分子遗传标记技术在双壳贝类研究中的应用

分子遗传标记是随着分子生物学技术的发展而出现的遗传学标记技术,它突破了形态和细胞水平上遗传标记的局限性,发挥着独特的优势.分子遗传标记目前已出现了几十种,本文主要介绍了同工酶、RFLP、SSR、RAPD这几种常用的分子遗传标记方法在双壳贝类的分类学、遗传多样性研究、遗传育种研究、病理学研究等方面的应用.通过本文可以看出,分子遗传标记多应用在分类学、遗传多样性、遗传育种方面,涉及的种类较广,但主要集中于珠母贝和牡蛎的研究上.     

海洋经济贝类分子遗传标记及其应用的研究进展

摘 分子遗传标记是随着分子生物学技术的发展而出现的遗传标记技术，它突破了形态和细胞水平上遗传标记的局限性，发挥着独特的优势。本文简要介绍了同工酶、RFLP、RAPD、AFLP、mtDNA、SSR等几种常用的分子遗传标记技术方法，并比较了各种技术的优点和局限性；概述了这些遗传标记技术在海洋经济贝类群体遗传结构和变异、遗传分化、遗传育种、种质鉴定、基因定位和构建遗传图谱研究等方面的应用和取得的研究成果。     

用于赤潮藻分子系统学研究的遗传及分子标记

各种遗传标记及分子标记技术被广泛地用于赤潮藻的分子系统学研究,为形态鉴定方法提供了辅助依据,对揭示赤潮生物的多样性有重大的推动作用。通过综述并分析用于赤潮藻分子系统学研究的遗传和分子标记,认为交叉运用各种遗传标记及多种分子标记技术进行分析,是今后快速准确鉴定赤潮藻研究的趋势。     

DNA分子标记在水生动物遗传学上的研究进展

遗传变异是生物的重要特征之一，它决定着生物的存在和发展，因而成为人类一直极力要揭开其奥秘并进行能动性改造的方面之一。随着分子生物学理论和技术的发展，以及与水生生物遗传学的相互渗透，近十几年来，分子标记、基因克隆和基因转移技术取得了惊人的进展，一些新基因目前已稳定地转人多种水生生物中。目前分子标记辅助选择育种和基因转移已成为培育新品种的有效手段。与主要的农作物相比，水生生物大多数性状均表现为数量遗传、个体基因组高度杂合、进行传统的遗传育种非常耗资、费时和费力。分子生物学技术的介入，特别是DNA分子标记技术的发展和应用，对水生动物遗传学研究起到了巨大的推动作用。DNA分子标记大多是以DNA片段的电泳谱带形式表现的。依据其遗传特性，可分为显性和共显性标记两种。依据其在基因组中的出现频率，又可分为低拷贝序列标记和重复序列标记。依其多态性检出所用的分子生物学技术，可分为以Southern杂交技术为基础的分子标记，     

微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用

分子遗传标记的研究一直是遗传学研究中的一个热点。目前 ,各种分子遗传标记的研究在陆地生物学中已深入开展 ,在海洋生物学中分子遗传标记的研究也是方兴未艾。在各种分子遗传标记中 ,微卫星ＤＮＡ标记的研究则受到许多学者的青睐。微卫星ＤＮＡ标记以其特异性的ＰＣＲ扩增、稳定性、重复性好、能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化等特点 ,日益受到研究者的重视。１微卫星ＤＮＡ的概念和特征微卫星ＤＮＡ是指核心序列为１～４个的寡核苷酸经多次重复而形成的串联重复的ＤＮＡ序列 ,如（ＣＡ）ｎ ,（ＴＧ）ｎ等 ,又被称为短串联重复…     

4种养殖扇贝的群体遗传多样性及特异性AFLP标记研究

应用AFLP技术对我国4种主要养殖扇贝进行了遗传分析.虾夷扇贝、海湾扇贝、华贵栉孔扇贝、栉孔扇贝4种养殖扇贝群体中,种内遗传相似度依次分别为0.841 5,0.786 3,0.719 0和0.673 1,香侬氏指数分别为43.52,58.87,80.16和92.83,栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传多样性水平明显高于海湾扇贝和虾夷扇贝;AFLP标记共享位点分布表明,在4种扇贝中栉孔扇贝与华贵栉孔扇贝之间的共享位点最多,同时4种扇贝的种间遗传相似度也以栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝之间为最高(0.769 5),海湾扇贝和虾夷扇贝之间为最低(0.662 6),揭示所研究的几种扇贝中栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传关系最近(遗传距离为0.262 1);找到了21个种内特异性AFLP标记和种间共享标记,可用于种质鉴定和分子辅助分类.     

