红翎菜科4种海藻ITS和rbcL序列的分子系统学研究

通过PCR扩增基因片段的方法测定了红翎菜科琼枝属(Betaphycus)、卡帕藻属(Kappaphycus)和麒麟菜属(Eucheuma)4种海藻共19株个体的核糖体基因转录间隔区(ITS)(含5.8SrDNA)和核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶基因大亚基(rbcL)全长基因序列。其中rbcL全长序列为首次测定,为从蛋白质水平探讨红翎菜科分子系统进化提供了可靠的保证。琼枝属、卡帕藻属、麒麟菜属ITS序列长度分别为1 024、629~669、1 001bp,GC含量在45.6%~52%之间;rbcL序列长度均为1 467bp,GC含量在37.1%~37.6%之间。结合GenBank中现有的红翎菜科海藻ITS和rbcL序列进行系统进化分析,2个片段聚类结果均明显的将所有样品分为琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属3大分支,表现出明显的属间差异。本研究的11株长心卡帕藻根据ITS序列差异分成明显2种类型,推测这2种类型长心卡帕藻的ITS序列差异与其地理环境、无性繁殖时间(代数)和藻体颜色无关。     

四种红翎菜科红藻的分子系统学研究

红翎菜科海藻藻体形态结构多样,部分个体在长期进化过程中发生了形态特征的变异,其分类学一直是研究的热点和难点。本研究选取了23Sribosomal RNA gene(UPA)、cox2-3和rbc spacer 3个片段运用PCR扩增的方法研究了红翎菜科4种海藻的序列结构特征,结果表明琼枝、卡帕藻属2种海藻和麒麟菜的UPA长度均为326bp,GC含量46.0%～46.3%;cox2-3序列长度分别为141、139和141bp,GC含量19.3%～23.7%;rbc spacer序列长度分别为93、93和94bp,GC含量22.3%～23.7%。利用PAUP软件分别用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和最大简约法(MP)对红翎菜科海藻进行系统发育分析,结果表明3个属海藻均可以通过UPA、cox2-3和rbc spacer 3个片段得到有效的区分,并且这3个片段也均可进一步将卡帕藻属2个种区分开来。本文在分析基因片段的基础上,比较了3个属不同物种间的信息位点,为分子系统学研究提供了一定的数据支持。     

丹江口水库赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了丹江口水库野生赤眼鳟30个个体的遗传多样性。用11个RAPD引物对其基因组DNA进行扩增,共获得101个重复性好且谱带清晰的扩增位点,片段大小在100—3000bp之间,其中多态性位点63个,多态位点比例为62.38%;个体间遗传距离在0.1049—0.3417之间,平均为0.1742。用10个ISSR引物共检测到88个位点,其中多态性位点61个,多态位点比例为69.32%;个体间遗传距离在0.1088—0.3847之间,平均为0.1907。结果显示,丹江口水库野生赤眼鳟群体的多态位点比例和平均遗传距离均较大,说明其有较高的遗传多样性。     

丹江口水库翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis)遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了丹江口水库野生翘嘴红鲌30个个体的遗传多样性.用10个RAPD引物对其基因组DNA进行扩增,共获得66个重复性好且谱带清晰的扩增位点,片段大小在200--2000bp之间,其中多态性位点24个,多态位点比例为36.36%;个体间遗传距离在0.0338-0.1426之间,平均为0.0941;Shannon信息指数为0.1083.用10个ISSR引物共检测到73个位点,其中多态性位点28个,多态位点比例38.36%;个体间遗传距离在0.0376-O.1652之间.平均为0.1058;Shannon信息指数为0.1196.结果显示,丹江口水库野生翘嘴红鲌的多态位点比例、平均遗传距离和Shannon信息指数均较大,说明其有较丰富的遗传多样性.     

翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis Bleeker)种群遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对翘嘴红鲌养殖群体进行了DNA多态性检测.共采用40个随机引物进行扩增,其中14个引物可获得清晰且重复性好的扩增图谱,共扩增出121个RAPD位点,具有多态现象的位点为40个,多态位点比例为33.06%.翘嘴红鲌群体的遗传相似系数为 0.8878-0.9600,平均为0.9201,遗传变异度为0.0799.Shannon多样性指数为10.8824,Shannon多样性值为0.0899.研究表明,翘嘴红鲌目前的种质资源状况令人堪忧,改变目前人工繁育模式,建立原种、良种场,丰富物种遗传多样性是资源保护的基础.     

