印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

采用MMJHS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16S rDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树.结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis).分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性.本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础.     

我国近海中度嗜盐菌的分离筛选及其产酶多样性分析

为了解我国近海中度嗜盐菌系统发育多样性及产酶特性,从天津、山东、江苏、福建、海南等地近海采集样品为研究对象,分离筛选得到108株中度嗜盐菌,其中有26株至少产一种酶。通过对其形态特征、生理生化、16SrRNA基因序列及系统进化树进行分析,将26株菌鉴定为细菌域的Halomonas、Idiomarina、Virgibacillus、Pontibacillus、Oceanobacillus、Halobacillus和Marinilactibacillus属的菌株。它们与相应属的模式菌株16SrRNA基因序列相似性在97%~100%不等,其中有些菌株可能代表不同的分类单元。底物特异性试验表明,分离的26株中度嗜盐菌13株产蛋白酶,19株产淀粉酶,13株产酯酶,4株产纤维素酶。其中6株产3种酶,11株产2种酶。研究结果表明中度嗜盐菌具有系统发育和产酶多样性,同时蕴藏着较多新的微生物类群,为嗜盐微生物资源应用开发提供了参考。     

长江口表层沉积物中可培养有机解磷菌多样性特征

为研究不同水文条件下长江口邻近海域表层沉积物中可培养解磷细菌的多样性,选择此海域20个站位,针对2017-02(枯水期)、2017-05(平水期)和2017-07(丰水期)取得的表层沉积物,利用卵磷脂选择性培养基筛选解磷菌。结果表明,从长江口表层沉积物中筛选获得的572株可培养有机解磷菌,分属于Firmicutes,Proteobacteria和Actinobacteria中19个属80个种。其中,从2017-02样品获得136株好氧解磷菌,优势属为嗜冷杆菌属(Psychrobacter),占比69.85%;从2017-05样品中获得123株好氧解磷菌,12株兼性厌氧解磷菌,优势属为芽孢杆菌属(Bacillus),占比54.81%;从2017-07样品中获得100株好氧解磷菌,201株兼性厌氧解磷菌,优势属为弧菌属(Vibrio),占比87.71%。同时平板解磷能力相对较强的菌株也主要为优势种属Psychrobacter和Vibrio。通过Shannon和Simpson多样性指数分析,发现解磷菌多样性程度为春季冬季夏季。实验结果表明,长江口表层沉积物中可培养有机解磷菌多样性丰富,同一区域内沉积物中的有机解磷菌群落结构存在季节差异。长江口表层沉积物中丰富的有机解磷细菌的存在必将是磷循环重要的参与者,可能在区域物质循环和环境问题中发挥了重要的作用。     

长江口可培养耐(嗜)盐细菌群落结构研究

针对长江口10个站位样品,采用HM培养基和ZMCA培养基分离培养耐(嗜)盐菌,通过PCR方法获取156株细菌的16S rDNA序列。其中,由HM培养基分离获得136株菌株,可划分为33个分类单元(OUT),分属α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)的芽孢杆菌纲(Bacilli)3个类群,其中γ-变形菌纲为优势耐(嗜)盐细菌;靠近海岸的站点M5-1,N6-2和M4-1耐(嗜)盐细菌均属于厚壁菌门,而远离海岸的站点耐(嗜)盐细菌均属于变形菌门。以ZMCA培养基分离获得的20株菌株分属α-变形菌纲和放线菌纲(Actinobacteria),可划分为10个OTU。由HM培养基分离获得的菌株中,70.5%属于耐盐菌,29.5%属于中度嗜盐菌;由ZMCA培养基分离获得的菌株均为耐盐菌。HM培养基分离得到的136株细菌的硝酸盐和亚硝酸盐还原性分析表明,亚硝酸盐还原菌数量仅为硝酸盐还原菌的1/3左右。     

盐单胞菌属一新种的分离与鉴定

对即墨市大桥盐场的底泥样本进行微生物的可培养研究,分离出1株革兰氏阴性的中度嗜盐菌YC-SA28T.16SrRNA序列比对及系统发育分析结果表明.YCSA28T可能为γ-变形菌纲盐单胞菌属的新种,通过系统分类学研究发现,YCSA28T的16SrRNA序列与亲缘关系最近的盐单胞菌属模式菌株Halomonas ventos...     