2种分子标记应用于澄黄滨珊瑚群体遗传多样性研究中的可行性

利用PCR技术对澄黄滨珊瑚的2种分子标记（线粒体细胞色素氧化酶亚基1基因COI和核糖体RNA内转录间隔区基因ITS）进行测序,探讨COI序列和ITS序列在澄黄滨珊瑚（Porites lutea）群体研究中的适用性,并从中选出最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记．结果显示COI序列变异位点少,成对序列差异在群体内、群体间都很小,不适于澄黄滨珊瑚的群体研究;而ITS区序列个体内成对的序列差异仅为0．35％,可以作为研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记;通过对ITS1、ITS2、5．8SrRNA、ITS1＋ITS2及ITS区序列的比较,认为ITS1＋ITS2序列是最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记．本研究为以后研究我国沿岸造礁石珊瑚澄黄滨珊瑚的群体遗传结构提供方法依据,从而为保护管理扣恢复受损珊瑚礁生态系统提供遗传学数据支持．     

分子标记概述及其在藻类中的应用

遗传标记经历了形态标记、细胞学标记、蛋白质标记及DNA标记的四个重要发展历程。纵观遗传学的发展历史,遗传学的发展推动了新型遗传标记的发展,每一种新型遗传标记的发现,均推进了遗传理论与技术的发展。19世纪后期,孟德尔以豌豆为材料,利用7对形态学标记对杂种后代的不同个体依据性状表现进行归类分析,发现了著名的遗传分离规律和独立分配规律。细胞学标记是指能明确显示遗传多态性的细胞学特征,如染色体形态、数目和结构在不同物种中的差异等,可以作为一种遗传标记来进行基因定位。20世纪50年代,人们发现同工酶是一种可用于物种起源与进化研究、种质鉴定、分类等诸多领域的分子标记技术(Markert et al.,1959)20世纪后期以来,DNA分子标记技术不断涌现,相继建立了RFLP(restriction fragment lengthen polymorphisis)、DNA指纹 (DNA fingerprint)，RAPD (random anplified polymophism DNA), AFLP(amplified fragnent lengthen polynorphisn)、微卫星 DNA (microsate llite DNA).SNP(single nucleotide polymorphisn)等专门的技术，在生物研究中得以广泛应用。分子标记技术应用于藻类学研究较晚,主要用于藻类的系统发生、地理分布、种群遗传、分类、亲本鉴定、杂种优势的鉴别及种质鉴定等领域。     

分子标记技术及其在育种中的应用

九十年代后发展起来的分子标记技术因其所具有的 高效性和可靠性而得到广泛应用,也为动植物育种工作提供了新的研究手段。它可用于标记 辅助选择、品种鉴定、亲本选择等。分子标记辅助育种可以加速育种工作的发展,缩短育种 进程。目前,分子标记辅助育种在农作物如水稻、小麦、玉米,猪、牛、羊、鸡等家畜家禽 育种中已得到比较广泛的应用,积累了大量经验。综述近年来国内外分子标记辅助育种的研 究进展,并对海洋动物分子标记辅助育种工作的开展进行了初步探讨。     

