南极菲尔德斯半岛环境微生物含量估计

对 1 993～ 1 994年南极夏季取自菲尔德斯半岛地区的空气、雾、雨、冰、雪、海、淡水、陆上、湖泊和海滨的土、砂、石、不同深度湖泊沉积物的 2 0 6份样品的微生物 ,包括海洋性细菌、陆源性细菌、菌物 (即真菌 )、大肠埃希氏菌、耐铬、镉、汞、银、铁、阴离子洗涤剂 (LAS)菌、耐酸菌及烃氧化菌等的含量做了分析 ,对该区域生态环境中的微生物状况有了更深的了解     

辽河口沉积物中古菌和细菌群落结构分析

本研究旨在了解辽河口表层沉积物中古菌和细菌的群落结构组成、多样性及其与环境因子之间的相关性。采用构建古菌和细菌16S rRNA基因文库的方法，应用Illumina Miseq测序技术进行序列分析。结果表明:辽河口表层沉积物中细菌多样性高于古菌多样性，近岸细菌和古菌多样性高于远岸，即河相区（0.8~7.04）细菌多样性高于混合区（13.1~20.7）和海相区（24.2~31.5）；主要古菌群落为奇古菌门（Thaumarchaeota，72.73%）和广古菌门（Euryarchaeota，25.05%），其中泉古菌门（Crenarchaeota，0.001%）只在河相区站位被发现；细菌群落组成中变形菌门（Proteobacteria，61.94%）为该河口的优势菌群，其次为拟杆菌门（Bacteroidetes，11.21%）和酸杆菌门（Acidobacteria，5.59%），其他门类如蓝藻门（Cyanobacteria，3.03%）等比例较小。与环境因子的冗余度分析表明:影响表层沉积物中古菌群落分布的主要环境因子依次为氨盐、泥、酸碱度、盐度、电导率和砂，而细菌群落的分布主要受到溶氧、泥、砂、黏土和总磷的影响。由此可见，不同环境条件下微生物的群落结构存在空间异质性，不同微生物对同一环境条件的响应亦不同。     

东太平洋深海沉积物中DNA的提取及细菌多样性初步分析

以东太平洋海隆附近深海柱状沉积物为材料，通过化学裂解和酶消化相结合的方法提取了沉积物微生物的总基因组DNA，并进行了纯化。结果表明所得到的DNA分子片段大小在21kb左右，纯化后的DNA可直接用于PCR等分子生物学操作。细菌16SrDNAV3可变区的PCR—DGGE图谱展示出15条以上条带，表明深海沉积物中细菌多样性较高，群落结构比较复杂。对其中9条主要条带进行回收、测序和系统发育分析，结果表明所获得的序列分属放线菌门（Actinobacteria），绿弯菌门（Chloroflexi），γ-变形细菌亚门（Gamma—proteobacteria），α-变形细菌亚门（Alpha—proteobacteria）和嗜酸菌门（Acidobacteria）5个大类群。     

海洋石油烃降解细菌T1和T2的分子鉴定分类

从天津滨海潮间带被石油烃严重污染的沉积物（千样含油量0．2g／g）中，筛选分离出能够以柴油为唯一碳源生长的细菌，对其中生物量大、单株菌降解效率较高的两株细菌T1和T2进行16SrDNA克隆，通过测定和比较16SrDNA的部分序列对这两株细菌进行分子鉴定，以期用于石油污染的微生物修复中。结果表明，T1与深红红螺菌（Rhodospirillum rubrum）的同源性为89％，．r2与施氏甲单孢杆菌（Pseudomonas stutzeri）的同源性为99％。     

