福建沿海巨蛎属牡蛎的主要种类及其分布

本实验采用了多重种类特异性PCR（multiplex species—specific PCR）技术，研究了巨蛎属（Crassostrea）牡蛎主要种类在福建沿海的分布．从沿海11个采样地点共采集了657个野生牡蛎样本，随机抽取了327个牡蛎样本进行基因组DNA的提取和线粒体COI基因的鉴定，结果发现200个个体为葡萄牙牡蛎（Crassostrea angulata），101个个体为近江牡蛎（Crassostrea ariakensis），20个个体为熊本牡蛎（Crassostrea sikamea），6个个体为香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）．此次实验中未发现长牡蛎（Crassostrea gigas）．结果表明，福建沿海有葡萄牙牡蛎、近江牡蛎、熊本牡蛎和香港巨牡蛎4种巨蛎属牡蛎分布．     

广西北部湾沿海牡蛎的种类及其分布

采用DNA条形码(DNA barcoding)技术, 基于COI基因序列鉴定牡蛎种类, 研究了牡蛎科(Ostreidae)牡蛎在广西沿海的分布。本次研究从广西沿海16个采样地点的潮间带共采集550个野生牡蛎样本, 随机抽取了367个牡蛎样本进行基因组DNA的提取和线粒体COI基因的鉴定, 共检测出4属7种牡蛎。巨牡蛎属有4种, 分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)108个, 葡萄牙牡蛎(Crassostrea gigas angulata)43个, 香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)15个, 近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)18个, 囊牡蛎属(Saccostrea)的多刺牡蛎(Saccostrea echinata)61个, 爪蛎属(Talonostrea)的猫爪牡蛎(Talonostrea talonata)112个, 齿牡蛎属(Dendostea)的齿缘牡蛎(Dendostea crenulifera)10个。结果表明, 广西沿海牡蛎物种丰富, 至少7种牡蛎分布于潮间带, 其中优势种为猫爪牡蛎和熊本牡蛎, 在广西沿海各采样点均有分布。多刺牡蛎和葡萄牙牡蛎次之, 香港巨牡蛎、近江牡蛎、齿缘牡蛎数量较少, 分布较集中。     

基于DNA条形码研究浙江沿海牡蛎的种类多样性及其分布特征

利用DNA条形码技术,基于线粒体基因细胞色素c氧化酶亚基I(Cytochrome c Oxidase Subunit I,COI)和核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)序列鉴定牡蛎种类,研究牡蛎在浙江沿海的种类多样性及其分布特征。在浙江沿海的7个采样海域共采集550个牡蛎样品,抽取其中232个牡蛎样品进行基因组DNA的提取以及COI基因和28S rRNA基因的鉴定,共检测出3属10种牡蛎。巨牡蛎属(Crassostrea) 5种分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea) 127个、福建牡蛎(Crassostrea angulata) 64个、日本巨牡蛎(Crassostrea nippona) 4个、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis) 1个和长牡蛎(Crassostrea gigas) 1个;牡蛎属(Ostrea) 2种分别为疏纹牡蛎(Ostrea circumpicta) 4个和密鳞牡蛎(Ostrea denselamellosa) 2个;小蛎属(Saccostrea) 3种分别为棘刺牡蛎(Saccostrea kegaki) 20个、多刺牡蛎(Saccostrea echinata) 8个和小蛎属未定种(Saccostrea sp.) 1个。分析结果表明:浙江沿海的牡蛎种类多样性高,并且在南北纵向和离岸远近水平方向上存在较大差异,其中熊本牡蛎和福建牡蛎为浙江沿海牡蛎的优势种。     

