隐虾类与海洋无脊椎动物的共栖关系(I)

研究论述了隐虾亚科这一珊瑚礁环境中引人注目的甲壳动物类群与软体动物、海鞘动物、棘皮动物、腔肠动物和海绵动物等海洋无脊椎动物类群之间的共栖关系,并得出此亚科种类的共栖宿主以腔肠动物最多,其余以次为棘皮动物、海绵动物、双壳类软体动物和海鞘类被囊动物,以及每一种隐虾多以某一目的动物为宿主,宿主跨目者很少,跨纲者更少的结论。为该亚科的分类和进化以及珊瑚礁生态学研究提供了重要基础资料。     

隐虾类与海洋无脊椎动物的共栖关系（Ⅱ）

４隐虾类与腔肠动物的共栖关系隐虾类似乎对腔肠动物特别感兴趣，与之共栖者最多，达３０属，但绝大多数是与珊瑚虫纲（Ａｎｔｈｏｚｏａ），特别是石珊瑚目（Ｓｃｌｅｒａｃｔｉｎｉａ）、柳珊瑚目（Ｇｏｒｇｏｎａｃｅａ）和海葵目（Ａｃｔｉｎｉａｒｉａ）共栖，这与珊瑚虫纲动物固着生活的习性，是珊瑚礁构造的主体，其结构，特别是群体的结构可形成大量的小空间，极适于隐虾类的生活习性大有关系以下分别简述隐虾类与腔肠动物各类群的共栖关系。４．１珊瑚虫纲４．１．１石珊瑚目隐虾类共有１８属４２种已确定与石珊瑚共栖，其中滨虾属…     

基于16s rRNA基因片段的长臂虾科系统发育初步研究

长臂虾科(Caridea:Palaemonidae)是真虾类中最大的科级单元之一,为了探索长臂虾科内部的系统演化关系,作者采用从Genbank中下载的长臂虾科两亚科(Palaemoninae,Pontoniinae)14属30种长臂虾的线粒体16s rRNA基因序列片段,以鼓虾科(Alpheidae)细足鼓虾(Alpheus gracilipes)为外群分析长臂虾亚科和隐虾亚科之间的系统发育关系。在获得的466个序列位点中,变异位点263个,简约信息位点213个。DNA序列分析显示,隐虾亚科的德曼隐虾属(Manipontonia)与长臂虾亚科的遗传距离(0.211)要小于其与所在亚科的遗传距离(0.245);此属在基于贝叶斯法(BI)和邻接法(NJ)构建的系统发育树中也与长臂虾亚科的种属聚合为一支,然后与隐虾亚科种属聚合的一支成为姊妹群。结合此属与长臂虾亚科尾瘦虾属(Urocaridella)形态相似的特征,建议对德曼隐虾属在长臂虾科中的分类地位进行重新评估。除隐虾亚科德曼隐虾属聚合到长臂虾亚科聚类簇外,两亚科所属的其他种属各自聚合为一支,在系统树中互为姊妹群,支持将长臂虾分为两亚科的分类系统。     

用16S rDNA序列初步探讨部分真虾类的系统发育关系

利用DNA序列测定技术测定了真虾下目7科8个种的线粒体16S rDNA部分序列,与从GenBank检索得到的12个相关种的16S rDNA部分序列进行同源性比对,探讨其系统发育关系及16S rDNA在真虾类系统发育研究中的应用。比对序列长353bp,其中变异位点221个、简约信息位点180个。碱基转换替代速度比颊换替代速度慢。以螯虾下目的Austropotamobius pallipes为外群构建了这20种真虾的系统发育关系分支图,结果展示：（1）长臂虾科隐虾亚科的Awhistus custos远离长臂虾亚科分支。而且它的16S rDNA序列在Genbank中,首先与六足纲（Hexapoda）的昆虫比对上。（2）长臂虾科长臂虾亚科的两个近缘属Palaemon和Palaemonetes问的4个种混合相聚,说明传统形态分类中以大颚有无触须作为这两个属的属级形态鉴定特征尚需进一步审定。（3）鼓虾总科藻虾科的Exhippolysmata ensirostris与褐虾总科褐虾科的Crangon affinis处在同一分支,而没与鼓虾科的种类形成姐妹群。研究结果表明,16S rDNA片段的序列很适合研究真虾类的属间系统发育关系,而在研究属上高级阶元或种下阶元间的系统发生关系时较不敏感,因其变异对于种级水平显得过于保守,而对于科级以上阶元又显得太快。     

