中华鳖(Pelodiscus sinensis)EST-SSR标记与生长性状相关性分析

采用中华鳖转录组测序方法开发了一系列EST-SSR引物, 对60 只中华鳖(Pelodiscus sinensis)的遗传多样性和标记-性状相关性进行研究, 结果表明, 15 对EST-SSR引物扩增结果达到了高度多态水平, 平均的有效等位基因数、期望杂合度和多态性信息含量分别为2.7633、0.5961 和0.539177。C8387位点分别与体长、体重、背甲长和裙边宽显著相关(P<0.05)和极显著相关(P<0.01), CC型、AB型分别为4种性状的优势、劣势基因型; C211位点分别与体重、背甲长和裙边宽呈极显著相关(P<0.01)和显著相关(P<0.05), 其中等位基因C与体重呈负相关, CC 型是裙边宽、背甲长性状的劣势基因型, 而BB型和AB型分别是裙边宽和体重的优势基因型; C5670位点与体重和背甲长分 别呈极显著相关(P<0.01)和显著相关(P<0.05), 其中BB型和AA型分别是体重和背甲长的优势、劣势基因型; C1312 和C13038位点均与体重、背甲长极显著相关(P<0.01), 且C1312上的BC型、C13038上的BB型分别是中华鳖体重、背甲长性状的优势基因型。     

刺参SNP标记与生长性状的关联分析

为探究SNP标记与刺参(Apostichopus japonicus)性状之间的相关性,本研究运用高分辨率溶解曲线(HRM)分析方法,采用46个SNP标记对刺参家系的遗传多样性进行分析,运用一般线性模型对SNP标记与刺参体长、体宽、体重、体壁重和出肉率性状的关联性进行检测。结果表明,平均多态信息含量(PIC)的范围从0.0302到0.3750,观测杂合度(Ho)的范围是从0.0312到0.4688,18个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05)。相关性分析显示,46个SNP位点中有10个位点与生长性状呈显著相关(P0.05),其中位点SNP183的基因型AB与出肉率显著相关(P0.05);位点SNP189的基因型AA与体长呈显著相关(P0.05);8个SNP位点(SNP4、SNP146、SNP154、SNP163、SNP164、SNP175、SNP178和SNP216)的基因型BB与体长、体宽、体重、体壁重性状中的部分或全部呈显著相关,推断基因型BB可能是这些位点的优势基因型。     

翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)EST-SSR标记与生长性状相关性及4个选育群体遗传结构研究

采用翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组高通量测序并筛选得到的13对多态性EST-SSR引物,对60尾翘嘴鳜的体长、体高、体厚及体重4种生长性状进行标记-性状相关性研究,并对4个翘嘴鳜选育群体各30尾个体进行遗传结构分析。结果显示,与其生长性状显著相关的微卫星分子标记有5个,包括:分别与体厚和体长极显著相关(P0.01)和显著相关(P0.05)的标记C10127,AA型为体长、体厚的优势基因型,而AC型为劣势基因型;与体重显著相关(P0.05)的标记C19016,AA型为体重的优势基因型,AB型为体长的劣势基因型;与体厚显著相关(P0.05)的标记C14847,BB型为体厚的优势基因型;分别与体长、体高和体重、体厚极显著相关(P0.01)和显著相关(P0.05)的标记C12350,BC型为体长、体厚、体高和体重性状的优势基因型;分别与体厚、体重和体高极显著相关(P0.01)和显著相关(P0.05)的C18691标记,BB型为体厚、体重和体高性状的优势基因型。4个翘嘴鳜群体遗传多样性高低依次为太湖选育群体长江口选育群体洪泽湖选育群体鄱阳湖选育群体,其平均的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为2.2115、1.9405、0.55513、0.5925和0.3775,属于中度多态水平。     