广东雷州半岛东部沿岸潮间带常见牡蛎的种类及其分布

在形态分类的基础上,采用多重PCR(Multiplex Species-Specific PCR)和DNA序列分析,基于细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochromeoxidaseI,COI)基因构建系统进化树鉴定牡蛎种类及确定其分类地位,研究了广东雷州半岛东部沿岸牡蛎科(Ostreidae)常见牡蛎的种类及分布。本次研究从雷州半岛东部沿岸的11个地点采集了363个野生牡蛎样品,并对全部样品进行了形态分析和多重PCR的鉴定,对未鉴定出来的114个样品进行COI基因的扩增并测序,构建系统进化树进行种类分析,共检测出3属5种牡蛎。巨蛎属(Crassostrea)有两种,分别为熊本牡蛎(C.sikamea)185个和福建牡蛎(C.gigas angulata)109个;小蛎属(Saccostrea)有两种,棘刺牡蛎(S.echinata)48个和团聚牡蛎(S.malabonensis)19个,牡蛎属未定种Ostreasp.1有2个。结果表明,雷州半岛东部沿岸牡蛎种类丰富,至少有5种牡蛎分布于潮间带,其中优势种为熊本牡蛎和福建牡蛎,分布范围比较广。小蛎属和牡蛎属牡蛎数量较少,分布比较集中。     

辽宁沿海巨蛎属牡蛎的分布

作者采用多重种特异性PCR(multiplex species-specific PCR)技术,研究了巨蛎属(Crassostrea)牡蛎在辽宁沿海的分布。从辽宁沿海的共11个采样点共采集802个牡蛎样本,通过对COI基因的扩增,随机检测了其中的531个牡蛎样本,结果517个个体为长牡蛎(Crassostrea gigas),14个为近江牡蛎(Crassostrea ariakensis),未发现其他巨蛎属牡蛎。结果表明,辽宁沿海有长牡蛎和近江牡蛎等2种巨蛎属牡蛎分布,其中长牡蛎为优势种,分布于潮间带和潮下带,近江牡蛎为稀有种,分布于潮下带,而且在黄海和渤海海域均有分布。     

2009 年春季辽东湾网采浮游植物群落结构

分析了2009 年春季(5 月)渤海辽东湾网采浮游植物物种组成, 丰度分布, 生物多样性指数及群落相似性。春季共鉴定出浮游植物3 门23 属32 种, 主要隶属硅藻门和甲藻门, 生态类型多为温带近岸型和广布型种类, 少部分为暖海性物种或大洋性物种。优势种有夜光藻(Noctiluca scientillans)、翼鼻状藻(Proboscia alata)、旋链角毛藻(Chaetoceros curvisetus)、巨圆筛藻(Coscinodiscus gigas)和尖刺伪菱形藻(Pseudo-nitzschia pungens)等。浮游植物在各站位的细胞丰度分布不均匀, 其平面分布呈现由沿岸海域向海湾中部海域递减的趋势。Shannon-Wiener 指数、Pielou 指数较低, 群落结构简单, 稳定性较差。聚类分析结果表明群落之间的相似性较高。     

广西茅尾海牡蛎天然种苗种类鉴定和群体组成的初步分析

了解广西茅尾海牡蛎种质资源现状,有助于提高牡蛎采苗效果。通过在茅尾海采集常见5种牡蛎成体,并在牡蛎不同繁殖高峰期分别采集牡蛎D型幼虫DⅠ、DⅡ,在不同附着期分别采集牡蛎幼苗MⅠ、MⅡ、MⅢ,采用多重PCR技术对牡蛎成体、稚贝及幼虫进行种类鉴定。香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)在茅尾海牡蛎稚贝和幼虫高峰期均属于优势种;稚贝中香港巨牡蛎、有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)和熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)3个种类的平均比例分别为88.3%、6.7%和5.0%,香港巨牡蛎与熊本牡蛎、有名巨牡蛎相比差异显著(P0.05),熊本牡蛎与有明巨牡蛎差异不显著(P0.05)。香港巨牡蛎是茅尾海牡蛎优势种,7月12日之前投放采苗器可采集到数量多、种类单一的香港巨牡蛎。7月12日之后投放采苗器,附着的稚贝中有明巨牡蛎和熊本牡蛎比例增加,影响采苗效果及养殖生产。     