山口红树林根际土壤可培养细菌多样性及其活性筛选

为探讨广西山口红树林土壤可培养细菌的多样性，采用纯培养分离技术对采集的25个红树林样品进行可培养细菌多样性分析，挑选117株菌株进行16S rRNA基因测序并构建系统发育树分析。结果表明117株菌株分别属于9个纲20个目27个科35个属，9个纲包括α-变形菌纲（21.37%）、β-变形菌纲（1.71%）、γ-变形菌纲（12.82%）、δ-变形菌纲（0.85%）、噬纤维菌纲（0.85%）、鞘脂杆菌纲（0.85%）、黄杆菌纲（2.56%）、放线菌纲（27.35%）、芽孢杆菌纲（31.62%）。优势属为芽孢杆菌属，占所有菌株的28.20%，此外α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲中发现了7株潜在的新物种。分离菌株的产酶活性检测表明，山口红树林根际土壤蕴含丰富的产淀粉酶、蛋白酶、葡聚糖、纤维素酶和几丁质酶等生物活性酶的菌株，其中芽孢杆菌纲的产酶菌株数最为丰富。初步研究结果表明广西山口红树林土壤可培养细菌资源丰富，新物种资源多样，是农业微生物开发应用的重要资源库。     

东太平洋中国多金属结核区锰结核样品中微生物群落结构的研究

通过非培养手段研究了东太平洋中国多金属结核区ES0303站点锰结核样品中的微生物群落结构.细菌16S rRNA基因克隆文库的研究结果表明：结核内细菌种群结构复杂,微生物种类丰富且各种群丰度不一（61个OTUs）,其中变形杆菌类群为优势种群,占所有细菌克隆子比例的64%,且主要分布于β/γ-、α-和δ-等3类变形杆菌（Proteobacteria）亚群之中,占比分别为34%、18%和12%.此外还存在包括酸杆菌（Acidobacteria）,放线菌纲（Actinobacteria）,绿弯菌门（Chloroflexi）,厚壁菌门（Firmicutes）,浮霉菌门（Planctomycetes）等在内的细菌类群的分布,克隆子比例依次为9%、7%、8%、2%和5%.古菌16S rRNA基因克隆文库的研究结果表明：古菌的群落结构单一（仅12个OTUs）,全部是由泉古菌海洋类群I（crenarchaeote marine group I,MGI）组成;其中MGI-η类群最为丰富,达到44%,而MGI-α、MGI-ζ和MGI-ε类群的克隆子比例分别为25%、18%和9%,另外还发现2个新的MGI分类类群.相关克隆子的数据库比对和系统发育树分析表明,并未发现已报道的直接参与铁锰氧化还原相关类群的存在,但它们大多数与来自多金属结核来源或深海来源的不可培养微生物具有较高的同源性.进一步的分析表明,锰结核内存在相当数量的氨氧化菌、硫酸盐还原菌、酸杆菌等能够改变pH值的细菌和古菌类群的存在,意味着它们可能在锰结核的形成过程中起到重要的作用.     

三株光合细菌应用于对虾饲料及其养殖效果

光合细菌（ＰｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃＢａｃｔｅｒｉａ简称ＰＳＢ）作为一类能充分利用光能和各种低分子有机物生长繁殖的微生物，由于其独特的生理功能和菌体内所含的丰富营养，已引起环保、水产及其有关部门的广泛重视。为了进一步探讨光合细菌在水产养殖中的作用，我们在１９８７～１９８９年对沼泽红假单胞菌（Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｐａｌｕｓｔｒｉｓ）在中国对虾饲料和脊尾白虾、中国对虾育苗中的作用进行初步探讨的基础上，又进一步分离了球形红假单胞菌Ｒ．ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ和荚膜红假单胞菌Ｒ．ｃａｐｓｕｃ…     