海绵共栖细菌抗菌活性及其群体感应信号的研究

利用平板涂布法从南海海绵生物样品中分离海绵共栖细菌,以枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌及酿酒酵母作为实验用指示菌对海绵共栖细菌进行了抗菌活性筛选。利用气相质谱联用仪(GC-MS)建立了群体感应信号分子酰基高丝氨酸内酯类化合物(AHLs)的检测方法,分析了活性菌株粗提液中信号分子的产生及种类。同时采用16S rDNA同源性和系统发育分析对活性菌株进行种属鉴定和系统发生学研究。结果表明,在分离到的94株海绵共栖细菌中18株(占19.1%)细菌具有抗菌活性。通过GC-MS检测确定大多数活性菌株都含有AHLs,因此提出了海绵共栖细菌抗菌活性与群体感应之间可能存在必然联系的推测。通过细菌分类鉴定,结果显示具有抗菌活性的细菌大部分属于芽孢杆菌属(Bacillus)。     

海绵共栖细菌抗菌活性及其群体感应信号的研究

利用平板涂布法从南海海绵生物样品中分离海绵共栖细菌,以枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌及酿酒酵母作为实验用指示菌对海绵共栖细菌进行了抗菌活性筛选。利用气相质谱联用仪(GC-MS)建立了群体感应信号分子酰基高丝氨酸内酯类化合物(AHLs)的检测方法,分析了活性菌株粗提液中信号分子的产生及种类。同时采用16S rDNA同源性和系统发育分析对活性菌株进行种属鉴定和系统发生学研究。结果表明,在分离到的94株海绵共栖细菌中18株(占19.1%)细菌具有抗菌活性。通过GC-MS检测确定大多数活性菌株都含有AHLs,因此提出了海绵共栖细菌抗菌活性与群体感应之间可能存在必然联系的推测。通过细菌分类鉴定,结果显示具有抗菌活性的细菌大部分属于芽孢杆菌属(Bacillus)。     

1992～1993年福建南部地区虾病的调研

１９９２年７月～１９９３年１１月，福建养殖对虾发生了数起严重的流行性虾病．病发高峰期分别出现在１９９２年７月（发病对象为长毛对虾和斑节对虾）、１９９２年９月（日本对虾）、１９９３年５月（中国对虾，斑节对虾，长毛对虾和日本对虾）和１９９３年１０月（日本对虾）。本文对上述４次虾病做了调研，探讨了细菌、病毒和某些生态因子的变化与虾病的关系。ｌ材料与方法１．１细菌的检测材料取自同安西柯万亩对虾养殖地（表ｌ），采集方法按微生物调查规范［１］，３ｈ内带回实验室。检测按陈和范等［２，３］方法分离、培养、鉴定和…     

蟹鳃虱亚科(甲壳动物亚门:等足目)的分类与地理分布研究

作者对蟹鳃虱亚科(Keponinae)的研究进展进行概述,且阐述"海蛄虾转变"过程中该亚科的演化过程,从形态特征推测该亚科是相对较早演化出来的。基于蟹鳃虱亚科的形态特征,作者比较各属之间的特征差异并制作检索表,总结蟹鳃虱亚科31属98种的模式产地分布,发现物种主要集中分布在印度尼西亚等一些暖水区域,同1986年Markham推测鳃虱科的分布中心为印度-西太平洋热带,亚热带等观点一致。另外,对中国各海域内发现蟹鳃虱亚科14属的基本形态特征描述,并总结属内物种的地理分布。     