东海几种鳗鲡目鱼类DNA条形码研究

本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。     

福建三沙湾游泳动物种类和数量的季节变化

根据2019年1月、4月、7月和10月四个季度10个站位定置张网调查资料, 对福建三沙湾游泳动物的种类组成及季节变化进行分析研究。结果表明: 调查共获得游泳动物209种, 隶属于3门4纲19目73科144属, 其中鱼类154种, 甲壳类48种, 头足类7种。游泳动物种类数以秋季出现最多, 四个季节共同出现的种类有42种。鲈形目种类最多, 其次是十足目。鱼类适温性以暖水性种类居多, 占71.43%, 暖温性种类次之(27.92%); 生态类型以底层、近底层鱼类居多, 两者合占75.97%。鹰爪虾(Trachypenaeus curvirostris)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、红星梭子蟹(Portunus sanguinolentus)和日本蟳(Charybdis japonica)等14个种类是三沙湾游泳动物的优势种类, 季节性优势种居多。三沙湾定置张网调查渔业资源质量密度为111.09 kg/km², 尾数密度为13.72×10³ ind./km², 均以夏季最高, 春季最低。应该进一步加强对三沙湾渔业资源的合理利用和有效保护, 同时重视对外来物种的监测。     

我国裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)形态与线粒体基因组分析

为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现, 目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的外部形态特征分析, 并从分子水平对该裸胸鳝进行线粒体全基因组测序。结果显示, 奥迪萨裸胸鳝主要特征为体型粗壮, 体棕褐色, 吻端至鳃孔区域分布橘黄色斑点, 眼睛后缘存在黑色斑块, 鳃孔边缘黑色, 身体无其他条带或斑纹; 上颌齿、中央齿均单行, 下颌齿两行, 椎骨式为4-52-135。线粒体基因组方面, 奥迪萨裸胸鳝线粒体全长为16 580 bp, 由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区组成, 基因组结构特征与其他脊椎动物相似。基于12个蛋白编码基因构建的海鳝科鱼类分子系统进化树上, 奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)、淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pseudothyrsoideus)、疏条纹裸胸鳝(Gymnothorax reticularis)及小裸胸鳝(Gymnothorax minor)聚在一起; 基于COI基因构建的裸胸鳝属鱼类分子系统进化树, 奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝、淡网纹裸胸鳝、肝色裸胸鳝(Gymnothorax hepaticus)及黄纹裸胸鳝(Gymnothorax monochrous)等聚为一支。遗传距离方面, 奥迪萨裸胸鳝与目前世界上其他裸胸鳝的遗传距离范围为0.082~0.263,均大于最小物种鉴定遗传距离0.020,揭示奥迪萨裸胸鳝在形态与分子水平均为区别于其他裸胸鳝的独立物种。研究结果表明我国海域也有奥迪萨裸胸鳝分布, 为新记录种, 为我国裸胸鳝属鱼类的系统分类及物种名录更新提供分类基础。     

巨蛎属（Crassostrea）四种牡蛎精子Bindin蛋白海藻糖凝集素结构域（Fucose binding lectin）多样性研究

提取巨蛎属中熊本牡蛎、葡萄牙牡蛎和日本巨牡蛎的基因组DNA,应用PCR技术扩增了三种牡蛎的海藻糖凝集素结构域（Fucose binding lectin,F-lectin）,结合GenBank中长牡蛎海藻糖凝集素结构域的序列利用邻接法对得到的序列进行了系统进化分析,并利用非同义替换率和同义替换率之间的比值分析了巨蛎属四...     

广东沿海香港牡蛎消化道异养菌统计及其耐药性研究

本研究针对高温时期(6月、9月)广东沿海地区的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)体内异养细菌总数和弧菌总数进行了深入的调查,并由添加单种抗生素(分别是:庆大霉素、呋喃唑酮、利福平、环丙沙星、恩诺沙星、氯霉素、复方新诺明)的培养基中分离得到310个菌株。进一步采用纸片扩散法(kirby-bauer法)针对常见的抗生素对此310个菌株进行药敏测试,了解不同来源菌株的耐药状况。结果表明310个菌株分属48个不同种属,主要是肠杆菌(Enterobacter)、弧菌(Vibrio)、芽孢杆菌(Bacillus)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella)、希瓦氏菌(Shewanella)、不动杆菌(Acinetobacter)、假单胞菌(Pseudomonas)、短波单胞菌(Brevundimonas)、发光杆菌(Photobacterium)、黄杆菌(Tenacibaculum)、盐单胞菌(Halomonas)等。在9月份从牡蛎体内分离的异养细菌比6月份分离的异养细菌高出1～2个数量级(除台山外)。6月份从台山地区牡蛎分离的异养细菌数(2.6×10~6～5.8×10~6 cfu/g)最多,高出其他地区1～3个数量级。药敏测试结果显示牡蛎体内异养细菌对20种抗生素普遍存在抗性,尤其对青霉素、卡拉霉素、呋喃唑酮、阿莫西林、克林霉素及万古霉素表现出较高的耐药率。高温时期(6月、9月)分离的异养菌大多数为多重耐药细菌,其比例分别为84.18%和91.72%。本研究将为牡蛎养殖业的疾病控制以及水产养殖中细菌的耐药状况提供重要参考依据。     