九孔鲍MSTN基因cSNP多态性及与生长性状关联分析

九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)是中国南方具有较高经济价值的养殖贝类。肌肉生长抑制素(Myostatin, MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子, 因此MSTN基因是动物遗传改良的重要候选基因。为探究九孔鲍MSTN基因的多态性及其生长相关性, 实验采用PCR产物直接测序方法对九孔鲍MSTN基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛选, 对MSTN基因SNP与体质量、壳长、壳宽进行关联性分析, 运用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术检测九孔鲍MSTN基因不同基因型的表达水平。结果显示: 在九孔鲍MSTN基因中共筛选出9个SNP位点。SNP位点与生长性状关联分析发现, 九孔鲍MSTN基因编码区SNP位点g909C>T发生C/T同义突变与九孔鲍体质量、壳长、壳宽显著相关。TT基因型九孔鲍的体质量显著高于CC基因型和TC基因型个体; TT基因型的壳长、壳宽显著高于CC基因型(p<0.05)。通过qRT-PCR检测显示, 在九孔鲍MSTN基因SNP位点g909C>T的3种基因型中, TC和CC基因型的基因表达量显著高于TT基因型(p<0.05)。研究结果表明MSTN基因SNP位点g909C>T可作为九孔鲍标记辅助选择育种重要候选标记。     

马氏珠母贝两个与生长性状相关QTL 的验证

利用2个马氏珠母贝群体对遗传连锁图谱已经定位的,与马氏珠母贝生长性状相关的数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)中的两个进行验证。结果显示:m59标记在2个群体中与壳高、壳长、壳宽和总重具有显著的相关性(P0.05),其GT基因型的个体壳高、壳长、壳宽和总重均显著高于GG基因型的个体;154165标记在湛江群体中与壳高具有显著相关性(P0.05),而在深圳群体中与壳宽具有显著相关性(P0.05);表明QTL标记m59在2个群体中是共享QTL,而154165标记在群体中是特异QTL。基于这两个QTL在这2个群体中分别构建二倍型,发现在湛江群体中二倍型C_1(AAGT)和深圳群体中D_1(AGGT)型和D_2(AAGT)型对马氏珠母贝生长最为有利,可作为优先的基因型组合。     

许氏平鲉微卫星标记与体长、体质量、体高的相关性分析

为了解许氏平鲉(Sebastes schlegelii)微卫星标记与生长性状的相关性,选取26个微卫星标记在海捕许氏平鲉群体中进行微卫星筛选,每个微卫星位点的等位基因数(Na)在3~21,有效等位基因数(Ne)为1.1815~15.5676;观测杂合度(Ho)范围为0.0417~0.9999;期望杂合度(He)范围为0.1581~0.9456;多态信息含量(PIC)范围为0.1509~0.9320。利用单标记分析法分析了多态性较高(PIC0.5)的22个标记与体长、体质量、体高的相关性,结果显示3个标记与生长性状显著相关,其中HJ2-32与体长、体质量和体高显著相关(P0.05),并推断等位基因D与C对于体质量、体长、体高分别具有重要的正向与负向影响;HJ7-2与体质量显著相关;HJ7-22与体长显著相关,并推测等位基因F对体长具有正向影响,等位基因B对体长有负面影响。这些标记可为许氏平鲉分子标记辅助育种提供基础。     

马氏珠母贝生长性状QTL鉴定及基因型选择效应分析

对马氏珠母贝生长性状QTL411871进行初步验证,然后建立两种基因型组配:♀AT×♂AT(30号)和♀TT×♂AT(31号),对其实际的基因型效应进行分析。结果显示,QTL411871在验证群体中与闭壳肌重显著相关(P0.05),优势基因型为AT。在30和31号基因型组配中,QTL411871与生长性状关联不显著(P0.05),AT基因型的遗传效应小,但仍是个体生长性状均值最大的基因型。QTL423886标记在30号组配中与壳高、壳长和总重显著相关(P0.05),其AG基因型个体的壳高、壳长和总重显著大于GG基因型;而在31号组配中与生长性状关联不显著(P0.05)。基于这2个QTL标记在30和31号组配中分别构建二倍型,发现在30号组配中二倍型C1(ATAG)和31号组配中D1(ATAA)型对马氏珠母贝的生长最为有利,可作为优先的基因型组合。该结果为开展马氏珠母贝的分子标记辅助选择育种提供了指导。     

