的碱基替换主要发生在密码子的第1位上。且不引起氨基酸的变化，引起氨基酸变化的碱基替换都发生在密码子的第2位和第3位上。在RNA二级结构上两序列的1～4茎环结构完全相同，表现出明显的棕囊藻属的特异性，其它结构区域差异较大。种间差异表现明显。由于psbA基因DNA序列和氨基酸序列非常保守，可能不适宜棕囊藻属的系统发育分析。但其RNA二级结构可能对于棕囊藻的分子分类有一定的参考价值。     

南极磷虾(Euphausia superba)线粒体基因组特征及其分子标记应用

为揭示南极磷虾（Eupahusia superba）（甲壳动物：软甲纲：磷虾目）线粒体基因组特征，及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记，采用Long PCR扩增技术获得采自普里兹湾（PrydzBay）南极磷虾线粒体基因组DNA，综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序：通过生物信息学软件（DOGMA、tRNAscan-SE 1．21和DnaSP4．10．7等）进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498bp以上（部分非编码区未测定），包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比，存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比，出现4个转运RNA基因的易位：trnL1、trnL2、trnW和trnl以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾（Prydz Bay）和威德尔海（Weddell Sea）南极磷虾的线粒体基因组，作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中，变异最大的是nad2基因，差异位点高达61个，其次是nad5基因，差异位点有12个：而coxl基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为coxl基因辅助的分子标记，用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性，为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。     

一个皱纹盘鲍人工群体内个体大小遗传变异的RAPD分析

从以日本野生皱纹盘鲍(Haliotis discus hannui Ino)为亲本进行群体繁殖所得人工群体的子1代中分别选择大(BI)、中(ME)、小(SM)等3个子群体各20个个体，进行RAPD分析。用11条随机引物及7个双引物组合共扩增出153条DNA片段，其中总群体多态性片段数为110条，多态性片段的比例为72．37％。根据扩增片段的共享度用TFPGA软件进行计算，结果表明：(1)SM与ME的遗传距离较近，而与BI的遗传距离相差较大；(2)子群体间遗传分化系数为7．64％，表明各个子群体间在遗传上存在一定的差异，对子群体进行选择将有一定的意义；(3)各子群体表现出了丰富的遗传变异，子群体BI、ME、SM的遗传多样性分别为0．2063、0．2358和0．2363，表明BI子群体具有相对较高的纯合度，在选择育种中有较高价值。     

山东近海牙鲆(Paralichthys olivaceus)自然和养殖群体10个微卫星基因座位的遗传多态性分析

采用微卫星遗传标记技术对山东近海牙鲆自然群体和养殖群体的遗传多样性进行了研究。实验所用牙鲆于2003年5月分别采自山东近海和青岛胶南养鱼场，各20尾，取全血或肌肉组织，以酚-仿抽提方法提取基因组DNA，利用筛选获得的10对微卫星引物进行PCR扩增，反应产物经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、EB显色，用ImageMasterl D Elite(Version 3．01)软件分析电泳结果，并计算了相应的遗传学参数。结果表明，在自然和养殖群体中，10个基因座位的等位基因平均数(α)分别为6．7和6．1，每个基因座位有效等位基因数(αe)分别为1．8—6．8和2．5—6．7，群体平均杂合度(H)分别为0．8120和0．7310；两个群体间的遗传相似性系数、遗传距离和基因分化系数为0．8558、0．1557和0．0558；自然群体内每个座位上的多态信息含量(PIC)为0．59—0．84、个体识别率(DP)为0．54—0．86、非父排除率(PPE)为0．41—0．72，其累积个体识别率和非父排除率均达到0．9999，表明所选座位属中高识别力的遗传标记，可以将它们应用于今后牙鲆雌核发育群体的遗传变异分析以及进一步的遗传育种的研究中。     

最小弧菌热不稳定型溶血素基因克隆与序列分析

根据已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素（heat-labile hemolysin）基因核苷酸序列，设计和合成一对特异性引物，以最小弧菌96-6-3的基因组DNA为模板，PCR扩增得到热不稳定型溶血素基因片段，克隆到质粒载体pMD-18T中进行测序和分析．其结果表明扩增的热不稳定型溶血素基因片段与已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素的同源性高达98％，扩增片段编码由446个氨基酸组成的多肽，推测分子量为50200．软件分析表明编码的氨基酸有较高的抗原性，可作为基因工程疫苗的候选基因片段．     

龙须菜微卫星DNA的初步研究

为从龙须菜中分离含微卫星DNA的片段采用了2种方法,总共筛选了1 100个克隆。其中应用地高辛标记探针,通过菌落原位杂交方法,筛选得到13个克隆,测序结果显示仅有1个克隆含有微卫星DNA;PCR方法筛选出28个克隆,测序显示有23个克隆含有微卫星DNA。在总共测序的24个克隆中共有77个微卫星序列,每个克隆中含有的微卫星DNA在1～7个不等。核心序列重复次数在10次(含10次)以上的微卫星有38个,重复次数在10～38不等,重复次数在7～9次之间的微卫星有39个。在获得的微卫星序列中GA重复占97%,CA重复仅占3%。完全型微卫星55个,占71.4%;不完全型微卫星21个,占27.3%;复合型微卫星1个,仅占1.3%。龙须菜微卫星DNA的含量较低。     