短蛸(Octopus ocellatus)四个地理群体遗传特性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对我国北方近海短蛸的遗传多样性进行分析。采用6对AFLP引物组合对4个群体(大连、烟台、青岛、连云港)120个个体进行扩增,其中每对引物扩增位点数在42—66之间,共得到303个扩增位点。4个群体内的多态位点比例为62.03%—67.93%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2353—0.2617,Shannon多样性指数(I)为0.3497—0.3863,群体间的遗传距离为0.0497—0.085;大连群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体Nei’s基因多样性指数均高于其它三个群体。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,大连群体与烟台群体聚到一起,青岛群体与连云港群体聚到一起,显示群体间具有典型的地理特征,但群体间存在遗传渗透。分子变异分析(AMOVA)结果表明,短蛸群体88.28%的变异来源于群体内,群体间的变异占11.72%,显示短蛸的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已经有了一定程度的遗传分化。     

牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析

利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。     

4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析

以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷L. argentimaculatus、红鳍笛鲷L. erythropterus、千年笛鲷L. sebae为研究对象,采用EcoR /ⅠMselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记的开发和筛选,并对其进行遗传多样性分析.从50对引物中筛选适合4种笛鲷的AFLP引物,其中勒氏笛鲷筛选出24对,获得位点1431个,多态位点比例为22.85%;紫红笛鲷筛选出20对,获得位点1370个,多态位点比例为17.08%;红鳍笛鲷筛选出22对,获得位点1403个,多态位点比例为17.18%;千年笛鲷筛选出22对,获得位点1349个,多态位点比例为12.90%.Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个个体之间的平均遗传距离,勒氏笛鲷为0.1035,紫红笛鲷为0.0719,红鳍笛鲷为0.0805,千年笛鲷为0.0572.选取2对引物对4种笛鲷群体间遗传多样性进行分析,获得总位点140个,多态位点104个.4种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773—0.6650,明显高于各笛鲷种群内遗传距离,其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远,为0.6650,勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近,为0.3773.     

大刺鳅(Mastacembelus armatus)二、三、四碱基重复微卫星标记的筛选和特征分析

对大刺鳅(Mastacembelus armatus)进行简化基因组测序,开发二、三、四碱基重复类型的微卫星引物共105对(重复次数≥6),其中可稳定扩增的引物有50对(47.6%),通过多态性分析,发现有38个微卫星位点表现出多态性,从中随机选取三种重复类型微卫星各10对对北江群体进行遗传多样性分析,及各6对对澜沧江大刺鳅群体进行遗传多样性分析。结果显示,(1)在大刺鳅中二碱基重复微卫星位点筛选效率为50%,而三、四碱基重复的筛选效率分别为31.1%、35%。(2)北江群体的平均多态信息含量为0.649,比澜沧江群体(0.572)高,30个微卫星位点在北江群体中共检到235个等位基因,且93.3%的引物表现为高度多态水平,18个微卫星位点在澜沧江群体中共检到120个等位基因,66.7%的引物表现为高度多态水平。(3)二碱基重复的微卫星标记在两个野生群体检出的五项多态性指标高于三、四碱基重复。结果表明,二碱基重复的微卫星比三四碱基重复的微卫星具有更高的筛选效率和多态性,北江群体的遗传多样性比澜沧江群体高,本研究所筛选的引物可以应用于群体间遗传多样性分析和遗传图谱的构建,以及亲缘关系的鉴定等方面,为大刺鳅种质资源保护研究奠定分子基础。     

管角螺遗传多样性的AFLP分析

近年来,由于对管角螺的捕捞强度加大,其自然资源大大减少。为进一步了解管角螺的遗传变异和群体结构状况,本文首次利用AFLP(Amplified fragment length polymorphism,扩增片段长度多态性)分子标记技术对我国南方沿海管角螺5个地理群体(连云港、温州、台山、湛江、防城港)进行遗传多样性分析。采用2对AFLP引物组合对管角螺5个群体的150个个体进行扩增,共扩增出310个位点,多态位点277个,多态位点比例为89.35%,基因多态性分别为0.382 4、0.476 6、0.393 8、0.437 4和0.392 8,说明5个群体的遗传多样性存在一定的差异。群体间及群体内遗传分化指数表明,管角螺5个地理群体的遗传变异主要来自于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化。UPGMA(非加权组对平均法)系统树分析表明,湛江和防城港群体间的亲缘关系较近,而台山和温州群体间的亲缘关系较远。     