马氏珠母贝生长性状相关QTL在两个群体中的验证

对两个通过遗传图谱构建定位的马氏珠母贝(Pinctada ucata)生长性状相关的QTL在两个不同群体中进行验证分析。结果显示:QTL471489在深圳群体中与壳高、壳宽显著相关(P0.05),其CT基因型个体的壳高、壳宽和体质量显著大于CC基因型,CT为优势基因型;而在杂交群体中该QTL与生长性状关联不显著(P0.05),但CT基因型的生长性状值仍最大。QTL410206在深圳群体中与生长性状关联不显著(P0.05),而在杂交群体中该QTL与壳高、壳长、壳宽和体质量显著相关(P0.05),AA为优势基因型。基于这两个QTL在这2个群体中分别构建二倍型,发现在深圳群体中C1(CTAT)型和杂交群体中D1(CTAA)、D2(TTAA)、D3(CCAT)、D4(TTAT)、D5(CTAA)型对马氏珠母贝的生长最为有利,可作为优选的基因型组合。     

马氏珠母贝肌肉生长抑制素基因eSNP多态性与生长性状的关联分析

肌肉生长抑制素myostatin(MSTN),是目前已知抑制肌肉生长最强效的分化因子,具有负向调控肌肉生长、发育的作用,它与生长之间的这种单向作用关系,使其在养殖生物遗传改良上具有重要的潜在应用价值。文以马氏珠母贝MSTN基因21个e SNP位点作为候选SNP位点,对106只马氏珠母贝进行基因分型并与8个生长性状进行关联分析。SNP最小等位基因频率的范围为0.028 3~0.490 4,多态信息含量(PIC)的范围为0.093 6~0.375 0,观测杂合度(Ho)及期望杂合度(He)的范围分别为0.028 3~1.000 0及0.098 9~0.502 7。2个SNP位点与生长性状显著关联:g.3154 AG位点的GG型个体的壳高、壳长、总重、壳重、软体部重和闭壳肌重显著大于AG型个体(P0.05);g.4379AG位点GG型个体的壳高、壳长、铰合线长、总重、软体部重和闭壳肌重显著大于AG型个体(P0.05)。g.3154 AG位点和g.4379AG位点间无显著交互作用。这2个SNP可作为潜在的马氏珠母贝基因型选择育种标记。     

半滑舌鳎IGF1基因编码区的多态性与生长性状及表达的相关性分析

胰岛素样生长因子1(IGF1)在鱼类生长内分泌调节过程中发挥着重要的调控作用。本研究检测了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)IGF1基因外显子的单核苷酸多态性(SNPs),分析其基因型与生长性状、血液生化指标的关系及基因表达的相关性。结果显示,IGF1基因外显子5的884bp处一个位点发生突变,此突变处碱基C变为A,即C884A,此突变发生于终止密码子之后,并且发生在WD40结构域,可能会对基因的转录、表达和生长性状产生影响。此位点与体重(P0.05)、去内脏重(P0.05)呈显著相关性,AA基因型的体重和去内脏重显著高于AB基因型(P0.05),AA基因型的尿素含量显著大于AB基因型(P0.05),AA基因型的mRNA表达量也显著高于AB基因型(P0.05)。研究表明,IGF1基因编码区的多态性对半滑舌鳎的生长性状、血液生化指标和基因表达有显著影响,IGF1基因可以作为选择育种的一种分子标记,从遗传学的角度辅助半滑舌鳎优良品种的分子选育。     

