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相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 406 毫秒
1.
比较分析了石鲽和星突江鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1175 bp的核苷酸序列,探讨了石鲽与星突江鲽的亲缘关系。2种间共检测到95处核苷酸替代,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在2个蛋白质编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。线粒体COI、Cytb基因和D-loop片段序列分析显示石鲽与星突江鲽间平均遗传距离分别为0.043、0.062和0.153,属于属内种间差异水平。2种鲽鱼在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率由大到小依次为D-loopCytbCOI。贝叶斯法、邻近距离法和最大简约法构建的系统发育树一致,皆显示石鲽与星突江鲽遗传关系很近。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:石鲽与星突江鲽的分歧时间约为185万年,分化事件发生于更新世中期(Middle Pleistocene)。  相似文献   

2.
为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNASer-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。  相似文献   

3.
2008年8月,在浙江舟山附近海域(东海)采集到4尾木叶鲽属鱼类,经鉴定为中国鱼类新纪录种——长木叶鲽,其主要特征为:体棕褐色,有眼侧和无眼侧颞上枝前端有小分枝,鳞片小但不狭长,背鳍鳍条数72~74(73.3);臀鳍鳍条数56~59(57.5);有眼侧胸鳍鳍条数8~10(8.8),无眼侧胸鳍鳍条数为8;有眼侧与无眼侧腹鳍鳍条数均为6;尾鳍鳍条数19~20(19.5),脊椎骨数为36;鳃耙数为3+7。基于线粒体COI基因片段得到的长木叶鲽与角木叶鲽的K2P遗传距离为9.4%,2种间遗传分化达到了种间水平。  相似文献   

4.
中国木叶鲽属鱼类一新纪录种   总被引:1,自引:0,他引:1  
2008年8月,在浙江舟山附近海域(东海)采集到4尾木叶鲽属鱼类,经鉴定为中国鱼类新纪录种--长木叶鲽,其主要特征为:体棕褐色,有眼侧和无眼侧颢上枝前端有小分枝,鳞片小但不狭长,背鳍鳍条数72~74(73.3);臀鳍鳍条数56~59(57.5);有眼侧胸鳍鳍条数8~10(8.8),无眼侧胸鳍鳍条数为8;有眼侧与无眼侧腹鳍鳍条数均为6;尾鳍鳍条数19~20(19.5),脊椎骨数为36;鳃耙数为3+7.基于线粒体COI基因片段得到的长木叶鲽与角木叶鲽的K2P遗传距离为9.4%,2种间遗传分化达到了种间水平.  相似文献   

5.
2016年10月采自北部湾海域的1尾鱼类标本经鉴定为线鳍鲆属Taeniopsetta Gilbert, 1905的眼斑线鳍鲆Taeniopsetta ocellata(Günther, 1880), 隶属于鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae, 这是该属和种首次在中国大陆海域的报道。线鳍鲆属的主要形态特征包括: 体长卵圆形; 双眼位于头左侧; 口小; 有眼侧和无眼侧均有1行小尖牙; 鳞细小, 仅体左侧有1条侧线; 雄鱼有1枚强吻棘和2或3枚眼棘, 雌鱼吻棘和眼棘很钝或无; 无眼侧腹鳍始于有眼侧第2根腹鳍鳍条基部右侧; 腹鳍基较短; 背鳍和臀鳍的部分鳍条延长成丝状。眼斑线鳍鲆的主要形态特征为: 两侧胸鳍不等长; 雄鱼背鳍的第13~17根鳍条及臀鳍的第1~6根鳍条延长成丝状; 体左侧背腹缘分别有2~4个不规则的“V”形或半圆形中空黑色斑块, 斑块内部具一黄色圆斑。  相似文献   

6.
7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
田美  申欣  孟学平  程汉良 《台湾海峡》2012,31(2):189-194
与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0~0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.  相似文献   

7.
为了解海南尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis)线粒体基因组结构特征及其与鲤科(Cyprinidae)鱼类的进化关系,本文通过二代测序获得海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组全序列,并对结构特征进行分析,结果显示具有典型的环状闭环双链分子,全长16581bp,碱基组成为A(31.96%)、G(15.69%)、C(27.53%)和T(24.82%),包含13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)、2个r RNA基因、22个tRNA基因和1个可变控制区D环。对碱基含量分析发现尖鳍鲤的碱基组成中具有较高AT含量的偏向性,13个PCGs中有不少的偏好性密码子,如CGA(RSCU>3.506)、CCA(RSCU>2.208)等。除tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNALeu(CUN)、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAPro  相似文献   