厦门地区近海温泉嗜热菌的分离、鉴定

嗜热菌是一类特殊的极端环境微生物.本文所用的实验样品采集于厦门地区两个近海温泉的4个不同位点,通过16SrDNA序列分析对所分离到的312株细菌进行了归类总结,鉴定出嗜热栖热菌、嗜热脂肪泥土芽孢杆菌、嗜高温纤维分解菌、泥土芽孢杆菌属、水生栖热菌、假单胞菌属、木糖氧化无色杆菌、uncultured sheep mite bacte-rium、uncultured gamma proteobacterium等9种嗜热菌株,其中嗜高温纤维分解菌和嗜热栖热菌是主要的可培养优势菌群.其生长温度均在60-85℃,中性pH值.从而得出厦门地区近海温泉样品中的微生物生长类群信息,并发现了某些可能的新菌群,有助于了解该地区近海温泉特有环境下的可培养的微生物群落类型.     

网箱养殖海区底泥产芽孢细菌多样性

采用培养与16S rRNA基因序列比对的方法,对海水网箱养殖区底泥中的可培养细菌进行研究。结果表明,网箱正下方的产芽孢细菌比例高达50%,随着离网箱距离的增加,产芽孢细菌的比例明显降低,200m远时,其比例降至17%。从3个采样点分离纯化出91株产芽孢细菌,对其菌落形态、菌体形态的研究和部分菌株16S rRNA基因的DGGE带型和序列分析表明,91株产芽孢细菌中,有85株属于芽孢杆菌属(Bacillus)的10个种,25个发育型;6株属于盐芽孢杆菌属(Halobacillus)的1个种,3个发育型。芽孢杆菌属的B.marisflavi、B.baekryungensis、B.aquaemaris、B.pumilu等4个种为优势类群。此外,接近半数的产芽孢细菌能代谢含硫化合物,部分菌株能够还原硝酸盐或分解无机磷化合物,仅有3株菌具有亚硝酸盐还原作用。     

海洋石油降解菌的筛选鉴定及其功能基因研究

以石油原油为唯一碳源,从中国海洋大学海洋微生物菌种库15株菌中筛选到5株石油降解菌。16SrRNA基因测序结果表明,WH072、WH069、WH303、ZXM008和ZXM183分别为耐盐芽孢杆菌(Bacillus halodurans)、除烃海杆状菌(Marinobacter hydrocarbonoclasticus)、弯曲芽孢杆菌(B.flexus)、普里兹湾假交替单胞菌(Pseudoalteromonas prydzensis)和嗜麦芽糖寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)。其中对石油降解率最高的为WH072(高达36.4%),其次是WH069(20.0%)。对这5株菌检测已报道的石油烃降解酶基因,结果在WH072和WH069中均检测到了alkB、P450和almA3种功能基因。根据功能基因编码的氨基酸序列构建系统发育树并分析其各自的进化关系,发现P450基因在一定程度上具有种属特异性。对本研究首次报道的高效石油降解菌耐盐芽孢杆菌WH072,采用高效热不对称性交错PCR(hiTAIL-PCR)方法,成功获得了这3种功能基因的全长序列,其中alkB与已知同源基因序列相似性较低,其结构和功能有待进一步研究。     

