胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究

采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。     

胶州湾浮游植物遗传多样性及其季节变化研究

分别于春、夏、秋三季提取了胶州湾浮游生物总DNA,用PCR方法扩增了浮游植物核酮糖1,5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基(rbcL)基因片段,构建了三季节rbcL基因片段质粒文库.随机从各文库中选择约50个克隆,测定了这些克隆的序列.以氨基酸序列相同为标准,共获得59个分类操作单元(OTUs),其中春季特有的21个,夏季特有的13个,秋季特有的23个.有两个OTUs为春、夏季表层海水共有.基于OTU丰度计算的香农氏指数能反映遗传多样性水平.胶州湾春、夏、秋三季的香农氏指数分别为2.69,2.44和2.76,表明秋季胶州湾浮游植物遗传多样性最丰富.春、夏、秋三季浮游植物群落组成差异显著.除夏秋季有两个OTUs相同外,其他OTUs在季节间完全不同.表层海水浮游植物群落结构是动态的,随时间、空间的不同而变化.     

胶州湾桡足类的生物学研究 Ⅰ.小拟哲水蚤桡足幼体的变态

小拟哲水蚤Paracalanus parvus(Claus)是胶州湾浮游桡足类中的优势种之一,也是我国沿岸海域桡足类中的优势种。它广泛分布于世界暖温带海区的近岸与河口。 这种桡足类虽然个体较小,但数量大,对于以浮游生物为饵料的鱼类来说,有着不可低估的重要性。     

胶州湾浮游植物分子遗传多样性初步研究

用聚合酶链式反应扩增海洋浮游植物总体的核酮糖 1 ,5 -二磷酸羧化 /氧化酶大亚基基因(rbc L)片段 ,建立该基因变异类型文库 ,并随机测定了 38个 rbc L大亚基基因片段序列 ,初步分析了海洋浮游植物分子遗传多样性。将≥ 97%的氨基酸序列相似性定义为种内变异 ,38个片段分别代表1 3个不同的物种 ,或称为不同的操作分类单元。与数据库序列比较发现 ,PPJZ0 1 ,PPJZ1 1和 PPJZ2 0可能是已报道的 rbc L基因序列代表的物种 ,其它克隆在数据库中没有对应的近缘物种序列存在。系统学分析表明分离的克隆分别属于隐藻门、硅藻门、绿藻门和 streptophyta等的浮游植物 ,极少数克隆来源于异鞭毛藻类、定鞭藻纲和原细菌。根据各操作分类单元克隆数计算得胶州湾浮游植物分子遗传多样性指数为 1 .97。研究结果为利用分子生物学方法剖分海洋浮游植物群落结构、研究海洋浮游植物动力学积累了基础数据     

长江口及邻近海域浮游桡足类分类多样性研究

利用2003年6月和2006年6月在长江口及邻近海域进行的2次大面调查所采集的浮游桡足类网采样品,并结合前人的研究,综合整理了长江口及邻近海域的浮游桡足类种名录,分析了桡足类的种类组成,并采用分类多样性指数(Δ)、分类差异指数(Δ*)、平均分类差异指数(Δ+)和分类差异变异指数(Λ+)对长江口及邻近海域浮游桡足类的分类多样性进行了研究。结果表明:长江口及其邻近海域浮游桡足类有222种,隶属于4目,33科,70属;其中2003年夏季共记录到浮游桡足类72种,2006年夏季102种。根据长江口及邻近海域浮游桡足类总名录,计算了其平均分类差异指数(Δ+)和分类差异变异指数(Λ+)的理论平均值及95%置信漏斗曲线。其平均分类差异指数的理论平均值为84.9,高于2003年6月和2006年6月研究水域的平均分类差异指数的平均值。该研究可为长江口及其邻近海域浮游桡足类多样性动态研究提供基础资料,并为同类型水域的相关研究提供借鉴。     