8.
本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus (Lacepède,1802)、长钩须鳎Parapla gusia bilineata (Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii( Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形目其他科的5种鱼类mtDNA控制区结构和序列进行了比较分析.结果显示,3种舌鳎鱼类的线粒体控制区全长从655~1 155 bp,长度差异明显;舌鳎亚科鱼类控制区结构与其他鲽形目鱼类相似性很低,保守区系列中只能识别出CSB-A和TAS.碱基组成比较发现这3种舌鳎鱼类的AT含量比鲽形目其它鱼类要高.分析认为上述事件可能都是由该类群鱼类控制区的快速进化导致的.所有3种舌鳎的控制区在5'端都存在串联重复序列,每个重复单元中都存在类似于TAS的相关序列,并且重复序列可以形成非常稳定的二级结构.这2种特征为形成线粒体重复序列的非正常延伸机制(Illegitimate elongation model)提供了新的证据,同时,推测了这些舌鳎鱼类重复序列可能的延伸过程.  相似文献   

9.
为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。  相似文献   

10.
刺黄盖鲽是黄盖鲽属中最重要的经济鱼种,也是东白令海鲽科鱼类中产量最高的鱼种。其分布于北美南部海岸到不列颠哥仑比亚北部水域,但它在阿拉斯加湾未能形成商业性渔业。在太平洋西北部水域,则分布于从阿纳德尔湾(Gulf of Anadyr)至朝鲜东海岸附近,并且在堪察加半岛西海岸及鄂霍茨克海的一些海域形成商业性渔场。过去美国、苏联、日本等国的渔业科学家对该鱼做了不少研究,但在国内除了对黄盖鲽(Pseudoplcuronectes yokokamae)开展过生物学研究外,对刺黄盖鲽还未进行过调查研究。故笔者拟将参加“烟运二号”生产实践和考察中搜集的刺黄盖鲽资料整理如下,以供参考。  相似文献   

11.
基于DNA条形码研究中国枪乌贼和鸢乌贼的食物种类组成*   总被引:1,自引:0,他引:1  
中国枪乌贼(Uroteuthis chinensis)和鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)作为中国南海头足类的关键种, 对海洋生态系统的物质流动与能量循环具有重要影响, 其摄食生态的研究将对海洋食物网的构建具有重要意义。由于传统胃含物分析法难以准确鉴定糜状饵料生物的组成, 本研究利用DNA条码技术, 针对中国枪乌贼和鸢乌贼不可辨认的食物糜提取组织DNA, 选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基I(Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I, COI)作为分子标记, 获得的序列在Genbank中进行比对分析, 并使用GMYC(Generalized Mixed Yule Coalescent)模型进行物种界定和构建系统进化关系。结果成功鉴定出中国枪乌贼饵料物种有13种, 鸢乌贼饵料物种有8种, 共20种(其中1种为共有饵料)。比较发现, 汕头-台湾浅滩渔场的中国枪乌贼主要摄食鱼类、甲壳类和头足类, 而南海中部海域鸢乌贼则主要摄食鱼类和头足类。两物种均存在同类相食现象, 但鸢乌贼表现更明显。  相似文献   

12.
海南琼北活火山作为华南沿海重要的第四纪火山, 一直受到国内外学者的广泛关注, 目前对该火山的形成演化已开展了大量深部地质结构的研究, 但对其表层地质结构特征仍然缺乏详细了解。水平-垂直频谱比法(简称H/V方法)已被广泛应用于浅表层地质结构的研究, 本文基于35个便携式微功耗地震仪组成的流动台阵观测数据, 采用经典全波场H/V(full)和瑞利波椭圆率H/V(Ray)分析方法, 获得了琼北火山区H/V曲线峰值频率(F0)和放大倍数(A0)的空间变化特征。琼北火山区H/V曲线峰值频率变化强烈, 以长流-仙沟断裂为界, 断裂西南侧很难从H/V曲线中获取清晰的F0A0, 而断裂东北侧则存在明显的F0A0。结合已有地质资料, 本文认为长流-仙沟断裂西南侧处于凹陷区, 其浅表层火山岩未发生明显的风化作用, 而东北侧位于隆起区域, 地表火山岩受到了比较严重的风化作用。这一研究结果表明, H/V方法可反映表层火山岩的风化状态, 火山岩出露场地H/V曲线的峰值频率和放大倍数随风化作用程度的增强而表现得更加明显。本研究为琼北火山区浅表火山岩风化状态和地震危险性评估提供了重要的信息支撑。  相似文献   

13.
本文通过构建克隆文库和基因测序的方法研究了西南印度洋真光层海水中固氮细菌nifH基因的多样性。从构建的2个nifH基因克隆文库中共获得76条有效序列,其中46条来自CTD13-30 m文库,分属10个OTUs;30条来自CTD13-125 m文库,分属8个OTUs。系统发育分析结果显示,研究站位nifH基因序列主要分布于Cluster I和Cluster III两个分支,其中Cluster I中包含蓝细菌和变形菌两个分支,蓝细菌以Group B为优势类群,并未获得束毛藻和Group A的nifH基因序列。此外还有少数nifH基因序列分布于Cluster II。总体来看,西南印度洋固氮生物基因与大西洋的亲缘关系更近;固氮生物的多样性较为丰富,受环境条件的影响,群落结构与其它热带、亚热带寡营养海域具有明显的不同。  相似文献   

