黑脊倒刺鲃线粒体DNA多样性分析

黑脊倒刺鲃(Spinibarbus caldwelli)是分布于中国南方各水系,具有重要经济价值鱼类.文中对来自赣江、九龙江、漓江等3水系的瑞金、长泰、桂林等3个黑脊倒刺鲃种群共61个样品的线粒体DNA细胞色素b基因(mtDNA cyt b)进行PCR扩增和测序,对序列进行分析.结果发现,在全长(1 141 bp)cyt b 共检测到45个变异位点,61个样品分属16个单倍型,与其它鲤科鱼类比较,黑脊倒刺鲃的遗传多样性水平比较低.分子方差分析(AMOVA)及系统发育分析显示,瑞金和长泰种群没有显著遗传差异,而它们与桂林种群存在显著遗传分化,提示黑脊倒刺鲃可能存在多个地理种群.     

基于线粒体细胞色素b基因的光倒刺鲃遗传多样性与遗传结构研究

光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是华南地区重要的经济鱼类,现已成为重要的养殖鱼类之一。为了解光倒刺鲃的遗传多样性及遗传结构特征,作者对8个水系共191尾样本的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列进行了测定与分析。在所有序列中,共有51个变异位点,共检测出16个单倍型,单倍型多样性为0.761,核苷酸多样性为0.012。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,所有种群合聚为两大支,其中资江、钱塘江、郁江和柳江的全部样本以及北江、赣江和九龙江的部分样本组成了Ⅰ支,而东江水系的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本则组成了Ⅱ支。单倍型网络图显示,东江的全部单倍型与北江及赣江的部分单倍型有着较近的亲缘关系,而与其他单倍型发生了较大的遗传分化;而九龙江种群内部不同的单倍型间亦有着较大的遗传差异;北江的部分单倍型、柳江及郁江种群的全部单倍型与资江、钱塘江的全部单倍型、赣江和九龙江的部分单倍型之间的亲缘关系亦较为密切。我们推测光倒刺鲃存在两个扩散中心:西江、北江水系扩散中心及东江水系扩散中心。其扩散路径为:西江及北江水系的种群往北向长江水系扩散,长江种群然后往钱塘江及九龙江等水系扩散;东江水系的种群扩散路径可分为3支,一支往北向长江水系扩散,一支往西向北江水系扩散,一支往东向九龙江等水系扩散。AMOVA分析表明,光倒刺鲃地理区之间变异占1.61%,地理区内种群间约占56.47%,种群内的变异占45.14%。错配分析及中性检验显示,全部种群、各个种群在历史上均没有发生过明显的扩张。本研究结果可为光倒刺鲃种质资源保护和利用提供科学依据。     

黄、渤海地区青蛤(Cyclina sinensis)种群的ITS序列遗传变异与遗传结构分析

利用核糖体RNA的转录间隔区（ITS1）序列分析方法，以日本青蛤种群为外群，初步讨论了黄、渤海地区6个野生青蛤种群遗传变异和遗传结构。采用AMOVA方法对获得的24种单倍型序列进行了遗传变异水平和等级剖分。结果表明，ITS序列核酸多态性参数Pi为0．01973，Eta值为0．04624。青蛤各种群内的遗传变异水平较高，约占总变异的37．8％。但遗传变异的主要来源于不同组团（日本海与黄、渤海），其变异达到总量的61．36％。黄、渤海地区青蛤种群间的遗传距离在0．00311-0．14914之间，P检验没有出现显著差别，说明该地区青蛤种群没有出现遗传分化，并存在7种共享单倍型序列，种群间有一定的基因交流。日本种群与黄、渤海地区各种群的遗传距离在0．44803-0．54122之间，经P检验均出现了显著性差异，形成了明显的地理隔离及遗传分化格局。     

基于线粒体DNA细胞色素b序列分析3个条纹斑竹鲨群体的遗传结构和遗传分化

测定和分析了广东、福建、海南3个不同地理群体共71尾条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum的线粒体细胞色素b(mtDNA cyt b)全序列.结果表明,条纹斑竹鲨cyt b基因全长1146bp,具15个单倍型.较低的核苷酸多样性(π=0.00254)及单倍型多样性(h = 0.7195)提示条纹斑竹鲨线粒体DNA的进化速率较慢.各群体内的Tajima's D检验的结果均不显著(P>0.10),表明各群体进化过程中未出现扩张和持续增长,群体大小维持稳定.NJ树和单倍型网络图结果表明较早出现的是广东群体,福建群体较晚出现.通过计算其遗传距离值、估算其基因流(Nm) 及进行AMOVA 分析,均显示福建群体与海南和广东群体的分化最远,而海南及广东群体间分化不明显.研究表明距离隔离是条纹斑竹鲨福建、广东和海南群体遗传分化的重要因素.     