山东日照和福建厦门沿海花鲈遗传差异的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对来自山东日照和福建厦门沿海花鲈的LDH,MDH,ME,α-GPDH,ADH,SDH,SOD,G-6PDH,EST,GDH等10种同工酶进行检测,共检测出19个基因座位,其中ME-1,G-6-PGH-2,EST-1,EST-5等4个基因座位具有多态性,多态座位比例均为21.1%,两群体的平均杂合度期望值分别为0.1112及0.0939;两群体间的遗传相似度和遗传距离分别为0.9902和0.0098.采用RAPD技术分析了两种群花鲈,从31条随机引物共检测出日照群体263个位点,其中具有多态性的位点占82个,多态位点比例为31.18%;检出厦门群体192个,多态位点46个,多态位点比例为24.08%;两群体间的遗传相似度为0.8338,遗传距离为0.1662.两地花鲈在基因组DNA水平上存在较大的遗传差异.利用随机引物S11,S42,S45,S52和S203,在花鲈两群体间扩增出8条稳定、明显的群体间特异性标记带,为花鲈苗种鉴别、良种培育和种质资源保护提供了遗传依据.     

细基江蓠及其繁枝变种的RAPD和ITS分析

对细基江蓠及其繁枝变种各12个个体进行随机扩增多态性(RAPD)DNA分析,对比多态位点比例、平均杂合度以及遗传距离,并构建UPGMA聚类图;通过PCR扩增出核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS),纯化后直接测序,利用生物信息学方法进行序列分析和核苷酸变异研究.比较分析结果表明,细基江蓠的杂合度和多态位点比例均高于细基江蓠繁枝变种,其遗传多样性相对较丰富;实验中8条随机引物扩增出特异的RAPD带,可用做细基江蓠及其繁枝变种的分子鉴定标记;ITS序列在这两种海藻中变异极小;RAPD和ITS聚类分析研究结果表明,细基江蓠及其繁枝变种均聚集为一枝,与同属不同种的龙须菜和真江蓠分开,提示细基江蓠和及其繁枝变种为同一个种,从而在DNA水平上支持了传统形态分类的观点.     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP 分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)4个野生群体(乳山、无棣、牟平、即墨)进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离为0.0263~0.0448,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

长蛸（Octopus variabilis）不同地理群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术获得长蛸的ISSR-PCR最优反应体系,并对大连、烟台、青岛、连云港、舟山、温州、厦门7个群体168个个体进行遗传多样性分析。结果表明,7个引物在7个群体中共扩增出118条重复性好且带型清晰的ISSR扩增带,其中多态条带为55条,多态性比例达46.61%。在物种水平上的Nei’s基因多样性指数和...     

花鲈皮肤溃疡病抗性和敏感群体的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA技术,对花鲈(Lateolabrax japonicus)皮肤溃疡病抗性和敏感两个群体的遗传多样性进行了研究.从100个10 bp随机引物中筛选出25个随机引物,在两个群体中共扩增了326个位点,抗性群体多态住点比率为44.24%,遗传变异度为0.123 7,Shannon多样性值为0.1149,分别比敏感群体高3.87%,5.82%和2.68%,表明花鲈抗病群体比敏感群体具有更丰富的遗传多样性.25条随机引物中,7条引物在两群体中的扩增结果存在差异,其中S11,S15,S4,S414,S416,S9在抗性群体的扩增结果比敏感群体多1个多态住点,S52多2个多态位点.在这8个特异多态位点中,S52-1,S4-1,S414-6,S9-2在敏感群体中全部出现,呈单态性;S15-5,S11-6,S416-6,S52-5只在抗性群体中出现,出现频率分别为38.5%,30.8%,23.1%和23.1%.说明这8个位点在两群体中存在较大的差异.研究表明,花鲈皮肤溃疡病在遗传上是比较复杂的,并不是简单地与某个遗传标记有关,可能与多个遗传因素相关.     