14.
植物根际微生物群落能够从亲本传递给子代, 从而影响植物的表型。野外调查发现, 海桑属(Sonneratia)红树植物自然杂交杂种拟海桑在野外通常比亲本生长更为强壮, 表现出极强的生存优势。为探究这一现象的原因, 本研究从根际微生物角度出发, 利用细菌16S rRNA基因高通量测序技术, 对采自海南省东寨港的三种红树植物拟海桑(S. × gulngai)及其亲本海桑(S. caseolaris)和杯萼海桑(S. alba)的根际土壤进行根际细菌群落特征分析。结果表明, 三种红树植物根际细菌群落多样性高, 种类丰富, 分属于30门242科351属, 其中变形菌门(Proteobacteria)为最优势门, 在各个样本中丰度超过40%, 子代拟海桑继承亲本的根际微生物多数都属于这一类群。研究发现, 子代拟海桑与两亲本的根际细菌类群组成在门水平存在显著差异, 其中酸杆菌门(Acidobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)在子代拟海桑中丰度分别为4.3%和6.5%, 显著高于亲本1%~2%的含量; 在亲本杯萼海桑中, 丰度高达19.8%的栖热菌门(Thermi)在子代中丰度仅有1%, 而热袍菌门(Thermotogae)(5%)甚至消失。总之, 子代拟海桑与亲本杯萼海桑的根际微生物群落组成相对于亲本海桑表现出更大的差异性。土壤理化性质分析发现, 子代拟海桑的土壤全氮(total nitrogen, TN)含量显著低于亲本, 含量相差3倍以上, 相关性分析表明, TN浓度与菌群中的浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)丰度显著负相关。通过功能预测分析发现, 子代拟海桑微生物群落中与基础代谢相关的碳水化合物、氨基酸、能量以及脂质代谢相关的功能基因丰度显著都高于亲本, 表现出代谢能力的增强。本研究认为, 子代拟海桑对亲本的根际土壤微生物进行了选择性继承, 菌群组成更为合理, 在保持菌群高度多样性的同时, 一些根际促生菌的含量增加, 使菌群基础代谢能力增加, 更有利于子代拟海桑的生长。  相似文献   

15.
Here, we sequenced the complete mitogenome of Parasesarma eumolpe (Brachyura: Grapsoidea: Sesarmidae) for the first time. The characteristics of this newly sequenced mitogenome were described and compared with other Sesarmidae species. The 15 646-bp mitogenome contains 13 protein-coding genes (PCGs), two ribosomal RNA genes (rRNAs), 22 transfer RNA genes (tRNAs), and an A-T rich region. All of the PCGs are initiated by the start codon ATN and terminated by the standard TAN codon or an incomplete T. The pairwise Ka/Ks ratio analysis shows that all 13 PCGs are under purifying selection, whereas the ATP8 gene is an outlier, with pairwise comparison values ranging from neutral selection (0.000) to positive selection (1.039). The gene arrangement of P. eumolpe compared with ancestral Decapoda shows the translocation of two tRNAs (tRNA-His and tRNA-Gln), which is identical to other Sesarmidae species. Phylogenetic analyses show that all Sesarmidae species are placed into one group, and the polyphyly of Eriphioidea, Ocypodoidea, and Grapsoidea is well supported. The relationship between gaps in the QIM region and the phylogeny of Sesarmidae is analyzed. It is obvious that both the G5 (the gap between Q and I) and G6 (the gap between I and M) decrease progressively with the evolution process. These results will help to better understand the genomic evolution within Sesarmidae and provide insights into the phylogeny of Brachyura.  相似文献   

16.
The mitochondrial genome (mitogenome) of hybrid grouper Epinephelus moara (♀)×Epinephelus tukula (♂), a new hybrid progeny, can provide valuable information for analyzing phylogeny and molecular evolution. In this study, the mitogenome was analyzed using PCR amplification and sequenced, then the phylogenetic relationship of E. moara (♀)×E. tukula (♂) and 35 other species were constructed using Maximum Likelihood and Neighbor-Joining methods with the nucleotide sequences of 13 conserved protein-coding genes (PCGs). The complete mitogenome of E. moara (♀)×E. tukula (♂) was 16 695 bp in length, which contained 13 PCGs, 2 rRNA genes, 22 tRNA genes, a replication origin and a control region. The composition and order of these genes were consistent with most other vertebrates. Of the 13 PCGs, 12 PCGs were encoded on the heavy strand, and ND6 was encoded on the light strand. The mitogenome of the E. moara (♀)×E. tukula (♂) had a higher AT nucleotide content, a positive AT-skew and a negative GC-skew. All protein initiation codons were ATG, except for COX and ND4 (GTG), ATP6 (CTG), and ND3 (ATA). ND2, COXII, ND3, ND4 and Cytb had T as the terminating codon, COXIII’s termination codon was TA, and the remaining PCGs of that were TAA. All tRNA genes, except for the lacking DHU-arm of tRNASer (AGN), were predicted to form a typical cloverleaf secondary structure. In addition, sequence similarity analysis (99% identity) and phylogenetic analysis (100% bootstrap value) indicated that the mitochondrial genome was maternally inherited. This study provides mitogenome data for studying genetic, phylogenetic relationships and breeding of grouper.  相似文献   