中国近海带鱼种群生化遗传结构及其鉴别的研究

用淀粉胶和聚丙烯酰胺凝胶电泳，分析了中国近海带鱼（Ｔｒｉｃｈｉｕｒｕｓ）９个取样群体４７２尾鱼的１１种同工酶．并对它们进行了生化遗传分析，共记录出２４个基因座位．各取样群体遗传相似度和遗传距离的计算表明，中国近海的带鱼不是过去认为的一个种、３～５个种群，而是存在３个不同的种８个种群．     

基于COI序列分析东海区四指马鲅（Eleuther onema tetradactylum）的种群遗传结构

采用COI基因片段研究了东海区象山（xs）、乐清（YQ）和宁德（ND）三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平,但整体上,三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明,三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现,YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起,而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传差异主要来自于群体内部（79．66％）。     

3个花鳗鲡地理种群的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术首次对澳大利亚、海南岛和菲律宾3个：仲群的共60尾花鳗鲡（Anguillamarmorata）幼鱼样品进行了遗传多样性分析。4对选择性扩增引物共扩增得到180个位点,平均每对引物扩增出45个位点。澳大利亚、海南岛和菲律宾3个种群的多态位点分别为78．33％、79．44％和84．44％,Nei’s...     

基于线粒体DNA控制区高变区的黄河流域光泽黄颡鱼群体遗传学分析

光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)是广泛分布在我国黑龙江至闽江水系的一种中小型经济鱼类。为了解黄河水系光泽黄颡鱼群体遗传变异规律,本研究采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自黄河水系光泽黄颡鱼样品进行分析。研究显示:光泽黄颡鱼3个群体的单倍型多样度为0.682 8±0.043 7~0.753 6±0.056 2,核苷酸多样度为0.002 5±0.001 9~0.003 4±0.002 4,整体上呈中等程度的遗传多样性水平。以长须黄颡鱼的3个单倍型为外群,构建了光泽黄颡鱼5个单倍型的邻接关系树,结果显示2种黄颡鱼分别聚为2个分支,2个分支间的净遗传距离为0.109。3个群体间的遗传分化指数FST值为-0.030 2~0.003 8,且统计检验的结果均不显著,表现出较小的遗传分化。动态历史分析结果表明,光泽黄颡鱼表现出经历过近期的瓶颈效应事件。研究结果提示,黄河流域的光泽黄颡鱼在遗传管理上应作为一个管理单元进行管理,中等的遗传多样度及近期有效种群数量的瓶颈效应则提示我们应加大对黄河流域光泽黄颡鱼的保护。     

官井洋野生与养殖大黄鱼同工酶的研究

应用矣丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）法对取自福建宁德官井洋海区养殖群体和野生种群各20尾大黄鱼的9种同工酶15个基因座位于检测分析，结果表明，大黄鱼眼球中浮酸脱氢酶（LDH）酶谱表现为LDH的经典模式即有5种谱型LDH，在氙检测出的15个基因座位中，野生种群样品的编码苹果酸怪酶(sMDH)，苹果酸酶（ME）和琥珀酸脱氢酶（IDDH－1）的3个基因座位具有多态性，养殖群体中仅发现1个基因座位具有多态性（IDDH－1）所检测的野生种群比养殖群体的遗传变异水平高，但从总体上平高，但从总体上来说，官井洋大黄鱼遗传多样性相对较低，表明该种群已出现了种质退化现象，因此，进行科学的遗传管理对保护和恢复大黄鱼资源是相当必要的。     

拖网选择性对鱼类表型性状的选择作用研究

参照渔业生物学、渔业资源解析学、数量遗传学等有关理论模型，并应用数值模拟方法，对长期选择性捕捞（重点为渔具选择性）是否参与造成了渔业资源的生物学变化（体长、性成熟等）进行某些基础性探索。设计了一个具有一定体长遗传特征的模拟鱼类种群，并利用一种具有固定选择性参数的拖网对其进行长期捕捞。结果表明，多年的持续的捕捞压力使得模拟种群中鱼类体长逐渐减小，减小的幅度随开发率的增大而增大，而终止捕捞后种群的体长并没有发生恢复的迹象，说明这种变化很可能伴随种群遗传的变化，具有自然不可逆性。     