北黄海浮游桡足类分类学多样性研究

根据2006-2007年在北黄海海域进行的4个航次浮游动物生态调查,结合1959年至今该海域的主要历史资料,建立了较全面的北黄海浮游桡足类主名录,计算了该海域浮游桡足类的分类学多样性指数,研究了分类学多样性的季节变化及平面分布,并根据平均分类差异指数(△+)对北黄海浮游桡足类群落稳定性进行了判断.结果显示,北黄海浮游桡足类共记录44种,隶属于4目、14科、21属;平均分类差异指数和分类差异变异指数(∧+)的理论平均值分别为82.2和334.4;调查期间4个航次浮游桡足类平均分类差异指数均高于北黄海总体桡足类的平均分类差异指数;分类多样性指数(△)冬季最高,秋季略高于春季,夏季最低;分类差异指数(△*)秋季最高,冬季次之,春季最低;平均分类差异指数夏、春季高于秋、冬季;各调查站位分类学多样性指数分布不均匀,这与黄海暖流以及黄海冷水团的存在有关;调查海区4个航次平均分类差异指数值均落在北黄海总体桡足类的95%置信漏斗曲线内,北黄海浮游桡足类群落稳定性较好.     

黄河口邻近水域中华哲水蚤现场食物组成的分子生物学检测

浮游桡足类是海洋初级生产力和高级营养级之间能量传递的重要中介,对自然海区桡足类食物组成的研究是深入了解其在海洋食物网所处生态地位的关键。然而,由于研究方法的局限,目前很难获取桡足类准确的现场摄食信息。本文用分子生物学方法研究了黄河口邻近水域中华哲水蚤的现场食物组成,对现场采集固定的中华哲水蚤样品进行清洗、去除附肢、镜检等处理,研磨匀浆后提取总基因组DNA。基于对以此DNA为模板扩增出的非桡足类核糖体小亚基基因(non-copepod 18SrDNA)序列的分析,本文共检测出属于8个门的中华哲水蚤的潜在食物种类。研究结果表明,PCR的分子生物学技术在桡足类摄食研究中具有强大的效用,同时,诸多潜在食物类群的发现也意味着利用分子生物学方法对桡足类及其它海洋生物现场食物组成进行深入系统研究,将有利于揭示海洋生态系统结构与功能的真实状态,促进海洋生态系统物质循环和能量流动的研究。     

2013年夏季千里岩岛水产种质资源保护区浮游生物的生态特征

分析了2013年7月千里岩岛水产种质资源保护区海域浮游生物的种类组成、数量分布、优势种类、生态类型与物种多样性等生态特征参数。共发现浮游植物21种,由硅藻和甲藻组成,平均丰度为2.29×104个/m3,角毛藻为主要优势种类,生态类型以温带近岸性和广温、广布性沿岸种为主。浮游动物19种,包括桡足类、枝角类、端足类、樱虾类、毛颚类和各种浮游幼虫。丰度均值为146.90个/m3,平均生物量为6.44 mg/m3,桡足类和毛颚类为优势类群,生态类型以温带近岸种为主。与2012年同期调查数据相比,浮游生物的种类数量与丰度均有增大,群落结构趋于稳定。     

东海北部黑潮区的浮游桡足类

根据１９８７年夏季、冬季和１９８９年春季、秋季采自东海北部黑潮区的浮游生物样品,鉴定出浮游桡足类２２７种,其中１种为我国海区新记录,２１种为东海区新记录。文中还描述了浮游桡足类的总个体密度和主要优势种的分布,并对其与海洋环境的关系进行了讨论。     

东海北部黑潮区的浮游桡足类

根据1987年夏季、冬季和1989年春季、秋季采自东海北部黑潮区的浮游生物样品,鉴定出浮游桡足类227种,其中1种为我国海区新记录,21种为东海区新记录.文中还描述了浮游桡足类的总个体密度和主要优势种的分布,并对其与海洋环境的关系进行了讨论.     