墨西哥湾气体水合物微生物群落结构特征：DNA与RNA源的克隆文库比较分析

为了更好的了解微生物活动在墨西哥湾水合物生态系统中的作用和贡献，我们对固态气水合物中的微生物，尤其在原位水合物环境下生理上比较活跃的微生物组合特征进行了研究。本次研究首先从含沉积物水合物层（SEH）和水合物层内部（IH）提取RNA和DNA，然后对RNA和DNA源的16SrRNA克隆文库进行系统发育学分析，从而确定细菌和古菌的群落组成。克隆分析所用的水合物样品是由水下载入深潜器上的Johnson Sea Link水合物取样器在墨西哥湾北部大陆坡一个有明显水合物活动特征的裸露的隆丘上获得的（水深：550m）。较早时的地球化学分析表明，微生物群落在SHE层中的新陈代谢能力要比在珊层中的新陈代谢能力强（B．N．Orcutt，A．Boetius，S．K．Lugo，I．R．Macdonald，V．A．Samarkin，and S．Joye，Chem．Geol．205：239—251）。RNA和DNA源的克隆文库系统发育学分析表明，SHE层的克隆文库的多样性要比在珊层中的大。从微生物群落新陈代谢活动部分所获得的克隆大多数与推测的硫酸盐还原细菌和厌氧氧化甲烷古菌密切相关。在RNA和DNA源的克隆文库中也发现一些先前未经人工隔离培养的新的细菌和古菌种群。本次研究是首次对赋存在墨西哥湾水合物丘的SHE层和珊层微生物群落新陈代谢活动进行分子系统发育学分析。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)黑色壳表面微生物多样性的研究

为探究自然海区与室内养殖环境对软体动物壳色及壳表面细菌群落多样性的影响，以黑色壳长牡蛎（Crassostrea gigas）为研究对象，在自然海区与室内环境分别暂养30 d后，对长牡蛎的壳色及壳表面细菌群落的多样性和差异细菌功能进行分析。结果表明，室内养殖的黑壳长牡蛎出现较为明显的壳褪色现象，其黑色素含量显著下降，远低于自然海区养殖的黑壳长牡蛎。16S rRNA基因测序结果显示，变形杆菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌（Cyanobacteria）为长牡蛎壳表面的主要优势菌，其中变形杆菌的丰度超过50%。在门水平上，放线菌（Actinobacteria）、俭菌超门（Parcubateria）和Bacterial rice cluster 1（BRC1）在室内、外养殖长牡蛎之间存在较为显著的差异（P<0.05），而具有降解作用的放线菌和俭菌超门细菌在室内养殖的黑壳长牡蛎壳表面丰度较高。在属水平上，两组之间存在显著差异的细菌共计67种。该研究揭示了不同生境条件下，黑壳长牡蛎壳表面的微生物群落物种组成及差异，为解析长牡蛎壳色的形成机制提供了新的分析视角。     

黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)“红头病”病原菌迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)的分离及鉴定

用ATB微生物自动鉴定系统对分离自湖南湘潭地区人工养殖的患“红头病”的黄颡鱼体内的2株细菌（即HN004和HN005）进行了鉴定，发现它们的生理生化特征完全相同，均为革兰氏阴性短杆菌、接触酶阳性、吲哚阳性、H2S阳性；氧化酶阴性、V．P测定为阴性，与迟钝爱德华氏菌的表型特征非常相似。为进一步确定2株菌的分类学地位，测定了其16S rRNA基因序列，分析了相关细菌相应序列的同源性，构建分子系统发育树。结果表明，2菌株的序列完全一致，与迟钝爱德华氏菌的亲缘关系最近，相似性为99．0％。综合上述结果，2菌株可鉴定为迟钝爱德华氏菌（Edwardsiella tarda）。     