中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)群体遗传多样性线粒体DNA序列分析

采用线粒体(mtDNA)DNACOI和Cytb基因片段序列分析方法,进行了中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)舟山和胶南群体遗传多样性及其遗传结构现状研究。结果表明,基于mtDNACOI分子标记揭示条石鲷舟山群体遗传多样性水平(h=0.814±0.060,π=0.009±0.005,k=5.653±2.789)显著高于胶南群体(h=0.742±0.116,π=0.003±0.002,k=1.970±1.196);MST分析、NJ系统分析和核苷酸不配对分布分析结果皆显示两群体内存在三个显著分化的单倍型类群,支系间的遗传距离为0.018—0.025;遗传分化指数结果(Fst=0.331,P=0.000)和确切P检验结果显示(P=0.000)两群体间存在显著遗传分化。基于mtDNACytb分子标记显示条石鲷群体遗传多样性总体上呈现较低水平(h=0.874±0.023,π=0.006±0.003,k=2.761±1.492),舟山群体核苷酸多样度水平显著高于胶南群体;NJ系统发育和群体遗传分化研究结果显示,条石鲷群体间未检测到显著的遗传分化。     

形态学和SNP标记分析马氏珠母贝杂交子代及其亲本群体的遗传结构

马氏珠母贝是重要的海水养殖贝类, 为了探究繁育亲本及其子代的遗传结构和关系, 本研究运用多元性形态学和SNP标记对马氏珠母贝母本深圳群体、父本海南群体和其杂交子代F1的外部形态和分子遗传结构进行分析。结果发现, 3个群体的综合判别率为72%, F1和母本群体的形态差异最小, 父本群体与母本、F1的形态差异较大。采用HRM法 (high resolution melting) 应用4个SNP位点对这3个群体进行分型, 3个群体的平均观测杂合度H_o和期望杂合度H_e分别为0.2110~0.2879和0.3317~0.4685, F1的杂合度高于两个亲本; 平均多态信息含量PIC值为0.2643~0.3556, 呈现中等程度遗传多样性。F1与母本之间的基因流N_m最大(7.7701), 遗传距离最小(0.0546), 亲缘关系最近; 两个亲本之间的N_m最小(1.9662), 遗传距离最大(0.1759)。rs8位点可以判别两个亲本群体, 可作为特异性的标记。该结果可以为马氏珠母贝群体遗传结构鉴别、育种群体管理提供指导。     

动物重要经济性关相关分子标记筛选及的研究进展

DNA molecular marker is widely used in gunetic andlysis and genetices-breeding of animals today. With DNA markers,itis theoretically possible to observe and exploit genetic variation in the entire genome. The application of DNA markers has allowed rapid progress in investigation of genetic variability and inberrding, parentage assignments, species and strain identification,     

大珠母贝群体大小、体重组成变化的初步观察

大珠母贝Pinctada maxima(Jameson)是一种栖息于热带海区的大型双壳类,是南海特有的珍贵的珍珠贝类。它的个体大,大者壳长达32厘米以上,体重达4—5公斤。它产的大型优质珍珠价值昂贵;贝壳珍珠粉是贵重药材;贝壳是精美工艺品的原料。海南岛沿岸有比较丰富的大珠母贝资源,但由于近几年来乱采滥捕大珠母贝的现象越来越严重,大珠母贝资源受到严重破坏。     