Differential recruitment of introduced Pacific oysters and native mussels at the North Sea coast: coexistence possible?

Pacific oysters (Crassostrea gigas Thunberg 1793) have been introduced into the Wadden Sea (North Sea), where they settle on native mussel beds (Mytilus edulis L.), which represent the only extensive insular hard substrata in this soft-sediment environment. As abundances of C. gigas rose, some mussel beds became increasingly overgrown with oysters, whereas others did not. Field experiments revealed that recruitment of C. gigas was higher in the lower intertidal than in the upper subtidal zone, that it was higher on conspecifics than on mussels, and that it was not affected by barnacle epigrowth except when settling on mussels. Mussel recruitment is known from inter- and subtidal zones. It occurred equally on oyster and mussel shells but showed a clear preference for barnacle epigrowth over clean shells. Assuming that settlement and recruitment are key processes for species abundances on the North Sea coast, it is predicted that the positive feedback in oyster settlement will lead to rapid reef formation of this invader at the expense of mussel beds. Mussels, however, may escape competitive exclusion by settling between or on the larger oysters especially when barnacles are abundant. Experimental patches with mussels were more often covered by fucoid algae (Fucus vesiculosus forma mytili Nienburg) than patches with oysters, and oyster recruitment was poor underneath such algal canopies. Thus, fucoids may provide the native mussels with a refuge from the invading oysters and the two bivalves may coexist, provided food is not limiting.     

基于RNA-seq数据分析长牡蛎(Crassostrea gigas)天然免疫的可变剪接事件

大部分无脊椎动物缺乏基于经典抗体和记忆细胞的适应性免疫, 因而天然免疫在无脊椎动物免疫防御中发挥不可或缺的作用。可变剪接正是产生天然免疫多样性和特异性的重要途径。牡蛎(Crassostrea)是全球范围内的大宗养殖贝类和我国产量最高的海水养殖贝类, 理解其天然免疫系统的多样性和特异性对牡蛎病害防治和养殖业健康可持续发展至关重要。通过对不同病原诱导以及诱导后不同时间的转录组进行生物信息分析, 系统地研究了长牡蛎天然免疫应激反应的可变剪接事件。发现在弧菌诱导下可变剪接事件的总数显著增加, 表明弧菌的感染会诱导长牡蛎可变剪接事件的产生。对病原诱导后可变剪接体的组成类型及表达量显著变化的基因的功能富集分析, 表明免疫系统相关功能被显著富集, 病原感染不同阶段以及不同病原感染后可变剪接体的组成类型和表达量均不一致, 表明长牡蛎免疫系统可通过可变剪接产生免疫响应的特异性和多样性。研究结果为长牡蛎等无脊椎动物天然免疫多样性和特异性提供了典型实例, 也为长牡蛎病害防御提供了理论支撑。     

糖原含量与糖原磷酸化酶基因(GPH)和己糖激酶基因(HK)的表达在福建牡蛎生殖周期中的相关性分析

Glycogen, a polymer of glucose, is an important means of storing energy. It is degraded by glycogen phosphorylase (GPH) and hexokinase (HK), glycogen phosphorylase, and hexokinase cDNAs (Ca-GPH andCa-H...     