17.
浙江洞头栽培的羊栖菜具有不同来源,通过定期测定5种不同品系羊栖菜(原始采集地分别是韩国、浙江洞头、浙江南麂列岛、浙江东极岛及广东汕头)的栽培性状,发现在生长阶段后期,各品系在株重和株高方面都存在显著性差异,原始亲本引自韩国的羊栖菜品系较其他品系具有更好的生长优势,可作为育苗选种目标品系。利用ISSR分子标记技术对这5种羊栖菜品系进行遗传多样性分析,结果显示,从36条引物中筛选出的11条引物,经PCR扩增得到219条羊栖菜DNA片段,其中多态性片段为129条,多态性条带比率达58.9%;5个羊栖菜品系之间的遗传距离为0.151 0~0.382 4,且聚在一起,同属的鼠尾藻在最外群。本研究从DNA分子水平上揭示了目前洞头养殖的羊栖菜品系遗传多态性偏低,为今后开展羊栖菜种质资源保护及其优良苗种的选育提供了一定的理论参考。  相似文献   

18.
大角玻璃钩虾Hyale grandicornis是我国沿海潮间带常见的藻栖甲壳动物, 但目前关于其与栖息海藻的作用关系极少报道。2016年2—5月在大亚湾岩礁潮间带采集了石莼Ulva lactuca和半叶马尾藻变种Sargassum hemiphyllum var. chinense海藻, 结果显示大角玻璃钩虾在两种海藻丛中均有分布, 其中在石莼藻丛中分布的钩虾个体数量、平均体长和平均体重均大于在半叶马尾藻藻丛中。在半叶马尾藻藻丛中, 大角玻璃钩虾种群的性比、抱卵雌性比例和幼体比例相对较高, 而性成熟体长、抱卵雌性体长和卵粒体积则相对较小。研究表明, 大角玻璃钩虾在两种海藻中的种群分布与繁殖特征存在着差异, 可能受到栖息海藻形态结构及其生境等因素的影响。  相似文献   

19.
本研究预测naa cluster中的naaB基因负责催化烟酸到6-羟基烟酸的反应。通过对NaaB的蛋白序列进行分析,发现该酶含有三个亚基,分别由naaBL1、naaBS、naaBL2基因编码,其中naaBL1和naaBL2分别编码2个含有钼辅因子结合结构的大亚基,naaBS基因编码一个含有[2Fe-2S]簇的小亚基。本研究对naaB基因进行了克隆,将构建的重组质粒pME6032-naaBL1SL2分别转化到无色杆菌(Achromobacter sp.)和大肠杆菌(Escherichia coli)中,通过HPLC和LC-MS检测验证了NaaB负责催化烟酸到6-羟基烟酸,并且在无色杆菌和大肠杆菌中NaaB均能够转化烟酸,这与之前报道烟酸羟化酶不能在大肠杆菌表达的结果不同,说明NaaB的基因编码和催化功能具有独特性。通过序列分析推测NaaB的这一特性可能跟该酶同时含有两个钼结合结构域的大亚基有关。  相似文献   

20.
以粤港澳大湾区中山市及其邻近水域河网水体为试验区, 同步采集现场光谱及水质数据, 研究受测水体的高光谱反射率特征, 并分析非光学活性参数中化学需氧量(CODCr)、总磷(TP)浓度与高光谱反射率的相关性。结果显示, 各河流水体光谱反射率主要受悬浮颗粒物和叶绿素a的影响; 在500~680nm波段范围内, 水体光谱反射率大小与CODCr、TP浓度呈负相关关系; 与单波段相比, 特定波段的反射率比值与CODCr、TP浓度值的相关性较高, 与CODCr、TP浓度值相关性最高的反射率比值波段组合分别为R675/R794R690/R815。选择上述波段组合建立的水质反演模型具有良好的估算精度, 模型估算平均相对误差分别为27.2%、32.1%, 表明高光谱技术在珠江口河网水体非光学活性参数CODCr、TP浓度反演上具有较大的应用潜景。  相似文献   

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