微型DNA条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究

以台湾海峡11目38科66属85种355个鱼类样品为研究对象，选取线粒体COⅠ基因中长为313 bp的序列为微型条形码，探讨微型DNA条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。共获取355条基因序列，序列中T、C、A、G碱基的平均含量占比分别为29.50%、30.10%、24.90%和15.50%；AT含量占比均高于50%。样品种内、种间、属间、科间和目间的K2P （Kimrua 2 Parameter）遗传距离分别为0.37%、18.10%、22.10%、25.40%和27.80%，遗传距离随着分类阶元的提高而增大，种间遗传距离是种内遗传距离的49倍，表明该微型DNA条形码可用于鱼类的分类鉴定，可有助于渔业资源调查和生物多样性保护。     

中国东南沿海地区球状伪镖水蚤种群遗传多样性及遗传结构研究

为了探究球状伪镖水蚤群体的遗传多样性及其遗传结构，本研究以线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ（mtCOⅠ）基因作为分子标记，提取了中国东南沿海地区5个采样点135只球状伪镖水蚤个体的基因组DNA并进行分析。结果表明：在获得的580bp的COⅠ基因序列中，碱基A+T的平均含量为63.4%，明显高于G+C的含量（36.6%），显示出较强的AT偏好性。5个采样群体共检测到49个多态位点和38个单倍型，单倍型多样性指数（h：0.6285—0.9214）和核苷酸多样性指数（π：0.00766—0.02010）均处于较高水平，各群体之间遗传距离为0.009—0.031。系统进化树和单倍型网络图显示：5个采样群体聚成多个支系；除广州与顺德、上海与无锡以外，其他各采样群体之间均具有显著遗传分化；5个采样群体可以划分为3个种群。中性检验和核苷酸不配对分布显示，各种群均未经历过种群扩张事件。     

基于D-LOOP基因的中国沿海鳓鱼(Ilisha elongata)种群遗传结构研究

采用线粒体控制区基因序列测定技术，分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明，我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性，在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型，单倍型多样性指数（H）高达0．964—1．000，平均核苷酸多样性指数（Pi）高达0．0100—0．0152，鳓鱼种群的多样性还表现在线粒体控制区的序列长短上，研究表明，鳓鱼线粒体控制区存在一个40bp长度的重复序列，依据重复次数的多寡而造成鳓鱼个体间的显著差异；对鳓鱼群体的遗传结构进行检测发现，我国鳓鱼群体内部存在明显的遗传分化，青岛群体与广州、厦门、舟山3个群体之间分化系数Fst达0．5284（P〈0．01），群体间基因流则仅有0．4463，而3个群体内部则基因流明显；AMOVA检测和聚类分析也证实了上述观点，遗传距离分析表明青岛群体和其它3个群体净遗传距离达到0．034，仍属于种内群体之间的分化水平，依据分子钟理论推断两群体间的分化时间为更新世晚期，可能由更新世晚期海平面的反复升降导致了这两个类群的隔离与分化，并依靠鳓鱼本身的生物学特性维持至今。     

黄、东海精致真刺水蚤种群遗传结构研究

采用等位酶技术分析了黄海中南部、东海陆架区3个站住的精致真剌水蚤(Euchaeta concinna)的苹果酸脱氢酶(MDH)、苹果酸酶(ME)和山梨醇脱氢酶(SDH)3个酶4个多态住点。生化遗传结构和遗传分化分析表明，3个站住样品的MDH基因型差异明显，不同站住间精致真刺水蚤平均遗传距离(D）为0．0768，平均遗传相似性（I)为0.9259。黄海南部(E3站住)和东海陆架区(E7站位)的精致真刺水蚤之间的D为0.0791；黄海中部(E2站位)与南部(E3站位)之间的D为0.067l。由此推论栖息于黄海和东海的精致真刺水蚤种群之间存在一定程度的遗传分化。     

广西地区文蛤的遗传多样性研究

以随机扩增多态性DNA（RAPD）研究广西的山口、北海、犀牛角、东兴的文蛤种群的遗传多样性。结果表明，在筛选的60个引物中，23个呈阳性反应，其中10个引物可产生105条稳定、清晰的带。山口、北海、犀牛角、东兴的文蛤种群的遗传多样性指数分别为0.1995,0.2039，0.1773,0.1936；多态位点比例分别为86.32%，90.63%,81.05%,88.00%,4个种群间的遗传距离在0.050～0.070之间，相邻种群的遗传差距较小。除犀牛角种群以外，其它3个种群的遗传变异水平较高。     