鱼类环境DNA metabarcoding片段的近缘物种识别差异

已知的鱼类环境DNA（eDNA）metabarcoding片段均未被针对性考察其对近缘物种的适用性,实际使用过程中存在“物种丢失”风险。为筛选出物种识别率最高的片段,本研究比较了15个主流片段对106属（共935种）鱼类的识别差异。研究结果如下:（1）蛋白质编码基因（COI,片段15）的物种识别率最高,但其引物通用性最差;片段09、片段11、片段07、片段03、片段12的引物序列总平均遗传距离也较大,均存在eDNA低效扩增的风险;（2）片段长度影响物种识别率,核糖体基因中片段05、片段06、片段01、片段02及片段13的物种识别率较高;（3）非度量多维尺度分析（NMDS）显示,不同基因、同一基因不同片段的识别结果存在较大差异,应考虑多片段、多基因组合应用;片段01与片段02、片段05与片段06等在NMDS图上距离较近,存在相互替代性;（4）物种类群影响识别结果,eDNA研究仍需要进一步开发高识别率片段。综合物种识别率、引物通用性、NMDS分析等多方面因素,本研究推荐2×150 bp测序平台使用片段01（MiFish-U）、2×250 bp测序平台使用片段05（Ac12S）,辅以片段13（Vert-16S-eDNA）等进行近缘鱼类多样性调查。本研究旨在为提高鱼类eDNA调查结果准确性提供一定技术支撑。     

基于16S rRNA 部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系

通过PCR扩增获得了3科5属6种中国黄渤海海域的鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体16S rRNA基因序列片段约669bp碱基,结合来自 GenBank的5种鳚亚目其他科鱼类的相应基因片段,并以眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树.结果显示:在鳚亚目鱼类的16S rRNA 片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有207 bp变异位点,转换/颠换值为0.8,碱基平均差异为3.36;支持绵鳚(Enchelyopus elongates)归于鳚亚目绵鳚科(Zoarcidae),鳚(Azuma emmnion)归于鳚亚目线鳚科(Stichaeidae);方氏云鳚(Enedrias fangi)和云鳚(Enedrias nebulosus)种间遗传距离只有0.01,亲缘关系最近.     

Dietary separation between co-occurring copepods in a food-limited tropical coral reef of the Sanya Bay

Food differentiation among coexistent species in the field is important strategy for copepods to acquire materials and maintain population stabilization.In situ diet analysis of co-occurring six copepod species in coral waters of the Sanya Bay was conducted using a PCR protocol based on 18 S ribosomal gene.Various prey organisms were uncovered,including dinoflagellate,diatom,green algae and plant,protozoa and metazoan.All these spatially coexisting six species showed different dietary diversity,with the food niche breadth(B)ranging from 1.00(Temora turbinate in morning)to 10.68(Calanopia elliptica in night).While food overlap between all these copepods were low,with the average value of the diet niche overlap index being approximately 0.09.Even temporally co-existing species sampled from the same time point fed on different groups of prey items with the food overlap index of 0.04 to 0.07 in midday and night but 0 in morning.As the most important dominant copepod in the Sanya Bay,Subeucalanus subcrassus seems to be capable to regulate its feeding,by exhibiting a rhythm of herbivorous feeding in midday and carnivorous feeding in morning and night,to better coordinate with other competitors for utilization of food resources.For most copepods,none of the prey items belonged to the dominant phytoplankton in the ambient water,indicating that copepod can better their survival by widening the choice of potential food resources in food limited environment.The dietary separation observed here might be important strategy for copepod to maintain population stabilization and thriving in the Sanya coastal waters.     