江苏小庙洪牡蛎礁大型底栖动物多样性及群落结构

基于2011年春季的生态调查资料,报道了江苏小庙洪自然潮间带牡蛎礁大型底栖动物的多样性及其群落结构。通过16SrDNA基因序列分析发现,在小庙洪牡蛎礁内分布有3种牡蛎(熊本牡蛎Crassostrea sikamea、近江牡蛎C.ariakensis和密鳞牡蛎Ostrea denselamellosa),其中分布于潮间带区的造礁活体牡蛎为熊本牡蛎,其平均密度和生物量分别为(2199±363)ind/m2和(12361±1645)g/m2。在该牡蛎礁内记录到定居性大型底栖动物(不包括3种牡蛎)共计43科66种,礁体大型底栖动物的总栖息密度和生物量分别达到(2830±182)ind/m2和(499.59±35.41)g/m2,显著高于邻近的软相潮间带泥(沙)质滩涂[密度(102±29)ind/m2;生物量(53.10±22.80)g/m2]和潮下带泥滩[密度(140±60)ind/m2;生物量(43.23±22.37)g/m2](P<0.001)。     

单体牡蛎诱导变态的研究

为了得到壳型规则、大小均一的单体牡蛎,作者以葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)和长牡蛎(Crassostrea gigas)眼点幼虫为材料,从肾上腺素(EPI)浓度梯度、处理时间梯度和眼点幼虫密度梯度3个因素诱导产生不固着变态的单体牡蛎。结果表明,葡萄牙牡蛎用EPI处理24 h的最适浓度为5×10–4 mol/L,不固着变态率为72.8%,在该最适浓度下,最佳处理时间为12 h,不固着变态率为82.7%。长牡蛎用EPI处理6 h的最适浓度为5×10–5 mol/L,不固着变态率为53.2%,在该最适浓度下,最佳处理时间为8h,不固着变态率为56.8%,眼点幼虫密度在80个/m L以下EPI处理效果没有显著性差异。对长牡蛎幼虫进行后续生长测定,结果显示EPI处理组幼虫的壳长、壳高和存活率要高于对照组,表明EPI可能促进牡蛎幼虫变态长出次生壳并提高其生存能力。     

中国牡蛎产业的嬗变——新认知、新品种和新产品

牡蛎是近海生态系统的重要成员,也是世界性海洋主养贝类。我国牡蛎养殖历史悠久,但高质牡蛎产品的长期匮乏已成为新形势下产业转型升级的卡点。在国际海鲜市场,高质牡蛎就意味着品质好、品相优。为实现产业高质量发展,研究了中国经济牡蛎物种组成和地理分布;揭示了温度是不同尺度种性形成的重要环境驱动因子之一;构建了首个贝类全基因组序列精细图谱,发现基因组的高变异性和基因家族的特异性扩张是种性形成的重要遗传基础;对全球27个长牡蛎群体487个个体进行全基因组深度重测序,构建了50M级单核苷酸多态(SNP)资源库并制成190k高密度SNP分型芯片。这些资源基因组学(Resourceomics)研究为高质牡蛎创制奠定了基础。其次进一步查清了牡蛎经济性状的遗传力及表型相关性,锚定糖原含量调控的基因组模块区域,建立品质性状基因模块选育技术,育成"海蛎1号"新品种,糖原含量提高25.37%,比传统育种效率提高65.81%,实现了单一营养物质的定向选育,破解了牡蛎肉质改良的世界性难题。所建立的基因模块育种技术使高质牡蛎遗传创制成为可能。在育成新品种的基础上,还利用牡蛎附着变态阶段的生物学特性及上升流和下降流的物理学原理,创新牡蛎单体种苗制备技术,使种苗单体化率提高3倍;建立设施塑形生态育肥技术,通过壳型重塑并结合养殖水层的增肥调控,优型率达92%,出肉率达20%—23%。单体塑形养殖技术使牡蛎品相也达到国际知名品牌的产品标准。团队建立的高质牡蛎创制技术体系在县域规模进行标准化应用示范,支撑了"乳山牡蛎"成为行业第一品牌,产业经济效益提高2—3倍,实现了牡蛎产业从低质低效到高质高效的嬗变,示范带动了中国牡蛎产业的高质量发展。