日本镜蛤(Dosinia japonica Reeve)壳尺寸与重量性状的相关与回归分析

采用相关分析、共线性分析、多元回归分析及通径分析的方法对日本镜蛤(Dosinia japonica)的壳尺寸性状与重量性状间的关系进行了研究。相关分析结果表明,所测量的日本镜蛤的各性状间均呈极显著的表型相关(P<0.01);共线性分析剔除了与各壳性状存在严重共线性的壳长;通径分析表明,壳高和壳宽是直接影响体重和壳重的主要性状,壳宽和b(壳顶至壳后)是直接影响软体部重和软体部干重的主要性状,而直接影响体积的壳尺寸性状只有壳高;采用逐步回归的方法,建立了壳尺寸性状对体积和重量性状的最优回归方程,可为日本镜蛤的养殖和选择育种提供理论依据。     

企鹅珍珠贝（Pteria penguin）主要经济性状对体重的影响效果分析

采用多元线性回归和通径分析方法,研究企鹅珍珠贝主要经济性状对体重的影响效果。结果表明,6个性状间的相关系数均达到极显著水平（P〈0.01）;通径分析表明各经济性状对体重的直接影响效果为软体部重（0.726）〉壳长（0.146）〉壳高（0.107）〉闭壳肌重（0.058）〉壳宽（0.049）,壳长、壳高、闭壳肌重和壳宽对...     

不同养殖海域栉孔扇贝(Chlamys farreri)混合家系的通径分析

为了深入认识栉孔扇贝(Chlamys farreri)壳尺寸性状和体重之间的关系,达到通过直观可见形状判断非直观性状,在栉孔扇贝苗种培育中指导种贝挑选工作的目的,本实验将600余只扇贝分别于三个不同纬度养殖环境(山东青岛、山东荣成和辽宁大连)下养殖一年后测量其性状数据,包括壳长、壳高、壳宽、体重,进行壳尺寸性状对体重性状的通径分析。偏回归系数统计表明,除大连海域壳长对体重的偏回归系数为0.266,差异不显著(P0.05)外,其它参数对体重均极显著(P0.01),表明大多数自变量和因变量之间都有极显著的共线性关系。对各个海域建立以壳尺寸为自变量,体重为因变量的回归方程,得出通径系数、各性状间的相关性指数以及各参数对体重的决定系数,计算出了不同养殖地点的栉孔扇贝壳尺寸性状和体重之间关系的回归方程。通径分析显示,对青岛海域栉孔扇贝体重直接作用最大的是壳高,对荣成海域栉孔扇贝体重直接作用最大的是壳长,而对大连海域栉孔扇贝体重直接作用最大的是壳宽。因此,以体重为目标挑选青岛海域的种贝时,应以壳高为优先选择指标;挑选荣成海域的种贝时,优先选择壳长;挑选大连海域的种贝时,优先选择壳宽。不同养殖海域栉孔扇贝的通径分析为栉孔扇贝亲贝的挑选提供了理论支持。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)多代近交与自交家系遗传差异及生长性状比较

在良种选育过程中,为了尽快得到稳定可遗传的优良性状,常采用近交方式进行纯系选育,而近交会导致群体的遗传多样性下降。为了解长牡蛎(Crassostrea gigas)多代近交和自交家系的遗传多样性、遗传结构和生长情况,本实验选用长牡蛎近交4代(F4代)、近交5代(F5代)家系和雌性同体自交1代(自交1代)家系,采用8对多态性高的微卫星序列进行分析,同时对其成体的三个时间点生长数据进行了显著性差异分析。实验结果表明,8对微卫星位点在野生对照组中表现出较高的多态性,F4代、F5代和自交1代3个家系的遗传多样性明显下降,平均等位基因数(Na)由17.00下降到2.00,平均观测杂合度(Ho)由0.538下降到0.449,平均多态信息含量(PIC)由0.826下降到0.297;哈迪-温伯格平衡(HWE)检验结果显示,8个位点在三个家系和野生对照组中均不同程度偏离HWE平衡(P0.0062)。F4代、F5代、自交1代和野生对照的生长性状指标分析表明,和野生对照相比,三个家系生长指标明显提高,对于自交一代而言,与自交实验组亲本选择的偶然性有关。同时,三个家系三个时间点的壳长、壳宽生长性状没有显著性差异(除330日龄壳宽和630日龄壳长),F5代生长性状指标壳高和湿重均大于F4代和自交1代,且差异显著;但F4代和自交1代之间没有显著性差异。通过本研究发现,F5代可以继续用来进行生长性状新品系的选育,自交1代多样性降低程度相当于F5代,但多样性的降低对成体的生长性状影响不明显,仍可以用做相关实验材料。     