泉州湾桐花树和老鼠簕根际土壤细菌和真菌群落特征比较

红树植物根际土壤微生物对近海生物地球化学循环及其生物多样性等起着重要作用,受地上部和土壤性质影响,两种不同药用红树植物桐花树（Aegiceras corniculatum）和老鼠簕（Acanthus ilicifolius）根际土壤微生物群落组成可能存在独特性。本研究分别以细菌 16S rRNA基因和真菌ITS 基因为分子标记,采用高通量测序技术分析比较了桐花树和老鼠簕根际土壤微生物多样性特征及其与土壤理化性质之间的关系。结果表明：①老鼠簕根际土壤细菌和真菌多样性与丰富度均显著高于桐花树,且两者之间的细菌和真菌组成皆存在明显差异（P<0.05）;②两者根际土壤细菌和真菌门和属的优势（大于1%）物种组成皆相似;在门水平,桐花树根际土壤主要优势物种变形菌门（Proteobacteria）和未分类门（unclassified_k_Fungi）的相对丰度显著高于老鼠簕,而拟杆菌门（Bacteroidota）、脱硫杆菌门（Desulfobacterota）、子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）则相反;在属水平,桐花树的主要优势物种硝化螺菌属（Nitrospira）和Denitromonas属的相对丰度显著高于老鼠簕,而枝孢菌属（Cladosporium）和囊状担子菌属（Cystofilobasidium）则相反;③桐花树根际土壤pH、总碳和总酚含量皆显著高于老鼠簕,pH和总酚显著影响细菌群落组成,而总碳和总硫则显著影响真菌群落组成;此外,pH、总碳和总氮是影响细菌物种的主要因素,而总酚、pH和总碳是影响真菌物种的主要因素。本研究揭示了桐花树和老鼠簕根际土壤细菌和真菌多样性存在明显差异并与土壤理化性质密切相关,可为今后从不同红树物种所具备的独特功能根际微生物菌群来开发相关资源及保护近海的生态环境提供新的视角。     

不同无机氮浓度下三角褐指藻藻际细菌群落变化研究

藻际环境细菌和微藻间存在着独特的生态关系，它们可以通过转化和交换浮游植物分泌的有机质来影响其生理和代谢。尽管一些功能微生物在藻际环境的营养循环中具有重要作用，例如氮代谢，但是关于细菌群落与共生藻类如何响应环境中氮营养条件的改变目前并不十分清楚，其对于我们了解全球营养物质循环、藻华的形成以及生态系统功能至关重要。本文基于16S rRNA基因的高通量测序技术，分析了不同形态、不同浓度无机氮培养条件下三角褐指藻藻际环境中相关细菌群落的多样性和群落结构。系统发育分析结果表明，变形菌（Proteobacteria）和拟杆菌（Bacteroidetes）是所有样品中的优势菌，占序列总数的99.5%。同时发现，不同氮浓度培养条件下，细菌群落结构随微藻丰度的变化而改变。氮浓度及形态的变化对菌群结构的影响不显著。此外，γ-变形菌纲中三种细菌（Marinobacter；Algiphilus；Methylophaga）的相对丰度在氮限制培养条件下明显增加，它们可能在共生体系的氮转化过程中具有重要作用。     

海绵共附生微生物基因多态性的RAPD-PCR分析

采用传统分离手段对中国南海海域的细薄星芒海绵（Stelletta tenui（Lindgren，1897）1、皱皮软海绵（Halichondria rugosa（Ridley＆Dendy））、澳大利亚厚皮海绵（Craniella australiensis（Carter））、贪婪倔海绵（Dysidea avara（Schmidt））4种海绵体内的微生物进行了分离培养，随机挑选64株芽孢杆菌属细菌（每种海绵16株）进行了RAPD-PCR基因多态性分析。研究表明，一些海绵微生物是可以通过传统分离手段得到的，来自同一或者不同海绵的微生物均具有丰富的基因多态性。     

日照贝类养殖区海水微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落结构和组成差异是反映海洋生态系统环境健康的有效指标,对生态环境监测和管理具有重要意义,同时可以为水产养殖活动提供启示。本文针对日照某贝类养殖区及非养殖区水体环境的微生物群落结构进行了测序和分析,并探讨了环境因子对微生物群落结构和多样性的影响。结果显示,变形菌门（Proteobacteria）是养殖区海水的优势细菌类群,其次是蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）。养殖区表层海水中蓝细菌门的相对丰度（P=0.003）以及8 m深度水层中变形菌门的相对丰度（P=0.027）显著高于非养殖区。微生物多样性分析表明,4月至11月养殖区表层及8 m水层的微生物Shannon指数范围分别为5.59～6.92和5.33～7.08,与非养殖区无明显差异,但养殖区的微生物丰富度指数（表层Chao1=1 088.86,8 m深度水层Chao1=1 158.77）略低于非养殖区（表层Chao1=1 108.63,8 m深度水层Chao1=1 210.30）。典型相关性分析（CCA）和Spearman相关性分析结果表明,温度（P=0.003）、盐度（P=0....     

