中华鳖(Plodiscus sinensis)不同种群酪氨酸酶(TYR)基因的克隆及其多态性分析

以中华鳖4个种群80个个体(太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和"清溪乌鳖"种群)肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列.扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点.中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异.以此设计酶切位点,选用SmaI内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性.AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群(60%)＞台湾引进种群(30%)＞太湖种群(20%),以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为"清溪乌鳖"种群(70%)＞台湾引进种群(50%)＞太湖种群(40%)＞日本品系种群(30%).     

中华鳖（Pelodiscus sinensis）不同种群酪氨酸酶（TYR）基因的克隆及其多态性分析

以中华鳖4个种群80个个体（太湖种群、日本品系种群、台湾引进种群和“清溪乌鳖”种群）肌肉基因组DNA为模板,利用已知酪氨酸酶（Tyrosinase,TYR）基因部分序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了TYR基因的核苷酸序列。扩增所得的696bp序列中共有13个多态性核苷酸位点。中华鳖体色变异种群的3个个体均在第186核苷酸位点出现相同的变异。以此设计酶切位点,选用SmaⅠ内切酶进行RFLP,结果显示80个中华鳖个体的TYR基因存在多态性。AA型基因除在中华鳖体色变异种群内未发现外,其余三个种群内的频率大小顺序为日本品系种群（60％）〉台湾引进种群（30％）〉太湖种群（20％）,以省外品种为丰富;AB基因型频率大小顺序为“清溪乌鳖”种群（70％）〉台湾引进种群（50％）〉太湖种群（40％）〉日本品系种群（30％）。     

中华鳖(Pelodiscus sinensis)5个不同地理种群细胞色素b基因序列变异及种群遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析.以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列.序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型.日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远.除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型.MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局.     

长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发

利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。     

应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究

利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。     

头孢拉定、诺氟沙星及罗红霉素在中华鳖(Pelodiscus sinensis)日本品系体内残留代谢的比较研究

应用液相色谱-串联质谱技术比较研究了头孢拉定、诺氟沙星及罗红霉素3种渔药在中华鳖(Pelodiscus sinensis)日本品系体内的残留代谢规律。在(25.0±2)°C饲养条件下,通过连续7d对健康中华鳖日本品系投喂分别含有30mg/kg头孢拉定,300mg/kg诺氟沙星或30mg/kg罗红霉素的药饵后,比较分析了3种渔药在中华鳖日本品系体内各组织中的浓度变化。结果表明:头孢拉定和诺氟沙星的代谢符合一室消除模型,罗红霉素的代谢符合二室消除模型。头孢拉定在中华鳖日本品系血液、肌肉和肝脏中消除半衰期T1/2(Ke)分别为6.132h、9.002h和10.132h。诺氟沙星在中华鳖日本品系血液、肌肉和肝脏中消除半衰期T1/2(Ke)分别为22.526h、39.715h和41.585h。罗红霉素在中华鳖日本品系血液、肌肉和肝脏中消除半衰期T1/2(β)分别为38.54h、15.65h和100.5h。建议选用肝脏作为今后中华鳖质量安全残留监控靶组织。     

岱衢族大黄鱼(Pseudosciaena crocea) 线粒体基因组全序列的扩增及其特异鉴别引物的开发

采用PCR扩增、克隆获得了岱衢族和闽-粤东族大黄鱼(Pseudosciaena crocea)线粒体基因全长序列,并扩增了各25条样本的高变区域,测序结果可分成3个操作分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTU);闽-粤东族含3个类型:D1-N1、D1-N2和D2型;而岱衢族样品均为D1-N1型;设计出能区分不同分型的鉴别引物J1和J2,且优化了鉴别条件。结果表明:根据凝胶电泳的图片,如果样品分型为D1-N2和D2型,则100%为闽-粤东族;如果样品分型为D1-N1型,则该样品为岱衢族的概率为86.2%,为闽-粤东族的概率为13.8%。研究结果为岱衢族大黄鱼的种质资源保护、良种选育和市场销售等方面提供技术支持。     

龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)选育品系及其野生型的ISSR指纹分析

采用ISSR标记对龙须菜一个野生型群体和选育品系两个不同年代的栽培群体，进行了亲缘关系分析，构建了龙须菜选育品系的指纹图谱。通过实验从22个ISSR引物中筛选出16条引物，可以产生清晰稳定及可重复的带，共扩增出118个位点；野生型和选育品系两个群体的遗传相似率分别为0．7301、0．7189，选育品系的两养殖种群间的遗传相似率为0．9375；遗传距离聚类分析证明，龙须菜选育品系与其青岛野生型亲缘关系很近。7条引物产生的12条特异片段可用于龙须菜选育品系的种质鉴定，每条引物都能将龙须菜选育品系和其野生型分开；根据引物S848扩增的位点构建了指纹图谱，可用于区分龙须菜选育种群及野生种群。     

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增

采用电子查询的方法，借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点，共发现非冗余微卫星位点211个，占整个条斑紫菜EST数据库的1．01％。其中双碱基重复微卫星位点共有35个，占查找微卫星序列总数的16．6％；三碱基微卫星有176个，占83．4％。双碱基重复微卫星中AG／CT形式最多，而三碱基中GGC／GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物，用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明，微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验，为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。     

南海常见硬骨鱼类COⅠ条码序列

运用一对特异性引物扩增并测定了南海硬骨鱼类40个物种89个样本的线粒体DNA的细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)约660bp的部分序列,即COⅠ条码序列。综合比较了《中国鱼类系统检索》、《海洋鱼类志》、FishBase鱼类形态学分类库、ITIS综合分类学信息系统和生物条码系统(The Barcode of Life Data System,BOLD)的相应形态学与DNA序列资料,在揭示完善我国鱼类检索系统必要性基础上,探讨了COⅠ条码序列在硬骨鱼类辅助物种鉴别和适用性,并对运用该条码序列库完善我国鱼类检索系统的可能途径进行了初步摸索。结果表明,COⅠ条码序列获取便捷,广泛适用硬骨鱼类物种鉴别,并可用于低级分类阶元的系统进化分析。本研究结果可为分子生物学辅助分类、市场监督、资源有序利用和保护提供参考。     

太湖主要入出湖河道非挥发性有机提取物致突变性分析

１９９４年１０月,应用国产大网膜４０２无极性树脂作吸附剂,提取环太湖５个主要入出湖河道中非挥发性有机物进行Ａｍｅｓ试验和人体外周血淋巴细胞微核试验,以分析期致突变性。结果表明,４个入湖河道水中有机以物均显示程度不同的致突变性,而出湖水未显示致突变性,４个样点的有机致突变物组成差异较大,梅梁湖承纳梁溪河和直湖港污水,作为玉要饮用水源地,加强其治理刻不容缓。     

中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究

以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列和日本绒螯蟹 COI序列的差异 ,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列完全相同 ,而与日本绒螯蟹差异非常明显 ,70 9或 6 5 8(不计引物 )位点中核苷酸差异数为 32 ,核苷酸差异率为 4 .5 1%或 4 .86 % (不计引物 ) ,其中 2 5个位点为转换 ,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹 ,或它们为同一种的两个地理亚种的观点     

太湖的形成和演变过程

本文从沉积学、地层学、地貌学、考古学和历史地理学角度,综合分析了太湖的成因和演变。认为地壳沉降与海面上升是构成江南碟形洼地的内外动力,为太湖的形成奠定了基础。全新世海侵最盛时,太湖海湾水深潮急、泻湖、滨海沼泽围绕海湾分布。随南部湾口沙嘴封堵,海湾趋于消失,陆地扩大,遗址增多。3700a来,海面回升,湖面逐渐扩展,形成现代太湖。     

日本绒螯蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状汊序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体ＤＮＡ１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到４５７ｂｐ的碱基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５８ｂｐ（３４．５７％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（１５．３２％）,与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似。     

日本绒螫蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状溞序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体DNA 12S rRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定,得到457bp的碱基序列,其A、T、G、C含量分别为158bp(34.57%)、178bp(38.95%)、51bp(11.16%),70bp(15.32%),与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似.     