利用rDNA和ITS序列对1株裸甲藻的初步鉴定

测定了 1株分离自青岛胶州湾海水样品、从形态上初步确定为裸甲藻属 (Gymnodiniumsp,编号为 GYN- 1 5)的核糖体基因 (r DNA)和转录单元内间隔区 (Internal Transcribed Spacer,ITS)序列 ,并利用该序列对该藻进行了初步鉴定。测定的序列长 2 658bp,涵盖了小亚基 (smallsubunit,SSU) r DNA基因 3'端 1 747bp,ITS1 - 5.8S r DNA- ITS2全长和大亚基 (large subunit,LSU) r DNA基因 5'端 337bp。同源性分析该序列发现 GYN- 1 5与共生甲藻属 (Symbiodinium)中的 2个种 (Symbiodinium californium和 Gymnodinium varians)的对应序列具有很高的相似性 ;3株藻的各段 r DNA和 ITS序列的相似性均为 99%以上 ;以 SSU r DNA序列中的 3个可变区 (V1 V2 V3)和邻接法构建的系统树表明 ,GYN- 1 5与 S.californium和 G.varians构成 1个独立的新的子类群 ,该子类群属于共生甲藻属 ,而与各种裸甲藻的亲缘关系较远。根据这些结果可将GYN- 1 5初步鉴定为属于共生甲藻属。鉴于 GYN- 1 5和其它 2个种所构成的分支明显与 5个已知的子类群 (A,B,C,D,E)不同 ,因此将该分支命名为子类群 F。     

日本血吸虫毛蚴对不同密度和距离湖北钉螺易感性的初步实验观察

为探讨日本血吸虫（Schistosoma japonicum）毛蚴对不同密度、不同距离湖北钉螺（Oncomelania hupensis）易感性,在现场环境下,采用20000条新鲜孵化出的日本血吸虫毛蚴分别感染1、2、3、5m处的湖北钉螺,每处钉螺分为5、10、50、100只／袋4个密度组,感染4h后带回实验室饲养,8...     

中国栅藻属三新种

对1950，1953，1955，1957和1990年在湖北省武昌县、黄陵县、江陵县、武汉市和江苏省无锡市采集的藻类标本进行分类。鉴定表明，它们是栅藻属的3个新种：纤维藻形栅藻，球刺栅藻和湖生栅藻。模式标本保存于中国科学院水生生物研究所藻类标本室（IHBA）。     

扬子地块东南古生代上升流沉积相及其与烃源岩的关系

长江中下游苏、皖、赣、鄂一带属古生代扬子地块被动大陆边缘的东南缘,通过该区64条古生界剖面的实测、分析和对比,得出该区古生界寒武、奥陶、志留、石炭和二叠系等地层中的黑色碳质页岩、硅质页岩、硅质条带和结核以及磷矿层和磷结核等沉积是古特提斯海中上升流作用形成的。上升流水体中富营养盐和SiO2,在古生代低纬度的扬子地块东南缘生物大量繁殖,引发缺氧事件,形成上述硅质和磷质沉积以及有机质丰富的烃源岩、石煤和磷矿层等,由于上升流水体富营养盐和SiO2,生物化石属种丰富,个体大,多营底栖或固着浅海底生活,硅质生物放射虫等丰富。区内烃源岩有机质与上升流的强度呈正相关关系,可见它们之间存在着成因联系。上古生界油气发现于苏北及南黄海,因而,这一区域是与上升流沉积有关的、最有利的油气勘探目标区。     

基于图像识别的5个不同产地克氏原螯虾(Procambarus clarkii)形态差异分析

为了解江苏、江西、湖北、上海、河南5个地区克氏原螯虾（Procambarus clarkii）的形态差异和获取快速、有效的形态鉴别方法，本研究采用传统形态测量法和地标点法来分析各产地形态差异。结果显示：（1）克氏原螯虾雌雄群体相对扭曲主成分分析，前三个主成分累计贡献率分别为79.96%、67.21%，传统形态测量法前三个主成分累计贡献率分别为76.77%、82.70%，两种方法均表明其形态差异主要体现在头胸甲及腹部部位；（2）聚类分析将克氏原螯虾5群体聚为两支，上海、河南、江西、湖北群体聚为一支，江苏群体单独聚为一支。（3）地标点法雌雄群体综合判别准确率分别为100%、94%，传统形态测量法综合判别准确率均为56%。以上研究结果表明不同产地间克氏原螯虾具有一定的形态差异，且地标点法区分不同产地克氏原螯虾群体差异性效果显著，这将有利于克氏原螯虾生产和选育过程中群体的鉴别及外形特征的快速获取。     