我国重要帘蛤科(Veneridae)贝类的16S rRNA序列系统学分析

本文对我国隶属于帘蛤科(Veneridae)10个亚科、17个属、20种贝类的16S rRNA基因片段进行了系统学分析, 上述动物的16S rRNA片段长度在438—648bp之间, 利用PAUP软件包在对序列比对基础上构建了邻接系统树(NJ)和最大拟然系统树(ML)。16S rRNA数据显示, 我国帘蛤科贝类由三个主要分支组成, 美女蛤亚科中的加夫蛤属(Gafrarium)可能是一个单型属, 该属与美女蛤属合并为加夫蛤属比较恰当。帘蛤亚科与雪蛤亚科应属于不连续的分类单元。另外, 青蛤亚科与仙女蛤亚科均应作为独立的亚科存在。本文的研究结论与修订后的帘蛤科形态分类观点一致。     

哈氏仿对虾人工繁殖技术研究

哈氏仿对虾 (Ｐａｒａｐｅｎａｅｏｐｓｉｓｈａｒｄｗｉｃｋｉｉ(Ｍｉｅｒｓ) )属十足目 ,对虾族 ,对虾科 ,仿对虾属 (俗称滑皮虾、呛虾 )。据《浙江动物志》(甲壳类 )记载 ,该虾为近海性 ,中型虾类 (笔者调查体长大的达１２ｃｍ) ,生长于近岸７０ｍ以内 ,可栖息于各种不同地质的海底 ,在浙江海区夏季分布广 ,多密集于３０ｍ以内的沿岸水域。分布于我国黄海南部 ,国外分布于巴基斯坦、印度、新加坡、马来西亚等国。该虾产量高、肉质佳 ,供鲜食 (呛虾味道特别鲜美 )和制成海米 ,是浙江近海的重要经济种之一。是渔民１１月至翌年３月沿海拖虾…     

Characterization of bacterial community structure in vestimentiferan tubeworm Ridgeia piscesae trophosomes

Terminal‐restriction fragment length polymorphisms (T‐RFLPs) were used to address the question whether there are multiple phylotypes of bacteria within the trophosome of the vestimentiferan tubeworm Ridgeia piscesae in addition to the known endosymbiont. Clone libraries were constructed to aid in the identification of the additional bacterial phylotypes. Individual R. piscesae specimens were collected from Juan de Fuca Ridge, Axial Caldera and Explorer Ridge, Magic Mountain. Clone library analyses revealed only one bacterial phylotype (expected R. piscesae endosymbiont) within the Explorer Ridge trophosomes. However, the Axial Caldera clone library revealed five operational taxonomic units (OTUs). Three of the resulting phylotypes detected (designated RAE) were putative thioautotrophic symbionts within the γ‐Proteobacteria which belonged to the anticipated endosymbiont group (RAE OTU 1), the Maorithyas hadalis symbiont II group (RAE OTU 3), and the Halothiobacillus group (RAE OTU 4). The remaining two phylotypes were most likely opportunistically derived. RAE OTU 5 was an α‐Proteobacterium within the Roseobacter group and RAE OTU 2 was within the Cytophaga–Flavobacterium–Bacteroidetes. T‐RFLP analyses revealed that all 15 trophosomes evaluated contained at least RAE OTUs 1 and 4. Five of the 15 trophosomes contained at least RAE OTUs 1, 3, and 4 and two of the trophosomes contained at least five RAE OTUs. Cluster analysis of the T‐RFLP data revealed three distinct clusters. The number of taxa within the trophosome may be an indication of the general health of the tubeworm. This study strongly suggests that we have discovered and identified more than one bacterial phylotype within the trophosome of vestimentiferan R. piscesae.     

不同饲养方式对乌鳢(Ophiocephalus argus)肠道微生物群落结构差异及种类多样性的影响

以乌鳢(Ophiocephalus argus)为研究对象,采用不同日粮饲喂,试验W1组饲喂冰鲜鱼,试验W2组饲喂畜禽内脏。12周后,取肠道内容物,利用16S rDNA技术研究投喂不同饲粮的乌鳢肠道生物群落结构差异和微生物多样性,分别获得W1组和W2组乌鳢肠道细菌有效序列51124和39298条。结果分析表明;W1组和W2组物种注释(operational taxonomic unit,OTU)数目分别为2631和4114条,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个属和49个属,W1组和W2组乌鳢肠道细菌种类差异很大。W1组乌鳢肠道细菌的优势类群是邻单胞菌属(Plesiomonas)、狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)、鲸蜡菌属(Cetobacterium);W2组乌鳢肠道细菌的优势类群是狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、Spartobacteria、甲基副球菌属(Methyloparacoccus)、杆菌属(Alsobacter)、Saccharibacteria、分支杆菌属(Mycobacterium)。W2组乌鳢肠道细菌香农指数高于W1组乌鳢肠道细菌,表明前者肠道细菌多样性大于后者。本实验揭示了畜禽内脏饲喂乌鳢肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度和物种总数均高于冰鲜鱼饲喂乌鳢;W1组肠道有益菌OTU丰富度大于W2组,且W2组还存在一些潜在致病菌。本研究为乌鳢的健康养殖和后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。     

脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)3 个野生群体mtDNA 16S rRNA 序列差异及长臂虾科系统进化关系

采用PCR扩增和序列测定等技术,对脊尾白虾3个野生群体共计58个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行初步研究。结果表明,在获得的长度为509bp核苷酸序列中,共检测到7个变异位点、8种单倍型,除象山湾群体外其它两个群体遗传多样性水平都较低。AMOVA分析表明,象山湾与莱州湾群体有显著的遗传差异,其余群体间的遗传差异不显著。另外,将本研究所得序列与GenBank中长臂虾科11个种的16SrRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类略有不同,并依据16SrRNA序列变异百分比推测了长臂虾科12个种的大致分化时间。     

棕点石斑鱼循环水养殖系统细菌多样性分析

为探究棕点石斑鱼(Epinephelusfuscoguttatus)在循环水养殖模式中的生长及养殖水体与石斑鱼肠道的菌群特征, 51 000尾平均体质量为(13.72±0.51) g、平均体长为(8.90±0.66) cm的棕点石斑鱼苗被随机平均分配至6个直径为8m的PE养殖水槽中,通过循环水设备进行封闭式养殖。结果显示:经过12个月的养殖,棕点石斑鱼的成活率为83.2%±7.6%,体质量为(487.32±12.68) g、体长为(31.24±1.22) cm,平均日增质量为1.30 g。采取16S rRNA高通量测序技术,定期检测养殖水体和棕点石斑鱼肠道菌群特征。结果显示:循环水养殖系统和棕点石斑鱼肠道中的菌群结构都相对稳定,没有表现出明显的季节差异;水体和棕点石斑鱼肠道的菌群具有一定的关联性,二者之间共有的OTUs(Operational Taxonomic Units)为2259个,主要为发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)等。水体和肠道样品中还含有大量的特异OTUs,其中棕点石斑鱼肠道中检测出19838个特异性OTUs,主要是慢生根瘤菌属(Brad...     

Diversity and geographical distribution of resting stages of eukaryotic algae in the surface sediments from the southern Chinese coastline based on metabarcoding partial 18S rDNA sequences

Surface sediment samples were collected from sixteen sites of the southern Chinese coastline in this study. Diversity of eukaryotic microalgae was examined using high-throughput sequencing of 18S rDNA to understand the community structure and geological distribution of microalgal resting stages. A total of 218 operational taxonomic units (OTUs) were detected for eukaryotic algae, and only 75 OTUs (34.40%) were detected into species level. The algal communities were composed of sixty-four genera belonged to twelve classes of four phyla. Dinoflagellates were the most abundant and diversified group, which accounted for the average of 56.26% and 53.70% DNA reads and OTUs, respectively. Dinoflagellates were dominated by Protoperidinium, Euduboscquella, Amylax, and Paragymnodinium. Chaetoceros, Thalassiosira, and Skeletonema were abundant in diatoms, while Pedospumella and Paraphysomonas in Chrysophyceae were the most abundant genera due to their massive occurrence in some particular sites. The high abundance of Protoperidinium sequences suggested the high nutrient levels in the southern Chinese coastline. Nineteen of the detected OTUs were assigned to harmful and/or bloom-forming microalgae. The wide occurrence of the toxic dinoflagellate Azadinium poporum and high abundance of Alexandrium pacificum in some particular sites suggested the potential risk of human poisoning.     