黄海测区空气微生物含量估计

本文对黄海测区空气微生物作了一次测定 ,结果表明空气中海洋性细菌、真菌的检出率分别为 52 .4 %和 4 7.6 %。陆源性细菌、真菌的检出率分别为80 .0 %和 6 0 .0 %。陆源性微生物出现机率大于海洋性的。空气微生物以细菌为主。测区平均的海洋性空气细菌、真菌、总菌量及真菌 /总菌 %分别为 592 .6 ,32 9.1 ,92 1 .7CFU·m-3 及 35.4。平均的陆源性空气细菌、真菌、总菌量及真菌 /总菌 %分别为 6 89.1、377.9、1 0 6 7.0CFU·m-3 及 35.7。文章分析了空气微生物的时空分布状态。指出测区空气微生物状态反映了海 -气、海 -陆、人和自然的相互作用。     

环境污染物萘、蒽、菲、芘的好氧微生物降解

多环芳烃（PAHs）是环境污染物，具有致癌性和致突变性。选取香港米埔红树林淤泥富集微生物，研究红树林微生物对PAHs的好氧降解。试验观察到，萘、蒽、菲、芘在液体培养条件下均有较强的挥发性。多底物培养液中的菌群浓度明显高于单底物系统。多次连续转接使培养液中的细菌生长能力增强。初始底物浓度可影响细菌生长速率，底物浓度过低或过高均不利于细菌生长。从分离得到的降解菌中选取豚鼠气单胞菌Aeromonascaviae WⅡ和斑点气单胞菌Aeromonas punctata TⅡ进行单菌降解试验，结果表明，豚鼠气单胞菌WⅡ能够高效降解4种底物，而斑点气单胞菌TⅡ能够高效降解萘、蒽和芘3种底物。另外还发现斑点气单胞菌TⅡ能够明显降低水中菲的挥发速度。     

中国明对虾混合养殖池塘沉积物微生物群落比较研究

微生物群落在养殖池塘生态系统中发挥着重要的作用，与环境质量及养殖动物的生长和疾病暴发密切相关。为了考察中国明对虾不同混养模式中的微生态状况，本研究基于 16S rRNA 基因的高通量测序技术，比较了 6 种不同中国明对虾混 养池塘沉积物微生物群落的差异。结果表明，6 种混养池塘沉积物的主要微生物均为变形菌门 （Proteobacteria） 和放线菌门（Actinobacteria），与褐牙鲆的混养，会导致变形菌门丰度升高，同时抑制放线菌门的生长。中国明对虾、海蜇、菲律宾蛤仔混养具有最高的沉积物微生物群落丰富度和多样性。通过对微生物功能进行预测发现，化能异养和含硫化合物的呼吸是中国对虾混养池塘沉积物微生物群落的主要功能。中国明对虾、海蜇、菲律宾蛤仔混养沉积物中部分细菌的某特异性富集，可以提高沉积物中溶解氧量并促进化学物污染物的降解。综上所述，中国明对虾、海蜇、菲律宾蛤仔混养模式在 6 种不同中国明对虾混养池塘中微生态状况最佳。     