Chromosomal localization of the major ribosomal RNA genes in scallop Chlamys farreri

1IntroductionThe class bivalvia includes many well-knownmarine invertebrate species because they play impor-tant roles in aquaculture.Most cytogenetic studies ofbivalvia have focused primarily on chromosome num-ber and gross morphology(Insua et al.,1998).…     

Profiling Planctomycetales diversity with reference to anammox‐related bacteria in a South China Sea,deep‐sea sediment

A systematic assessment of Planctomycetales diversity in a South China Sea, deep‐sea sediment (1657 m) was conducted using the 16S rRNA gene analysis approach. PCR amplification of the samples from seven sediment layers (0.1, 1, 3, 5, 7, 9 and 11 m below the surface sediment) using the primer set Pla‐46‐F/1392‐R showed that the Planctomycetales existed within a limited range of sediment depths (≤ 5 m), and had a decreasing trend in diversity with increasing depth. The majority of the retrieved Pla‐46‐F/1392‐R sequences belonged to Pirellula‐related Planctomycetales, and two sequences retrieved from the 0.1‐m layer (GenBank accession numbers: DQ996944 and DQ996945 ) shared the same anammox‐related signature oligonucleotides and were closely related to commonly recognized anammox organisms. To identify new anammox‐related biomarkers, three primer sets were designed for amplifying the fragments of hydroxylamine oxidoreductase and S‐adenosylmethionine radical enzyme genes, but no related sequences were found. Our multiple 16S rRNA gene primer sets (Journal of Rapid Methods and Automation in Microbiology, 2008, in press) revealed even an higher diversity of Planctomycetales in the 0.1‐m layer of the sediment, especially at genus level. Our data profiled the distribution pattern of Planctomycetales diversity along sediment depths, and provided molecular evidence for the existence of anammox‐related bacteria in a new location, which broadens our understanding of Planctomycetales diversity in deep sea sediments.     

长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析

为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis (Jordan & Starks, 1906) 核糖体RNA基因的序列多态性特征, 本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测, 结果显示5.8S (158bp) 无长度变异, 而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性, 并可分为不同序列类型: 18S (1856~1893 bp) 有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967~974bp) 和ITS1 (407~ 505bp) 均有3种类型A、B和R; ITS2 (423~447 bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚, 并且ITS2 (71.14%)>ITS1 (65.37%)>28S (62.22%)>5.8S (57.67%)>18S (54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时, 通常的判别特征不足以提供有力依据, 因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示: 18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致, 而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失, 因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因, 而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性, 没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式, 而其他4个基因片段为非协同进化的方式。     

海链藻目核糖体RNA基因片段的扩增及多样性分析

海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目18S核糖体RNA基因片断。随机测定10个序列,其中4个与海链藻属的Thalassiosi-ra concaviuscula的完全相同,其余的可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻目18S核糖体RNA基因片断。     

长菱形藻(Nitzschia longissima)和新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)分子分类研究

本研究自胶州湾分离了两种底栖硅藻,形态学初步鉴定为长菱形藻和新月细柱藻。对其18S rDNA和rbcL基因进行了测序并用邻接法构建了系统树。结果表明,两藻在18S rD-NA和rbcL基因序列上均存在较大的差异,基于DNA序列的分类结果与形态学分类结果一致。在依据形态指标难以确定藻类分类地位的情况下,18S rDNA和rbcL基因序列是有用的鉴定工具。     

斜带髭鲷野生与养殖群体遗传结构的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对斜带髭鲷3个群体(柘林湾人工繁育群体、厦门湾人工繁育群体和厦门近海捕捞野生群体)的遗传多样性水平和群体遗传结构进行了研究.筛选出17个ISSR引物对3个群体共54个样品进行扩增,共得到145个清晰的扩增位点,其中多态性位点80个,多态位点百分率为55.17%.Popgene分析结果表明:厦门野生群体的遗传多样性水平最高(PPB=51.72%,h=0.182 6,I=0.271 9),略高于其他2个人工繁育群体的遗传多样性水平.群体间的Nei's遗传分化系数和基因流分别为:0.087 6和5.209 8.表明斜带髭鲷3个群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平.本文通过对斜带髭鲷野生群体及人工繁育群体遗传结构和遗传多样性水平的研究,为其种质资源的科学管理提供理论依据.