橙色莫桑比克罗非鱼和荷那龙罗非鱼的AFLP分析

运用AFLP分子标记技术检测了橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）和荷那龙罗非鱼（Oreochromis hornorum）的种群遗传多样性。提取2种鱼的基因组DNA，经EcoR Ⅰ和Mse Ⅰ限制性内切酶酶切并加接头，从16对选扩引物组合中选出3对扩增结果较好的引物进行PCR扩增。扩增产物经PAGE胶电泳、银染，检测其多态性。3对引物在2种罗非鱼的40个个体中共扩增出94条带，其中多态性条带76条，占总扩增条带的80．9％，2个群体的多态性条带比例分别为71．6％和52．4％。根据Nei氏（1978）统计分析得出橙色莫桑比克罗非鱼种群内遗传相似系数为0．765。荷那龙罗非鱼的为0，821，表明2个罗非鱼种群均具有较高的遗传多样性，橙色莫桑比克罗非鱼种群内遗传多样性相对更高些。2种罗非鱼的种间遗传距离为0．279，推测该杂交组合可能具有杂种优势。     

无瓣海桑引种种群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR（inter—simple sequence repeat）分子标记技术对采白海南和深圳的2个无瓣海桑Sonneratia a petala种群共45个个体进行了遗传变异分析。11个ISSR引物共扩增出196条带,其中128条具多态性,多态位点百分率为65．31％。在种群水平上多态位点百分率为48．47％。Nei的基因多样性、Shannon信息指数在物种水平上分别为0．1556和0．2441,在种群水平上分别为0．1403和0．2142。无瓣海桑从海南引种到深圳后,遗传多样性水平有所降低。依据Nei的基因分化系数和AMOVA（analysis of molecular variance）分析结果,无瓣海桑种群间发生了一定的遗传分化,但绝大多数遗传变异发生在种群内的个体间。种群间遗传一致度为0．9645,遗传距离为0．0362。UPGMA聚类分析表明,来自同一种群的个体一般都聚在一起。     

我国沿海鼠尾藻（Sargassum thunbergii）遗传资源RAPD分析

采用RAPD分子标记技术分析了我国沿海五个海区（大连、威海、青岛、温州、福州）鼠尾藻种群的遗传多样性。从60条随机引物中筛选出21条引物,对五个鼠尾藻种群共150份DNA样本进行了扩增,共检测到207个有效位点,多态位点达89．5％,Nei基因多样性指数（H）为0．2966,Shannon信息指数（I）为0．4508;...     

翡翠贻贝3个野生种群遗传多样性分析

采用表型性状、RAPD和ISSR分子标记对取自广西北海、广东湛江和汕尾的3个翡翠贻贝Perna viridis种群进行遗传多样性分析。翡翠贻贝种群间表型性状(壳长、壳高、壳宽、软体部重、体重和肥满度指数)存在显著的差异(p<0.05)。11个RAPD引物共扩增出114条带,扩增片断大小为237—2099 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为57.14%—60.78%和0.174 8—0.190 1。10个ISSR引物共扩增出134条带,扩增片断大小为218—2 695 bp,种群的多态性位点比例和遗传多样性指数分别为72.48%—75.22%和0.245 7—0.253 4。RAPD和ISSR分析都表明汕尾与北海翡翠贻贝种群间的遗传距离最大。结果表明,(1)翡翠贻贝种群具有较高的遗传多样性;(2)RAPD与ISSR标记适合于翡翠贻贝遗传多样性分析,但ISSR比RAPD能检测到种群间更高的遗传变异。     

凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）不同世代养殖群体的遗传多样性分析

采用微卫星位点对凡纳滨对虾的海南群体（进口亲虾繁育的第1世代：G1）、山东和饶平群体（G2）、湛江2和湛江3群体（G3）、湛江1和上海群体（G4）共4个世代7个养殖群体的遗传多样性进行了分析。从21对微卫星引物中筛选出12对有效扩增引物，对7个群体共280个个体进行扩增，得到10个多态位点，共获得等位基因数63个。各位点的等位基因数在2-15个之间，各群体的平均等位基因数在4．70—5．80之间。平均观测（期望）杂合度在0.36—0．43（0．53—0．65）之间。杂合子偏离指数（D）为负值，表明存在杂合子缺失现象。对7个群体、10个多态位点进行Hardy—Weinberng平衡检测，共有54个偏离平衡。对7个群体间的遗传分化水平进行检测，得到近交系数FIS在9个多态位点均为正值，两两群体间的固定指数FST值在0．149-O．375之间。FST显著性检验表明，各群体之间的遗传分化极显著（P〈0．01）。分子方差分析结果显示，大部分遗传变异（72．17％）来自于群体内，来自于群体间的遗传变异（27．83％）较小。凡纳滨对虾不同世代间遗传变异大，随着繁育世代的增加，遗传多样性降低。