波纹唇鱼mtDNA D-loop 序列变异分析

为研究波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)线粒体D-loop 序列遗传多样性, 作者采用聚合酶链式反应和克隆技术对海波纹唇鱼群体(n=25)的mtDNA D-loop 序列进行克隆和测序, 获得长度大约为1 400 bp的产物。用ClustalX 软件进行排序比较, 将结果导入MEGA5.0, 结果显示出在这25 尾个体中, 共检测出66 个变异位点, 包括0 个碱基缺失, 4 个碱基插入, 59 转换位点, 2 颠换位点及1 个转换和颠换同时存在的位点。并用MEGA5.0 软件构建该群25 尾个体的NJ 和UPGMA 系统树。由DNASP 软件计算出该波纹唇鱼群体的多态位点数(S)为62, 核苷酸多样性(P_i)为0.00606, 平均核苷酸差异数为6.907。结果表明波纹唇鱼群体的mtDNA-loop 基因个体差异程度不明显。     

江苏省长江干流沿程洪潮设计水位数值模拟研究

长江干流江苏段地处长江下游河口地区,全线位于感潮河段,沿程水位既受上游长江径流、外海潮位、台风的影响,也受到工情变化、支流入汇等影响。长江江苏段现行洪潮设计水位是按《长江流域综合利用规划简要报告》(1990年)中确定的无台风影响水位实施。近年来,由于上游水、沙、工情条件变化,开展上游大通径流、风暴潮、区间入汇等对沿程洪潮水位的影响研究十分必要。建立大通至长江口二维水沙数学模型与外海风暴潮模型,研究不同影响因素作用下长江干流江苏段沿程洪潮设计水位变化。研究成果表明:南京河段水位主要受上游径流影响;江阴以下主要受外海潮汐及风暴潮的影响;南京至江阴段则受上游径流、外海潮汐、风暴潮三者的共同作用影响。外海天文大潮、风暴潮"两碰头"和上游大径流、外海天文大潮与风暴潮"三碰头"引起的沿程增水值呈驼峰分布,最大值分别发生在江阴和天生港附近,最大增幅1.65 m。研究结果已为长江江苏段堤防防洪能力提升工程建设提供技术支撑。     

下扬子中二叠统上升流相与烃源岩的关系研究

下扬子区面积177020km^2，包括江苏、浙江、安徽、江西和上海绝大部分地区，这一区域的构造属性为被动大陆边缘，通过对该区古生界中二叠统的几十条剖面的实测、分析和对比，得出该区古生界中二叠统地层中的黑色碳质页岩、硅质页岩、硅质岩、硅质条带和结核以及磷矿层和磷结核等沉积是古特提斯海中上升流作用形成的。上升流水体中富营养盐和SiO2在古生代低纬度的下扬子地块生物大量繁殖，引发缺氧事件，形成上述硅质和磷质沉积以及有机质丰富的烃源岩、石煤和磷矿层等，由于上升流水体富营养盐和SiO2，生物化石属种丰富，个体大，多营底栖或固着浅海底生活，硅质生物放射虫等丰富。区内烃源岩有机质与上升流的强度呈正相关关系，可见它们之间存在着成因联系。     

矛尾复虾虎鱼溃疡病病原创伤弧菌的鉴定

2009年8月江苏连云港赣榆县多家虾蟹养殖塘混养的矛尾复虾虎鱼（砂nechogobius hasta）大量死亡．从病鱼深层溃烂组织及肝脏中分离出大量优势生长的细菌,人工感染试验证明分离菌对虾虎鱼的半数致死量（LD,0）为1．63×10^6cfu／g。对分离菌进行了形态特征、理化特性和分子生物学等方面的分析。一方面．分离...     

基于线粒体D-loop 基因探讨花鳗鲡的群体遗传多样性及其种群进化历史

通过测定花鳗鲡(Anguillia marmorata)海南群体(HN)和菲律宾群体(PH)共19尾个体的线粒体D-loop基因的核苷酸序列(约1017 bp),分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明:A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为39.8%、28.3%、12.4%、19.4%,A+T含量(68.1%)明显高于G+C含量(31.8%)。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度(Hd)、核苷酸多态性(Pi)、平均核苷酸差异数(k)分别为0.982、0.21577和219.655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1.000、0.26728和271.821,两个群体之间平均遗传距离(P)为0.3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D(海南群体D=1.35345,P>0.01;菲律宾群体D=0.79220,P>0.01)和Fs(海南群体Fs=3.759;菲律宾群体Fs=2.231)探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。     

长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析

我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域,经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明:(1)6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(Ho=0.702—0.744),香农信息指数(I)显示6群体的遗传多样性水平依次为:长江野生长江养殖黄河野生辽河养殖黄河养殖辽河野生。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体间的遗传分化处于较低水平(FST0.05);(3)瓶颈效应和遗传结构分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低,且6种群内个体的遗传组成混杂。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。