南海深海氮循环微生物的原位培养与多样性分析

借助自主研发的深海水体原位定植培养系统,在南海3 300 m的深海水体中进行了氮循环微生物的原位培养.通过向富集仓中投加缓释肥(铵盐、硝酸盐和尿素)进行了为期17个月的原位富集.结合高通量测序技术和分离培养的方法,对深海原位富集物及实验室二次富集物进行了微生物多样性分析. 16S rRNA基因高通量测序结果表明,在南海原位富集样品中,细菌以变形菌门丰度最高,富集仓内脱脂棉附着介质和仓内水样中的最优势属分别为希瓦氏菌属(Shewanella)和科韦尔氏菌属(Colwellia);古菌以奇古菌门为主,其中氨氧化古菌(AOA)所占比例很高.通过平板培养分离到17株细菌,主要包括盐单胞菌属(Halomonas)、海杆菌属(Marinobacter)和亚硫酸盐杆菌属(Sulfitobacter)等.通过不同起始氮源(氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐)和培养温度(28℃和10℃),对原位富集样品进行实验室二次富集,获得了5个富集菌群.分析发现,它们均具有较好的脱氮效果,可以产生N_2O或N_2;这些菌群均以盐单胞菌属占绝对优势,其次为海源菌属(Idiomarina)或海杆菌属,其中盐单胞菌和海源菌成功获得分离.单菌功能验证表明,分离获得的盐单胞菌具有好氧反硝化能力,其在原位环境下反硝化活性尚有待确认.     

刺参肠道及养殖池塘底泥微生物多样性的比较研究

刺参养殖作为北方环渤海地区新兴的经济产业,池塘养殖是其主要的养殖模式,而传统养殖模式中其生长环境易受外界影响,池塘底泥和刺参消化道中菌群的变化易引起刺参病害的发生,本文旨在通过研究不同季节刺参肠道及刺参养殖池底泥中菌系多样性及变化为深入了解刺参池塘养殖系统微生物的结构与功能提供参考。运用纯培养方法和16SrRNA基因序列分析,在1年中分4次取样,从刺参肠道和刺参养殖池底泥中分离出共151株海洋菌株,其中肠道菌72株,养殖池塘底泥79株,发现新菌种5株,拮抗菌株1株,通过构建系统发育树对刺参肠道及养殖环境底泥多样性进行研究。结果显示:分离的菌株分属海王星菌属(Neptuniibacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、迪茨氏菌属(Dietzia)、铁单胞菌属(Ferrimonas)、需盐杆菌属(Salegentibacter)等31个属;通过TCBS培养基筛选后发现弧菌属(Vibrio)在刺参肠道中有32株,底泥中28株,是刺参肠道和底泥环境中的第一大优势菌属,其数量随着时间变化呈上升趋势。     

基于16S rDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定

采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属（Vibrio）,且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因（rpo A、pyr H、gap A和top A）的多位点序列分析技术（MLSA）对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌（Vibrio alginalyticus）与魔鬼弧菌（Vibrio diabolicus）2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.     

青岛、威海水域夏冬季表层沉积物细菌多样性的初步研究

以青岛、威海水域夏冬两季表层沉积物中的基因组DNA为模板,扩增沉积物样品中细菌的16S rDNA 片段,并构建其相应文库.进行16S rDNA序列分析,并与数据库中的序列进行比对.分析结果表明:2个站位沉积物样品细菌分别属于11个主要细菌门类,包括:变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Plancomycene)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、硝化螺菌门(Nitrospirae)、疣微菌门(Verrucomicrobial)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿屈挠菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、高G+C含量革兰氏阳性菌放线菌门(Actinobacteria)和低G+C含量革兰氏阳性菌梭菌门(Clostridiales).其中变形菌门是主要类群,且γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)占优势.与QD2站位相比,QD1站位沉积物细菌多样性随季节变化不大.     

海洋贝类附生细菌区系分析及弧菌拮抗菌的筛选

对中国威海近海海域的紫贻贝、牡蛎、花蛤、毛蛤、扇贝、海兔等6种海洋贝类的附生细菌进行了分离培养,筛选得到100株细菌。从中选出45株有代表性的菌株,克隆其16SrDNA序列,进行分子鉴定。结果表明,这些细菌分布在 Arthrobacter, Bacillus, Bizionia, Brevundimonas, Cell...     