野生和养殖牙鲆(Paralichthys olivaceus)遗传差异的RAPD和ISSR研究

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了山东威海近海野生和养殖牙鲆的遗传多样性差异。结果表明,用10个RAPD引物对两个样本各30个个体的基因组DNA进行扩增,共获得110个重复性好且带谱清晰的扩增位点,片段大小在200—2500bp之间,野生样本和养殖样本的多态位点比例分别为59.09%和60·91%,Shannon多样性值分别为16·563和16·917,野生样本内平均遗传距离为0·17427,养殖样本为0·17553,样本间遗传距离为0·17419。用6个ISSR引物共在两样本中检测到161个位点,野生样本有111个(68·94%)为多态位点,养殖样本有112个(69·57%)为多态位点,野生和养殖样本的样本内平均遗传距离分别为0·19996和0·20007,样本间遗传距离为0·20002,Shannon多样性值分别为29·254和29·688。平均位点多态率显著性检验标明,无论是利用RAPD还是ISSR技术,两群体间平均位点多态率皆差异不显著,说明第一代养殖群体的遗传结构尚未发生明显变化。     

人工育珠对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)遗传基因影响的初步研究

采用酚-氯仿和试剂盒两种提取法对三角帆蚌怀珠群与非怀珠群各6个个体进行基因组DNA的提取,然后在优化RAPD(随机扩增多态性DNA)检测条件基础上,从80个随机引物中筛选出12个扩增较好且多态性强的引物进行RAPD扩增,产物通过水平板琼脂糖凝胶电泳和垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法进行检验并对DNA的多态性进行分析。结果显示在怀珠群和非怀珠群检测到的位点数、多态位点比例、平均Shannon多态性信息指数、平均Nei's基因多样性指数、群体内个体间平均遗传相似率和平均遗传距离分别为100、33%、0.1927、0.1324、0.904、0.096,95、47.37%、0.2711、0.1879、0.861、0.139,群体间的平均遗传距离为0.821,非怀珠群的变异性大于怀珠群;本研究还获得了两群体各自的特异扩增谱带及两群体间表达差异较大谱带,这些位点很可能是由人工育珠所引起。根据MEGA4.0软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树可直观地将两群体分开。     

山东沿海菲律宾蛤仔不同地理群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对山东沿海菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）4个野生群体（乳山、无棣、牟平、即墨）进行了遗传多样性分析。采用6对引物组合对4个群体进行扩增,共得到356个位点,乳山群体、无棣群体、牟平群体和即墨群体的多态位点比例依次为74.40%、70.50%、72.80%、74.70%,具有较高的遗传多样性水平。其中,即墨群体多态性比例最高,无棣群体多态性比例最低。聚类分析表明,各群体间的遗传距离在0.0263～0.0448之间,乳山群体和无棣群体间的遗传距离最近(0.0263),两群体首先聚在一起,随后与牟平群体和即墨群体聚在一起。     

条纹斑竹鲨5个地理群体的简单重复序列中间区域分析

简单重复序列中间区域(inter-simple sequence repeat,ISSR)是一种微卫星类分子标记。为明确条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)中国群体的遗传多样性和遗传关系,作者利用ISSR技术对福建厦门(XM)、福建平潭(PT)、广东湛江(ZJ)、海南海口(HK)和台湾(TW)5个土著地理群体的条纹斑竹鲨进行了遗传多样性和遗传关系分析。从56对ISSR引物中筛选出13对多态性引物,扩增共获得81个重复性的位点,其中多态性位点57个,多态位点百分率为70.37%。5个群体的多态位点百分率、Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为38.27%~58.02%,0.1353~0.2155和0.2032~0.3193。UPGMA聚类分析表明PT群体首先和XM群体聚类,再与TW群体聚类,最后与ZJ群体和HK群体形成的分支聚类,即形成了与地理距离远近相关的基因交流模式。     

我国沿海鼠尾藻（Sargassum thunbergii）遗传资源RAPD分析

采用RAPD分子标记技术分析了我国沿海五个海区（大连、威海、青岛、温州、福州）鼠尾藻种群的遗传多样性。从60条随机引物中筛选出21条引物,对五个鼠尾藻种群共150份DNA样本进行了扩增,共检测到207个有效位点,多态位点达89．5％,Nei基因多样性指数（H）为0．2966,Shannon信息指数（I）为0．4508;...