不同月龄青蛤形态性状对活体质量的影响分析

随机选取5月龄、10月龄、15月龄的青蛤(Cyclina sinensis)混合家系各220枚作为研究对象,通过测定其壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)和活体质量(W),并采用相关性、通径和决定系数的统计分析探讨青蛤形态性状对活体质量的影响效力。结果表明:各性状与活体质量间的相关性均达极显著水平(P0.01),其中5月龄、10月龄和15月龄相关系数最大的均为壳高;通径分析结果显示,对不同月龄的活体质量的直接影响最大的均是壳高、其次壳宽、最后壳长;5月龄和15月龄的壳高和壳宽共同决定系数最大,分别为0.269和0.262, 10月龄的壳高决定系数最大为0.338。利用逐步回归的方法分别建立5月龄、10月龄、15月龄青蛤活体质量的最优回归方程分别是:W5=–0.564+0.061SH+0.051SW,R2=0.933;W10=–2.585+0.040SL+0.149SH+0.101SW,R2=0.934;W15=–7.359+0.123SL+0.210SH+0.273SW,R2=0.957。本研究结果可为青蛤高产新品系阶段选优和良种选育提供基础数据。     

紫扇贝和海湾扇贝杂交家系的生长和通径分析

以紫扇贝(Argopecten purpuratus)和海湾扇贝(Argopecten irradians irradians)为亲本,建立了紫扇贝自交(ZZ)、海湾扇贝自交(HH)、紫扇贝(卵)×海湾扇贝(精)(ZH)和海湾扇贝(卵)×紫扇贝(精)(HZ)共4个试验家系.在养殖60、127 d时测定壳高、壳长、壳厚和体质量,并分析各养殖时期影响体质量的主要因素.结果表明:在各养殖时期,2杂交家系子代的壳高、壳厚以及体质量均表现出生长优势(P＜0.01),因此认为通过紫扇贝和海湾扇贝杂交方式是改善扇贝的良好方法.通径分析的结果表明,对于自交家系,壳长是影响体质量的主要影响因素,但对于杂交家系HZ来说,壳长(60 d)和壳厚(127 d)对体质量的决定作用最大;在杂交家系ZH,60 d时壳长和壳厚的协同作用对体质量的决定作用最大,127d时壳高的决定作用最大.因此对于两个杂交家系的选育,应按照不同性状对体质量的决定系数选择各时期的优势性状,以使子代的杂种优势充分表现.     

扁玉螺(Neverita didyma)表型性状对体重和软体部重的影响效应分析

采用相关分析和通径分析的方法,研究了扁玉螺的表型形态性状对体重和软体部重的影响。随机抽取2龄扁玉螺100只,分别测定其壳宽、壳高、壳顶至胼胝高、体高、厣长、厣宽、体重、软体部重共8项性状参数,并分别计算了各性状间的相关系数,以及以表型性状为自变量对体重和软体部重作因变量的通径系数和决定系数。结果表明,各表型性状与体重、软体部重之间的相关系数均达到极显著水平(P0.01)。壳宽对体重和软体部重的直接效应均为最大,对二者的决定程度也最高,是影响体重和软体部重的最主要因素;而厣宽、壳顶至胼胝高和体高的直接作用较小,它们主要通过壳宽的间接作用影响体重和软体部重。因此,对壳宽的直接选择可有效地增加体重和软体部重,对壳顶至胼胝高、厣宽和体高的选择也有助于增加扁玉螺的重量。