对虾鳃虱亚科(甲壳动物亚门:等足目)的分类学与动物地理学研究进展

基于对虾鳃虱亚科(Orbioninae)的形态学特征,作者比较了属间存在的差异,对该亚科的分类学研究进展进行了归纳。总结世界范围内对虾鳃虱亚科的地理分布特征,解析该亚科动物地理区系特征。迄今,对虾鳃虱亚科包括8属39种,分别为:异对虾鳃虱属(Anisorbione Bourdon,1981,1种);偏对虾鳃虱属(Asymmetrorbione Boyko,2003,2种);表对虾鳃虱属(Epipenaeon Nobili,1906,8种);小对虾鳃虱属(Minicopenaeon Bourdon,1981,4种);圆对虾鳃虱属(Orbione Bonnier,1900,8种);仿偏对虾鳃虱属(Parasymmetrorbione An,BoykoLi,2013,1种);拟对虾鳃虱属(Parapenaeon Richardson,1904,13种);仿拟对虾鳃虱属(Parapenaeonella Shiino,1949,2种)。在中国各大海域共发现对虾鳃虱亚科物种6属18种。对虾鳃虱亚科形态特征:头前板和底节板发达,体形较大。从形态特征推测的系统发育关系,作者认为对虾鳃虱亚科是寄生亚目寄生于鳃部中比较进化的类群、其地理分布范围受寄主对虾总科分布的限制、物种分布相对集中、主要分布范围于印度-西太平洋海域。根据该亚科主要属种的地理分布信息,作者推测该类群的演化是从环热带古地中海闭合开始,直到始新世。     

Geographical ecology of the symbiotic crabs Libinia ferreirae and Libinia spinosa: Distributional patterns in south and south-eastern coast of Brazil

The Brazilian coast is home to two species of Majoid crabs: Libinia ferreirae and Libinia spinosa, with similar habits, as they live in symbiosis with the jellyfish Lychnorhiza lucerna during their juvenile stage and dwell on the bottom of the ocean near the coast when adults. This study investigated the spatial and temporal distribution of L. ferreirae and L. spinosa during different ontogenic phases on the south and south-eastern coast of Brazil, between latitudes 22º and 27ºS. Our results showed that both species have different distributions during their development in the three studied regions. Libinia ferreirae were more abundant associated with jellyfish, and L. spinosa were more abundant in the free-living phase. Environmental factors, especially temperature and salinity, for associated and free-living crabs, respectively, are the main factors that need to be supported for the establishment of these specimens. We were able to identify that the presence or absence of hosts (given the ecological interactions between the species) is determinant in finding the associated crabs. Geographical variations (morphology of the regions, marine currents and the strength of the tide) are linked directly to the movement of the jellyfish hosts to the coast, influencing the abundance of L. fereirae and L. spinosa populations and affecting their distribution patterns. We can infer that both species are connected with other populations because of the association with the jellyfish, crabs could be passively transported along the south and south-eastern coast of Brazil, maintaining the connection between metapopulations.     

南海北部自由生活海洋线虫的群落结构和生物多样性

A quantitative study on the community structure and biodiversity of free-living marine nematodes and their relationship with environmental factors in the northern South China Sea were carried out based...     

广西北海金海湾红树林湿地海洋线虫群落研究初探

2019年夏季在广西北海市金海湾红树林湿地,设置7个断面,分别采集红树林和光滩小型底栖动物沉积物样品,进行海洋线虫群落结构的研究。分析结果共鉴定出7个小型底栖动物类群,分别为自由生活海洋线虫、桡足类、多毛类、寡毛类、双壳类、有孔虫以及少许未鉴定类群,其中海洋线虫是优势类群,占总丰度的91.79%。小型底栖动物的丰度介于(6.07±1.23)—(200.25±31.75)ind./10cm2之间,海洋线虫的丰度介于(4.16±1.7)—(195.23±30.80)ind./10cm2之间。各个断面,红树林区小型底栖动物的数量都大于相同断面光滩上的。共鉴定出6个海洋线虫优势属,分别为Terschellingia、 Promonhystera、 Paralongicyatholaimus、 Dorylaimopsis、 Halichoanolaimus和Metachromadora,其中Terschellingia为最优势属,优势度为19.35%,在各个断面广泛分布。文中比较分析了该属出现的3个相近种的尾长、化感器直径和化感器距体前端的距离等形态学特征。