Identification of five strains of antarctic bacteria producing low-temperature lipase

1 IntroductionMicroorganism is an important constituentof the antarctic, arctic and deep sea ecosystemswhich are characterized as permanent lowtemperature. To adapt and survive in this ex-treme environment, these microorganisms pro-duce many distinctive substances such as poly-unsaturated fatty acids (PUFA), low-tempera-ture enzymes and novel pigments, etc. (Thomasand Dieckmann, 2002). Low-temperature en-zymes have a property of higher specific activ-ity (Kcat) at low temperature. Owing to…     

四株鳖源致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)的表型、分子鉴定及其毒力基因检测

采用生态毒理学、表观分类学及分子生物学方法,对具白底板病典型症状濒死中华鳖内脏中分离获得的4株病原菌开展了以致病性、表型分析、分子鉴定及毒力基因检测为内容的实验研究,结果表明:(1)4株病原菌均具致病性,致死力由大到小依次为ZHYYZ-2、ZHYYZ-4、ZHYYZ-1、ZHYYZ-3;(2)4株病原菌均为呈短杆状、具溶血活性的革兰氏阴性细菌,VITEK2型全自动细菌鉴定与药敏系统和ATBExpression型细菌鉴定与药敏智能系统均显示为嗜水气单胞菌;(3)ZHYYZ-1、ZHYYZ-2、ZHYYZ-3、ZHYYZ-4的16SrDNA序列长度分别为1460、1464、1466、1461,经Blast同源性检索表明它们所扩增的16SrDNA序列与GenBank数据库中登记的71株嗜水气单胞菌的相似性均为99%;(4)经PCR特异性检测,各实验菌均含有Aha、AHH、AerA和OMP。根据4株实验菌的表型和分子生物学特征,判定它们均为气单胞菌属的致病性嗜水气单胞菌。     

从养殖贝类和大菱鲆分离的海洋发光弧菌的分类地位分析

海洋发光弧菌是海水养殖中重要的条件致病菌。从福建省晋江市附近水产养殖场花蛤、牡蛎软组织及波罗地海大菱鲆肠道内含物中分离得到16 株发光细菌, 采用ARDRA（amplified ribosomal DNArestriction analysis）、16S rDNA 序列测定、Biolog 碳源代谢分析及药敏试验等方法对...     

厦门沿岸海域杂色鲍中产琼胶酶菌株的筛选及其酶学性质的研究

琼胶酶在食品工业中的多糖降解中有着重要的作用,其经济价值日益凸显,从海洋生物中筛选琼胶酶菌株是获得琼胶酶的一种重要途径.从厦门沿岸海域养殖杂色鲍鱼体内分离得到5株产高效琼胶酶的菌株,其中最高的酶活力达到133.5 U/dm3.经16S rRNA序列分析表明这5株菌株分别属于弧菌属（Vibrio）和假交替单胞菌属（Pseudoa lteromonas）.采用DNS法对这些菌株所产的琼胶酶进行酶学性质研究,结果显示这些酶的最适作用温度均为50℃,最适作用pH值为7.0;Na＋可使A017菌株所产的琼胶酶酶活力提高5倍,Fe2＋对A007、A008、A010、A021菌株所产的琼胶酶酶活力有明显的抑制作用.     

Bacterial diversity in the sediments collected from the Shikoku Basin

Diversity of bacteria was studied in deep-sea sediments from the Shikoku Basin in the Northwest Pacific Ocean by PCR, RFLP and sequence analysis of 16S rDNA and comparing with Genbank database. Based on the RFLP profile generated, 77 clones from the 16S rDNA library were divided into 27 types. Phylogenetic analysis showed that the 27 independent clones fell into four groups: Proteobacteria (62.96%), Chloroflexi (14.81%), Planctomycetes (14.81%) and Acidobacteria (7.41%). Among all sequenced clones, 6 were related to the sulfur or sulfate metabolism bacteria and the results also demonstrated that some bacteria in deep-sea sediments had relation to matter-energy circulation.