北海珍珠养殖区与非养殖区海域水体氮含量的分布及其与环境因子的关系

根据2008年9月和2009年4月对广西北海海域珍珠养殖区和非养殖区水体各形态氮含量的调查资料,采用对比手法研究其氮循环特征及其与环境因子的关系.结果表明：研究海域水体各种形态氮含量无论在季节上还是区域上,均突出地体现了养殖生物的释放作用和陆源排污的影响作用.氮的含量变化随着区域和季节不同而显示出特有的规律.春季,正值珠贝插核期的养殖区水体中的氮含量较低,并在不同区域随生物链作用呈现出很好的规律性,各形态氮含量与环境因子之间呈相关的几率较高,其中DON含量与pH值以及DIN含量与SS和TOC含量之间的负相关性均达到了非常显著水平（p〈0.01）,但水环境是以耗氧过程影响为主.秋季,随着养殖珠贝进入养成期,在其摄食和排泄压力大幅度增加的同时,以主要存在形态出现的TN、DN、DON含量亦大幅度上升,但作为浮游植物直接吸收的DIN含量却在明显上升的情况下仍然远低于一类海水水质标准值,只有NH4-N含量与水温呈显著负相关（p〈0.05）,水环境却以增氧状态出现.而非养殖区水体的氮含量无论是春季还是秋季,只是从TN、PN、DN含量的分布上体现了与养殖区的一致性,其余形态氮含量的分布则多与养殖区的相反;各形态氮含量与环境因子之间的相关性则秋季较春季密切,尤其DN、NH4-N与SS含量的负相关性,DIN含量与pH值的正相关性非常显著（p〈0.01）.从春秋季整个海区氮含量的变化情况（春季TN、DN、DON、DIN含量的变化范围分别为10.66~16.96、6.82~12.85、4.43~11.63、0.69~2.81 mol/dm3,平均值分别为13.46、8.86、7.11、1.75 mol/dm3;秋季TN、DN、DON、DIN含量的变化范围分别为14.07~28.01、12.22~23.01、11.01~21.59、1.08~3.11 mol/dm3,平均值分别为20.54、17.00、15.34、1.65 mol/dm3）可见,研究海域无论养殖区还是非养殖区氮循环状况良好,生物链作用在其中起着重要的作用.这对于研究海域生态环境的可持续发展极为有利.     

基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测

为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。     

污损生物对大亚湾养殖珍珠贝的滤食、呼吸和排泄的影响

污损生物是影响贝类养殖业生产效率的重要因素。污损生物不仅附着在养殖网笼上,而且也大量附着在养殖生物的贝壳上。大部分污损生物是滤食性捕食者,这些污损生物与养殖生物竞争食物,氧气与空间导致贝类生长速度减慢,死亡率提高。本实验以大亚湾养殖网笼里的珍珠贝及附着的污损生物为对象,研究有污损生物附着的珍珠贝及没有污损附着的珍珠贝在滤食,耗氧及排泄上的差异,同时对网笼上附着的污损生物优势种的滤食,呼吸及排泄也进行了测定,用以说明污损生物对养殖生物滤食,耗氧和排泄的影响。研究结果表明,有污损附着的珍珠贝及没有污损附着的珍珠贝在滤食率,耗氧率和氮磷排泄率上存在明显差异,有污损附着的珍珠贝的滤食率,NH4-N和PO4-P的排泄率要高于没有污损附着的珍珠贝。同时在网笼上附着的优势污损生物的滤食,耗氧和排泄也不容忽视,他们对食物的滤食,溶氧的消耗及氮磷排泄的贡献也很大。本研究结果表明,不管是附着在养殖生物贝壳上还是附着在网笼上的污损生物与养殖生物之间存在食物及氧气的竞争,污损生物对水中氮、磷浓度的提高贡献也很大,因此在养殖中,污损生物的影响不容忽视。     

珠母贝亲贝催熟培育和催产技术的研究

对不同来源珠母贝(Pinctada margaritifera)亲贝分别进行海上浅吊疏养促熟和室外水泥池人工催熟培育,且采用阴干、藻液、温度、低盐度刺激和异性产物诱导亲贝排放精卵,比较不同方法、不同来源亲贝性腺发育及亲贝开始排放时间、排放率、受精率和幼虫畸形率情况.结果表明,室外水泥池人工催熟法亲贝性腺成熟度比浅吊疏养促熟法好、死亡率低;相同培育方法,北部湾亲贝比海南亲贝性腺成熟快,但死亡率高;阴干刺激3 h+藻液刺激1 h+异性产物诱导,性腺达到第四期(排放期)的亲贝才排放,且排放的性细胞成熟度好,受精率高,幼虫畸形率低.     

黄、东海平滑真刺水蚤种群遗传结构的ISSR分析

为探求黄东海平滑真刺水蚤(Euchaeta plana)是否存在分化,对南黄海、东海2个海域平滑真刺水蚤进行ISSR分析。利用筛选出的4个ISSR引物对平滑真刺水蚤进行PCR扩增。共获得18个扩增位点,其中多态性位点14个,所占比例为77.78%。利用POPGENE软件计算遗传距离为0.071 8,遗传相似系数为0.930 7,从而说明2个群体之间遗传分化很小,并推断为黄海暖流影响其分布的结果。