太湖大气氮、磷营养元素干湿沉降率研究

分析了2002年7月—2003年6月太湖周边地区太湖站、拖山岛、东山站、无锡、苏州、湖州、常州、金坛等8个站、点大气TN、TP沉降通量和降水化学组成观测资料,测定和计算了水气界面TN、TP的表观总沉降率(RT)、湿沉降率(RW)和干沉降率(RD)。太湖大气TN的年平均RT为4226kg/(km2.a),TP的年平均RT为306kg/(km2.a)。大气TN、TP的年沉降负荷分别占由环湖河道等点污染源输入的N、P总负荷的48.8%和46.2%。指出形成太湖大气TN污染的主要途径是湿沉降,而大气TP污染则主要来自气溶胶等固体物质的干沉降;小雨携带入湖的大气TN、TP污染物通量高于中雨和大雨。TN总沉降率曲线在春季3—5月出现高峰值的现象对太湖水体的富营养化具有潜在的促进影响。     

太湖围湖利用与网围养殖的遥感调查与研究

太湖的生态环境一直倍受关注。本文采用遥感方法,结合实地考察和文献资料,利用GIS技术,对太湖1988~2003年期间的围湖利用面积和东太湖1990~2003年期间网围养殖面积的动态变化进行了研究。结果表明,1988~2003年期间,太湖围湖利用面积8.3258km2;1990~2003年期间,东太湖网围养殖的面积增加94.0129km2,2003年网围养殖面积达106.4702km2,已占东太湖水面面积79.3%。对大规模围湖利用和过度网围养殖引起的环境效应进行了分析,并且针对当前太湖资源开发利用存在的问题,提出了若干对策与建议。     

黄河清水沟流路稳定性分析

根据１９８９年５月和８月枯、洪水两个季节黄河拦门沙区及河口海区地质和水文调查资料，结合黄河利津水文站近几年的径流量和输沙量变化，对黄河清水沟流路稳定性及其影响因素进行综合分析研究。结果表明，近年来黄河来沙量渐少是清水沟流路稳定的重要因素之一，随着河口向南转向海动力作用较弱的莱州湾，海水沿河上溯力逐渐减弱，河流泥沙得以更顺利入海，并在口门外沉积；现流路河口海域的水动力作用虽然较弱，但涨，落潮流的分布     

蛋白核小球藻核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶小亚基部分基因序列的克隆与分析

以单细胞绿藻蛋白核小球藻(Chlorella pyrenoidosa)(藻株编号为NMBluh015-1)为实验材料,利用几种绿藻中的核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶(Rubisco)的小亚基(rbcS)的保守序列,设计简并引物,克隆到rbcS的一条cDNA(245 bp)和3条DNA序列(其编号为CP1、CP2和CP3,长度依次为1425 bp、810 bp、705 bp)。序列比较结果表明,该蛋白核小球藻rbcS cDNA核苷酸序列与普通小球藻(C.vulgaris)、杜氏藻(Dunaliella tertiolecta)(rbcS1和rbcS2)及蛋白核小球藻"太阳小球藻"株的相似性依次为93%、92%(91%)和90%,而其编码的氨基酸序列与杜氏藻相似性最高(80%);3条rbcS DNA序列与绿藻及高等植物rbcS部分序列表现了较高的同源性,其中2条DNA(CP2和CP3)部分区段同源性很高。实验结果表明扩增得到的cDNA和DNA序列为蛋白核小球藻rbcS基因。     

长江口几种优势桡足类对微型浮游动物的摄食研究

利用现场海水培养实验,结合浮游动物网样数据,研究长江口邻近海域几种优势桡足类(中华哲水蚤、背针胸刺水蚤、太平洋纺锤水蚤和精致真刺水蚤)对微型浮游动物的摄食影响。结果表明,精致真刺水蚤虽然属于肉食性种类,但几乎不摄食微型浮游动物;其余三种杂食性桡足类中华哲水蚤、背针胸刺水蚤和太平洋纺锤水蚤对微型浮游动物(纤毛虫+异养甲藻)的摄食率分别为0.66、0.09和0.59μg C/(ind·d),分别占其日总摄食量的29%、24%和37%。其中,异养甲藻在初始生物量和对桡足类饵料贡献上分别占整个微型浮游动物的30%和28%,是微型浮游动物中一个重要的组成类群。中华哲水蚤对微型浮游动物的摄食率与初始食物浓度有显著的正相关关系,并且对体长20μm纤毛虫的清滤率要明显高于对体长20μm的纤毛虫(P0.01)的清滤率,表明其偏好摄食较大个体的食物。通过Chesson选择性指数显示,尽管微型浮游动物在生物量上远小于浮游植物,但桡足类能优先选择摄食微型浮游动物;进一步结合网采浮游动物数据,获得各站三种优势桡足类丰度平均占桡足类总丰度的77%,但它们对微型浮游动物现存生物量的摄食压力仅为0.8%,表明桡足类对微型浮游动物群落的下行控制作用并不明显,仍有大部分微型浮游动物生物量未通过摄食途径进入到桡足类群落中。