海洋沉积物中异化铁还原细菌还原重金属Cr(VI)研究

利用异化铁还原细菌处理Cr（VI）是重金属污染修复领域的一个新兴研究方向。本文以海洋沉积物中异化铁还原混合菌群为研究对象，分析铁还原细菌异化铁还原性质对重金属Cr（VI）还原效率的影响。菌群异化铁还原性质的实验结果表明，以柠檬酸铁和氢氧化铁为不同电子受体时，菌群异化铁还原的效率存在差异，培养体系累积Fe（Ⅱ）浓度分别为85.08 ±5.85 mg/L和32.55 ±4.78 mg/L。电子受体对混合菌群组成的影响主要表现在，以柠檬酸铁和氢氧化铁为电子受体时，混合菌群多样性Shannon指数分别是4.615和4.158，较对照组高（Shannon指数3.735）。异化还原Fe（Ⅲ）培养体系中，细菌种群的优势菌属是Clostridium，属于梭菌目Clostridiales，表明梭菌是参与Fe（Ⅲ）还原的主要优势菌。菌群异化铁还原性质对Cr（VI）还原效率影响的实验结果表明，柠檬酸铁为电子受体，细菌在Fe（Ⅲ）浓度为1 120 mg/L时异化铁还原效率高，并且还原Cr（VI）达100%。氢氧化铁为电子受体，Fe（Ⅲ）浓度1 680 mg/L时，异化铁还原Cr（VI）效率高（72%），是对照组4倍。研究结果为进一步应用微生物治理重金属Cr（VI）污染提供理论依据。     

湖光岩拮抗菌的研究

采用涂布法、划线分离法以及形态学和生理生化特性分析，对湛江湖光岩微生物进行了分离纯化及部分性质研究；同时用平板菌落计数法对其异养细菌、真菌和弧菌等的数量进行初步统计。采用牛津杯法，对拮抗细菌进行筛选和培养特性研究。结果表明，微生物数量与种类在水平分布上具有显著差异。底泥异养菌总量为（1．3—8．6）&#215;10^8 cfu／g，真菌总量为（0．1—5．7）&#215;10^7 cfu／g。而水体细菌总量为（0．5—6．7）&#215;10^5 cfu／ml，真菌总量为（0．4-1．1）&#215;10^3 cfu／ml。共分离纯化到148株细菌，经筛选发现16株细菌对溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）具有明显的抑制作用，占细菌总数的10．8％，其中菌株DH078和DH113对溶藻弧菌的拈抗作用最明显。结果还表明，细菌DH078在营养肉汤中培养4d抑菌活性最强，其产生抗菌活性物质的最佳条件是稀释2倍的营养肉汤、蛋白胨0．6％、牛肉膏0．6％、酵母膏0．2％、盐度0和pH7．0。可见湖光岩微生物资源较为丰富，本研究可为保护和充分开发利用湖光岩微生物提供科学依据。     

健康与白化状态下珊瑚共生菌的群落组成与功能差异

为探究珊瑚共生菌对白化的响应，采用OTU分析和Biolog技术对比了鹿角杯形珊瑚（Pocillopora damicornis）健康个体与白化个体细菌群落在结构和功能上的差异。结果显示:物种组成（属水平）上两者的优势成分相似，均由聚球菌Synechococcus占主导（大于50%）；其余组分中，红球菌Pelagibacter、谱尼螺杆菌Puniceispirillum、珊瑚微球菌Coraliomargarita和光合细菌Photobacterium在健康个体中居多；而厚壁菌Actinomarina、梨形浮霉菌Blastopirellula以及一些病原菌（如弧菌Vibrio、单胞菌Pseudospirillum、Alteromonas和考克斯氏体Coxiella）在白化个体中占优。生物多样性显示白化组的α-多样性（Chao Ⅰ，Shannon index）显著低于健康组（P<0.05）。Personal分析表明温度和营养盐（硝酸盐、磷酸盐）是影响物种组成最相关的环境因子。功能分析显示:在碳源的利用上，健康组对碳源的利用从大到小的顺序为羧酸类、氨基酸类、双亲化合物、糖类、多聚物、胺类；而白化组对碳源的利用偏向糖类、氨基酸和胺类。羧酸和糖类的利用率导致了白化组与健康组对碳源摄取能力的差异。氮源的利用上两者均以无机氮为主，但白化组显示出部分消耗有机氮（肽）的能力。磷源的代谢上两者均优先利用无机磷，而白化组弱化了对有机磷的代谢能力。本次研究的结果表明白化降低了珊瑚共生菌的生物多样性，并引起了菌群对C、N、P的代谢差异，致使共生微生物呈现结构和功能上的变化。